Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...tcttgggaaaggggtttaaggttaattactttaaagtgatgaactggttaaccatgtctaacgactagattcttatgaagtttcttgctccttattgcagATCCGAAAGCAGCTCTTTGGACAAATTGTTGCTTGAAGATTTTGATTGTAATGTTTGGTTACCCCTGGAACTATATCCCGAAGCATAAGCTTGTCTTCAT

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA05G37190.1
intron # 5
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|254324499|gb|GR833924.1|GR833924
EST:     ATACTCTTGATGCACGTCTTGATGTAGTTTTCCGTAAAAAGCTTCCAGAG                         ATCCCGAAAGCAGCTCTTTGGACAAA
genomic: ATACTCTTGATGCACGTCTTGATGTAGTTTTCCGTAAAAAGCTTCCAGAGgtaaaaaaaa ... cttattgcagATCC-GAAAGCAGCTCTTTGGACAAA
EST: gi|193599672|gb|FK550641.1|FK550641
EST:     GATGCACGTCTTGATGTAGTTTTCCGTAAAAAGCTTCCAGAG                         ATCCGAAAGCAGCTCTTTGGACAAATTGTTGCTTGAAGATTTTGATTGTAA
genomic: GATGCACGTCTTGATGTAGTTTTCCGTAAAAAGCTTCCAGAGgtaaaaaaaa ... cttattgcagATCCGAAAGCAGCTCTTTGGACAAATTGTTGCTTGAAGATTTTGATTGTAA
EST: gi|207730669|gb|GD707850.1|GD707850
EST:     ATACTCTTGATGCACGTCTTGACGTAGTTTTCCGTAAAAAGCTTCCAGAG                         ATCCGAAAGCAGCTCTTTG
genomic: ATACTCTTGATGCACGTCTTGATGTAGTTTTCCGTAAAAAGCTTCCAGAGgtaaaaaaaa ... cttattgcagATCCGAAAGCAGCTCTTTG
EST: gi|207820166|gb|GD792452.1|GD792452
EST:     ATACTCTTGATGCACGTCTTGATGTAGTTTTCCGTAAAAAGCTTCCAGAG                         ATCCGAAAGCAGCTCTTTGGACAAATTGTTGCTTGAAGATTTTGATTGTAA
genomic: ATACTCTTGATGCACGTCTTGATGTAGTTTTCCGTAAAAAGCTTCCAGAGgtaaaaaaaa ... cttattgcagATCCGAAAGCAGCTCTTTGGACAAATTGTTGCTTGAAGATTTTGATTGTAA
EST: gi|193361772|gb|FK327732.1|FK327732
EST:     ATACTCTTGATGCACGTCTTGATGTAGTTTTCCGTAAAA-GCTTCCAGAG                         ATCCGAAAGCAGCTCTTTGGACAA-TTGTTGCTTGAAGTATTTTGATT
genomic: ATACTCTTGATGCACGTCTTGATGTAGTTTTCCGTAAAAAGCTTCCAGAGgtaaaaaaaa ... cttattgcagATCCGAAAGCAGCTCTTTGGACAAATTGTTGCTTGAAG-ATTTTGATT
EST: gi|208284365|gb|GE083723.1|GE083723
EST:     ATACTCTTGATGCACGTCTTGATGTAGTTTTCCGTAAAAAGCTTCCAGAG                         ATCCGAAAGCAGCTCTTTGGACAAATTGTTGCTTGAAGATTTTGATTGTAA
genomic: ATACTCTTGATGCACGTCTTGATGTAGTTTTCCGTAAAAAGCTTCCAGAGgtaaaaaaaa ... cttattgcagATCCGAAAGCAGCTCTTTGGACAAATTGTTGCTTGAAGATTTTGATTGTAA
EST: gi|193433171|gb|FK395795.1|FK395795
EST:     ATACTCTTGATGCACGTCTTGATGTAGTTTTCCGTAAAAAGCTTCCAGAG                         ATCCGAAAGCAGCTCTTTGGACAAATTGTTGCTTGAAGATTTTGATTGTAA
genomic: ATACTCTTGATGCACGTCTTGATGTAGTTTTCCGTAAAAAGCTTCCAGAGgtaaaaaaaa ... cttattgcagATCCGAAAGCAGCTCTTTGGACAAATTGTTGCTTGAAGATTTTGATTGTAA
EST: gi|31464490|gb|CD406518.1|CD406518
EST:     ATACTCTTGATGCACGTCTTGATGTAGTTTTCCGTAAAAAGCTTCCAGAG                         ATCCGAAAGCAGCTCTTTGGACAAATTGTTGCTTGAAGATTTTGATTGTAA
genomic: ATACTCTTGATGCACGTCTTGATGTAGTTTTCCGTAAAAAGCTTCCAGAGgtaaaaaaaa ... cttattgcagATCCGAAAGCAGCTCTTTGGACAAATTGTTGCTTGAAGATTTTGATTGTAA
EST: gi|151403882|gb|EV273692.1|EV273692
EST:     ATACTCTTGATGCACGTCTTGATGTAGTTTTCCGTAAAAAGCTTCCAGAG                         ATCCGAAAGCAGCTCTTTGGACAAATTGTTGCTTGA-GATTTTGATTGTAA
genomic: ATACTCTTGATGCACGTCTTGATGTAGTTTTCCGTAAAAAGCTTCCAGAGgtaaaaaaaa ... cttattgcagATCCGAAAGCAGCTCTTTGGACAAATTGTTGCTTGAAGATTTTGATTGTAA
EST: gi|193688025|gb|FK633100.1|FK633100
EST:     ATACTCTTGATGCACGTCTTGATGTAGTTTTCCGTAAAAAGCTTCCAGAG                         ATCCGAAAGCAGCTCTTTGGACAAATTGTTGCTTGAAGATTTTGATTGTAA
genomic: ATACTCTTGATGCACGTCTTGATGTAGTTTTCCGTAAAAAGCTTCCAGAGgtaaaaaaaa ... cttattgcagATCCGAAAGCAGCTCTTTGGACAAATTGTTGCTTGAAGATTTTGATTGTAA
EST: gi|254344646|gb|GR851236.1|GR851236
EST:     ATACTCTTGATGCACGTCTTGATGTAGTTTTCCGTAAAAAGCTTCCAGAG                         ATCCGAAAGCAGCTCTTTGGACAAATTGTTGCTTGAAGATTTTGATTGTAA
genomic: ATACTCTTGATGCACGTCTTGATGTAGTTTTCCGTAAAAAGCTTCCAGAGgtaaaaaaaa ... cttattgcagATCCGAAAGCAGCTCTTTGGACAAATTGTTGCTTGAAGATTTTGATTGTAA
EST: gi|31305739|gb|CD390942.1|CD390942
EST:     ATACTCTTGATGCACGTCTTGATGTAGTTTTCCGTAAAAAGCTCCCACAG                         ATCCGAAAGCAGCTCTTTGGACAAATTGTTGCTTGAAGATTTTGATTGTAA
genomic: ATACTCTTGATGCACGTCTTGATGTAGTTTTCCGTAAAAAGCTTCCAGAGgtaaaaaaaa ... cttattgcagATCCGAAAGCAGCTCTTTGGACAAATTGTTGCTTGAAGATTTTGATTGTAA
EST: gi|208218509|gb|GE020503.1|GE020503
EST:     ATACTCTTGATGCACGTCTTGATGTAGTGTTCCGTAAAAAGCTTCCAGAG                         ATCCGAAAGCAGCTCTTTGG
genomic: ATACTCTTGATGCACGTCTTGATGTAGTTTTCCGTAAAAAGCTTCCAGAGgtaaaaaaaa ... cttattgcagATCCGAAAGCAGCTCTTTGG
EST: gi|14011791|gb|BG726713.1|BG726713
EST:     ATACTCTTGATGCACGTCTTGATGTAGTTTTCCGTAAAAAGCTTCCAGAG                         ATCCGAAAGCAGCTCTTTGGACAAATTGTTGCTTGAAGATTTTGATTGTAA
genomic: ATACTCTTGATGCACGTCTTGATGTAGTTTTCCGTAAAAAGCTTCCAGAGgtaaaaaaaa ... cttattgcagATCCGAAAGCAGCTCTTTGGACAAATTGTTGCTTGAAGATTTTGATTGTAA
EST: gi|192312433|gb|FK003197.1|FK003197
EST:     -TACTCTTGATGCACGTCTTGATGTAGTTTTCCGTAAAA-GCTTCCAGAG                         ATCCGAAAGCAGCTCTTTGGACAAATTGTTGCTTGAAGATTTTGATTGT
genomic: ATACTCTTGATGCACGTCTTGATGTAGTTTTCCGTAAAAAGCTTCCAGAGgtaaaaaaaa ... cttattgcagATCCGAAAGCAGCTCTTTGGACAAATTGTTGCTTGAAGATTTTGATTGT
EST: gi|192312434|gb|FK003198.1|FK003198
EST:     -TACTCTTGATGCACGTCTTGATGTAGTTTTCCGTAAAA-GCTTCCAGAG                         ATCCGAAAGCAGCTCTTTGGACAA-TTGTTGCTTGA-GATTT-GATTGT
genomic: ATACTCTTGATGCACGTCTTGATGTAGTTTTCCGTAAAAAGCTTCCAGAGgtaaaaaaaa ... cttattgcagATCCGAAAGCAGCTCTTTGGACAAATTGTTGCTTGAAGATTTTGATTGT
EST: gi|208217950|gb|GE016528.1|GE016528
EST:     ATACTCTTGATGCACGTCTTGATGTAGTTTTCCGTAAAAAGCTTCCAGAG                         ATCCGAAAGCAGCTCTTTGGACAAATTGTTGCTTGAAGATTTTGATTGTAA
genomic: ATACTCTTGATGCACGTCTTGATGTAGTTTTCCGTAAAAAGCTTCCAGAGgtaaaaaaaa ... cttattgcagATCCGAAAGCAGCTCTTTGGACAAATTGTTGCTTGAAGATTTTGATTGTAA
EST: gi|193586639|gb|FK541283.1|FK541283
EST:     TTTCCGT-AAAAGCTTCCAGAG                         ATCCGAAAGCAGCTCTTTGGACAAATTGTTGCTTGAAGATTTTGATTGTAA
genomic: TTTCCGTAAAAAGCTTCCAGAGgtaaaaaaaa ... cttattgcagATCCGAAAGCAGCTCTTTGGACAAATTGTTGCTTGAAGATTTTGATTGTAA
EST: gi|208137394|gb|GD937974.1|GD937974
EST:     ATACTCTTGATGCACGTCTTGATGTAGTTTTCCGTAAAAAGCTTCCAGAG                         ATCCGAAAGCAGCTCTTTGGACAAATTGTTGCTTGAAGATTTTGATTGT
genomic: ATACTCTTGATGCACGTCTTGATGTAGTTTTCCGTAAAAAGCTTCCAGAGgtaaaaaaaa ... cttattgcagATCCGAAAGCAGCTCTTTGGACAAATTGTTGCTTGAAGATTTTGATTGT
EST: gi|193640514|gb|FK589385.1|FK589385
EST:     GATGCACGTCTTGATGTAGTTTTCCGTAAAAAGCTTCCAGAG                         ATCCGAAAGCAAGACTCTTTGGACAAATTGTTGCTTGAAGATTTTGATTGT
genomic: GATGCACGTCTTGATGTAGTTTTCCGTAAAAAGCTTCCAGAGgtaaaaaaaa ... cttattgcagATCCGAAAGC-AG-CTCTTTGGACAAATTGTTGCTTGAAGATTTTGATTGT
EST: gi|31307992|gb|CD393195.1|CD393195
EST:     ATACTCTTGATGCACGTCTTGATGTAGTTTTCCGTAAAAAGCTTCCAGAG                         ATCCGAAAGCAGCTCTTTGGACAAATTGTTGCTTGAAGATTTTGATTGTAA
genomic: ATACTCTTGATGCACGTCTTGATGTAGTTTTCCGTAAAAAGCTTCCAGAGgtaaaaaaaa ... cttattgcagATCCGAAAGCAGCTCTTTGGACAAATTGTTGCTTGAAGATTTTGATTGTAA
EST: gi|207821718|gb|GD794745.1|GD794745
EST:     TAGTTTTCCGTAAAAAGCTTCCTAGAG                         ATCCGAAAGCAGCTCTTTGGACAAATTGTTGCTTGAAGATTTTGATTGTA
genomic: TAGTTTTCCGTAAAAAGCTTCC-AGAGgtaaaaaaaa ... cttattgcagATCCGAAAGCAGCTCTTTGGACAAATTGTTGCTTGAAGATTTTGATTGTA
EST: gi|193633928|gb|FK582492.1|FK582492
EST:     ATACTCTTGATGCACGTCTTGATGTAGTTTTCCGTAAAAAGCTTCCAGAG                         ATCCGAAAGCAGCTCTTTGGACAAATTGTTGCTTGAAGATTTTGA
genomic: ATACTCTTGATGCACGTCTTGATGTAGTTTTCCGTAAAAAGCTTCCAGAGgtaaaaaaaa ... cttattgcagATCCGAAAGCAGCTCTTTGGACAAATTGTTGCTTGAAGATTTTGA
EST: gi|207773430|gb|GD744078.1|GD744078
EST:     ATACTCTTGATGCACGTCTTGATGTAGTGTTCCGTAAAAAGCTTCCAGAG                         ATCCGAAAGCAGCTCTTT
genomic: ATACTCTTGATGCACGTCTTGATGTAGTTTTCCGTAAAAAGCTTCCAGAGgtaaaaaaaa ... cttattgcagATCCGAAAGCAGCTCTTT
EST: gi|254325492|gb|GR838373.1|GR838373
EST:     ATACTCTTGATGCACGTCTTGATGTAGTTTTCCGTAAAAAGCTTCCAGAG                         ATCCGAAAGCAGCTCTTTGGACAAATTGTTGCTTGAAGATTTTGATTGTAA
genomic: ATACTCTTGATGCACGTCTTGATGTAGTTTTCCGTAAAAAGCTTCCAGAGgtaaaaaaaa ... cttattgcagATCCGAAAGCAGCTCTTTGGACAAATTGTTGCTTGAAGATTTTGATTGTAA
EST: gi|208337585|gb|GE138103.1|GE138103
EST:     ATACTCTTGATGCACGTCTTGATGTAGTTTTCCGTAAAAAGCTTCCAGAG                         ATCCGAAAGCAGCTCTTTGGACAAATTGTTGCTTGAAGATTTTGATTGTAA
genomic: ATACTCTTGATGCACGTCTTGATGTAGTTTTCCGTAAAAAGCTTCCAGAGgtaaaaaaaa ... cttattgcagATCCGAAAGCAGCTCTTTGGACAAATTGTTGCTTGAAGATTTTGATTGTAA
EST: gi|208031273|gb|GD827057.1|GD827057
EST:     ATACTCTTGATGCACGTCTTGATGTAGTTTTCCGTAAAAAGCTTCCAGAG                         ATCCGAAAGCAGCTCTTTGGACAAATTGTTGCTTGAAGATTTTGATTGTAA
genomic: ATACTCTTGATGCACGTCTTGATGTAGTTTTCCGTAAAAAGCTTCCAGAGgtaaaaaaaa ... cttattgcagATCCGAAAGCAGCTCTTTGGACAAATTGTTGCTTGAAGATTTTGATTGTAA
EST: gi|22525220|gb|BU084031.1|BU084031
EST:     ATACTCTTGATGCACGTCTTGATGTAGTTTTCCGTAAAAAGCTTCCAGAG                         ATCCGAAAGCAGCTCTTTGGACAAATTGTTGCTTGAAGATTTTGATTGTAA
genomic: ATACTCTTGATGCACGTCTTGATGTAGTTTTCCGTAAAAAGCTTCCAGAGgtaaaaaaaa ... cttattgcagATCCGAAAGCAGCTCTTTGGACAAATTGTTGCTTGAAGATTTTGATTGTAA
EST: gi|19938475|gb|BQ081737.1|BQ081737
EST:     ATACTCTTGATGCACGTCTTGATGTAGTTTTCCGTAAAAAGCTTCCAGAG                         ATCCGAAAGCAGCTCTTTGGACAAATTGTTGCTTGAAGATTTTGATTGTAA
genomic: ATACTCTTGATGCACGTCTTGATGTAGTTTTCCGTAAAAAGCTTCCAGAGgtaaaaaaaa ... cttattgcagATCCGAAAGCAGCTCTTTGGACAAATTGTTGCTTGAAGATTTTGATTGTAA
EST: gi|193567479|gb|FK522878.1|FK522878
EST:     TACTCTTGATGCATGTCTTGATGTAGTTTTCCGTAAAAAAGCTTCCAGAG                         ATCCGAAAGCAGCTCTTTGGACAAATTGTTGCTTGAAGATTTTGATTGTAA
genomic: TACTCTTGATGCACGTCTTGATGTAGTTTTCCGT-AAAAAGCTTCCAGAGgtaaaaaaaa ... cttattgcagATCCGAAAGCAGCTCTTTGGACAAATTGTTGCTTGAAGATTTTGATTGTAA
EST: gi|42723158|gb|CK769057.1|CK769057
EST:     ATACTCTTGATGCACGTCTTGATGTAGTTTTCCGTAAAAAGCTTCCAGAG                         ATCCGAAAGCAGCTCTTTGGACAAATTGTTGCTTGAAGATTTTGATTGTAA
genomic: ATACTCTTGATGCACGTCTTGATGTAGTTTTCCGTAAAAAGCTTCCAGAGgtaaaaaaaa ... cttattgcagATCCGAAAGCAGCTCTTTGGACAAATTGTTGCTTGAAGATTTTGATTGTAA
EST: gi|15199462|gb|BI423843.1|BI423843
EST:     ATACTCTTGATGCACGTCTTGATGTAGTTTTCCGTAAAAAGCTTCCAGAG                         ATCCGAAAGCAGCTCTTTGGACAAATTGTTGCT
genomic: ATACTCTTGATGCACGTCTTGATGTAGTTTTCCGTAAAAAGCTTCCAGAGgtaaaaaaaa ... cttattgcagATCCGAAAGCAGCTCTTTGGACAAATTGTTGCT
EST: gi|8401626|gb|BE057260.1|BE057260
EST:     ATACTCTTGATGCACGTCTTGATGTAGTTTTCCGTAAAAAGCTTCCAGAG                         ATCCGAAAGCAGCTCTTTGGACAAATTGTTGCTTGAAGATTTTGATT
genomic: ATACTCTTGATGCACGTCTTGATGTAGTTTTCCGTAAAAAGCTTCCAGAGgtaaaaaaaa ... cttattgcagATCCGAAAGCAGCTCTTTGGACAAATTGTTGCTTGAAGATTTTGATT
EST: gi|192329098|gb|FK021114.1|FK021114
EST:     ATACTCTTGATGCACGTCTTGATGTAGTTTTCCGTAAAAAGCTTCCAGAG                         ATCCGAAAGCAGCTCTTTGGACAAATTGTTGCTTGAAGATTTTGATTGTAA
genomic: ATACTCTTGATGCACGTCTTGATGTAGTTTTCCGTAAAAAGCTTCCAGAGgtaaaaaaaa ... cttattgcagATCCGAAAGCAGCTCTTTGGACAAATTGTTGCTTGAAGATTTTGATTGTAA
EST: gi|208317946|gb|GE117133.1|GE117133
EST:     ATACTCTTGATGCACGTCTTGATGTAGTTTTCCGTAAAAAGCTTCCAGAG                         ATCCAAAAGCAGCTCTTTGGACAAATTGTTGCTTGAAGATTTTGATTGTAA
genomic: ATACTCTTGATGCACGTCTTGATGTAGTTTTCCGTAAAAAGCTTCCAGAGgtaaaaaaaa ... cttattgcagATCCGAAAGCAGCTCTTTGGACAAATTGTTGCTTGAAGATTTTGATTGTAA
EST: gi|207736144|gb|GD711267.1|GD711267
EST:     ATACTCTTGATGCACGTCTTGATGTAGTTTTCCGTAAAAAGCTTCCAGAG                         ATCCGAAAGCAGCTCTTTGGACAAATTGTTGCTTGAAGATTTTGATTGTAA
genomic: ATACTCTTGATGCACGTCTTGATGTAGTTTTCCGTAAAAAGCTTCCAGAGgtaaaaaaaa ... cttattgcagATCCGAAAGCAGCTCTTTGGACAAATTGTTGCTTGAAGATTTTGATTGTAA
EST: gi|193526506|gb|FK486692.1|FK486692
EST:     ATACTCTTGATGCACGTCTTGATGTAGTTTTCCGTAAAAAGCTTCCAGAG                         ATCCGAAAGCAGCTCTTTGGACAAATTGTTGCTTAGAAGATTTTGAT
genomic: ATACTCTTGATGCACGTCTTGATGTAGTTTTCCGTAAAAAGCTTCCAGAGgtaaaaaaaa ... cttattgcagATCCGAAAGCAGCTCTTTGGACAAATTGTTGCTT-GAAGATTTTGAT
EST: gi|193333387|gb|FK300397.1|FK300397
EST:     ATACTCTTGATGCACGTCTTGATGTAGTTTTCCGTAAAAAGCTTCCAGAG                         ATCCGAAAGCAGCTCTTTGGACAAATTGTTGCTTGAAGATTTTGATTGTAA
genomic: ATACTCTTGATGCACGTCTTGATGTAGTTTTCCGTAAAAAGCTTCCAGAGgtaaaaaaaa ... cttattgcagATCCGAAAGCAGCTCTTTGGACAAATTGTTGCTTGAAGATTTTGATTGTAA
EST: gi|193626729|gb|FK577125.1|FK577125
EST:     ATACTCTTGATGCACGTCTTGATGTAGTTTTCCGTAAAAAGCTTCCAGAG                         ATCCGAAAGCAGCTCTTTGGACAAATTGTTGACTTAGAAGATTTTGAT
genomic: ATACTCTTGATGCACGTCTTGATGTAGTTTTCCGTAAAAAGCTTCCAGAGgtaaaaaaaa ... cttattgcagATCCGAAAGCAGCTCTTTGGACAAATTGTTG-CTT-GAAGATTTTGAT
EST: gi|31307766|gb|CD392969.1|CD392969
EST:     ATACTCTTGATGCACGTCTTGATGTAGTTTTCCGTAAAAAGCTTCCAGAG                         ATCCGAAAGCAGCTCTTTGGACAAATTGTTGCTTGAAGATTTTGATTGTAA
genomic: ATACTCTTGATGCACGTCTTGATGTAGTTTTCCGTAAAAAGCTTCCAGAGgtaaaaaaaa ... cttattgcagATCCGAAAGCAGCTCTTTGGACAAATTGTTGCTTGAAGATTTTGATTGTAA
EST: gi|193360565|gb|FK325573.1|FK325573
EST:     ATACTCTTGATGCACGTCTTGATGTAGTTTTCCGTAAAAAGCTTCCAGAG                         ATCCGAAAGCAGCTCTTTGGACAAATTGTTGCTTGAAGATTTTGATTGTAA
genomic: ATACTCTTGATGCACGTCTTGATGTAGTTTTCCGTAAAAAGCTTCCAGAGgtaaaaaaaa ... cttattgcagATCCGAAAGCAGCTCTTTGGACAAATTGTTGCTTGAAGATTTTGATTGTAA
EST: gi|58017141|gb|CX703883.1|CX703883
EST:     ATACTCTTGATGCACGTCTTGATGTAGTTTTCCGTAAAAAGCTTCCAGAG                         ATCCGAAAGCAGCTCTTTGGACAAATTGTTGCTTGAAGATTTTGATTGTAA
genomic: ATACTCTTGATGCACGTCTTGATGTAGTTTTCCGTAAAAAGCTTCCAGAGgtaaaaaaaa ... cttattgcagATCCGAAAGCAGCTCTTTGGACAAATTGTTGCTTGAAGATTTTGATTGTAA
EST: gi|58014529|gb|CX701271.1|CX701271
EST:     ATACTCTTGATGCACGTCTTGATGTAGTTTTCCGTAAAAAGCTTCCAGAG                         ATCCGAAAGCAGCTCTTTGGACAAATTGTTGCTTGAAGATTTTGATTGTAA
genomic: ATACTCTTGATGCACGTCTTGATGTAGTTTTCCGTAAAAAGCTTCCAGAGgtaaaaaaaa ... cttattgcagATCCGAAAGCAGCTCTTTGGACAAATTGTTGCTTGAAGATTTTGATTGTAA
EST: gi|31312201|gb|CD397404.1|CD397404
EST:     ATACTCTTGATGCACGTCTTGATGTAGTTTTCCGTAAAAAGCTTCCAGAG                         ATCCGAAAGCAGCTCTTTGGACAAATTGTTGCTTGAAGATTTTGATTGTAA
genomic: ATACTCTTGATGCACGTCTTGATGTAGTTTTCCGTAAAAAGCTTCCAGAGgtaaaaaaaa ... cttattgcagATCCGAAAGCAGCTCTTTGGACAAATTGTTGCTTGAAGATTTTGATTGTAA
EST: gi|193680364|gb|FK624872.1|FK624872
EST:     ATACTCTTGATGCACGTCTTGATGTAGTTTTCCGTAAAAAGCTTCCAGAG                         ATCCGAAAGCAGCTCTTTGGACAAATTGTTGCTTGAAGATTTTGATTGTAA
genomic: ATACTCTTGATGCACGTCTTGATGTAGTTTTCCGTAAAAAGCTTCCAGAGgtaaaaaaaa ... cttattgcagATCCGAAAGCAGCTCTTTGGACAAATTGTTGCTTGAAGATTTTGATTGTAA
EST: gi|207719588|gb|GD702087.1|GD702087
EST:     ATACTCTTGATGCACGTCTTGATGTAGTTTTCCGTAAAAAGCTTCCAGAG                         ATCCGAAAGCAGCTCTTTGGACAAATTGTTGCTTGAAGATTTTGATTGTAA
genomic: ATACTCTTGATGCACGTCTTGATGTAGTTTTCCGTAAAAAGCTTCCAGAGgtaaaaaaaa ... cttattgcagATCCGAAAGCAGCTCTTTGGACAAATTGTTGCTTGAAGATTTTGATTGTAA
EST: gi|193558775|gb|FK510772.1|FK510772
EST:     TTTCCGTAAAAAGCTTCCAGAG                         ATCCGAAAGCAGCTCTTTGGACAAATTGTTGCTTGAAGATTTTGATTGTAA
genomic: TTTCCGTAAAAAGCTTCCAGAGgtaaaaaaaa ... cttattgcagATCCGAAAGCAGCTCTTTGGACAAATTGTTGCTTGAAGATTTTGATTGTAA
EST: gi|254336378|gb|GR842557.1|GR842557
EST:     ATACTCTTGATGCACGTCTTGATGTAGTTTTCCGTAAAAAGCTTCCAGAG                         ATCCGAAAGCAGCTCTTTGGACAAATTGTTGCTTGAAGATTTTGATTGTAA
genomic: ATACTCTTGATGCACGTCTTGATGTAGTTTTCCGTAAAAAGCTTCCAGAGgtaaaaaaaa ... cttattgcagATCCGAAAGCAGCTCTTTGGACAAATTGTTGCTTGAAGATTTTGATTGTAA
EST: gi|208058508|gb|GD860625.1|GD860625
EST:     ATACTCTTGATGCACGTCTTGATGTAGTTTTCCGTAAAAAGCTTCCAGAG                         ATCCGAAAGCAGCTCTTTGGACAAATTGTTGCTTGAAGATTTTGATTGTAA
genomic: ATACTCTTGATGCACGTCTTGATGTAGTTTTCCGTAAAAAGCTTCCAGAGgtaaaaaaaa ... cttattgcagATCCGAAAGCAGCTCTTTGGACAAATTGTTGCTTGAAGATTTTGATTGTAA
EST: gi|193368874|gb|FK335240.1|FK335240
EST:     TACTCTTGATGCACGTCTTGATGTAGTTTTCCGTAAAAAAGCTTCCAGAG                         ATCCGAAAGCAGCTCTTTGGACAAATTGTTGCTTGAAGATTTTGATTGTAA
genomic: TACTCTTGATGCACGTCTTGATGTAGTTTTCCGTAAAAA-GCTTCCAGAGgtaaaaaaaa ... cttattgcagATCCGAAAGCAGCTCTTTGGACAAATTGTTGCTTGAAGATTTTGATTGTAA
EST: gi|208200508|gb|GD997699.1|GD997699
EST:     ACTCTTGATGCACGTCTTTGATGTTAGTTTTCCGTAAAAAGCTTCCAGAG                         ATCCGAAAGCAGCTCTTTGGACAAATTGTTGCTTGAAGATTTTGATTGTAA
genomic: ACTCTTGATGCACGTCTT-GATGT-AGTTTTCCGTAAAAAGCTTCCAGAGgtaaaaaaaa ... cttattgcagATCCGAAAGCAGCTCTTTGGACAAATTGTTGCTTGAAGATTTTGATTGTAA
EST: gi|193561942|gb|FK516877.1|FK516877
EST:     ATACTCTTGATGCACGTCTTGATGTAGTTTTCCGTAAAAAGCTTCCAGAG                         ATCCGAAAGCAGCTCTTTGGACAAATTGTTGCTTGAAGATTTTGATTGTAA
genomic: ATACTCTTGATGCACGTCTTGATGTAGTTTTCCGTAAAAAGCTTCCAGAGgtaaaaaaaa ... cttattgcagATCCGAAAGCAGCTCTTTGGACAAATTGTTGCTTGAAGATTTTGATTGTAA
EST: gi|13312082|gb|BG405733.1|BG405733
EST:     ATACTCTTGATGCACGTCTTGATGTAGTTTTCCGTAAAAAGCTTCCAGAG                         ATCCGAAAGCAGCTCTTTGGACAAATTGTTGCTTGAAGATTTTGATTGTAA
genomic: ATACTCTTGATGCACGTCTTGATGTAGTTTTCCGTAAAAAGCTTCCAGAGgtaaaaaaaa ... cttattgcagATCCGAAAGCAGCTCTTTGGACAAATTGTTGCTTGAAGATTTTGATTGTAA
EST: gi|31470069|gb|CD412097.1|CD412097
EST:     ATACTCTTGATGCACGTCTTGATGTAGTTTTCCGTAAAAAGCTTCCAGAG                         ATCCGAAAGCAGCTCTTTGGACAAATTGTTGCTTGAAGATTTTGATTGTAA
genomic: ATACTCTTGATGCACGTCTTGATGTAGTTTTCCGTAAAAAGCTTCCAGAGgtaaaaaaaa ... cttattgcagATCCGAAAGCAGCTCTTTGGACAAATTGTTGCTTGAAGATTTTGATTGTAA
EST: gi|5605748|gb|AI899812.1|AI899812
EST:     ATACTCTTGATGCACGTCTTGATGTATTTTTCCGTAAAAAGCTTCCAGAG                         ATCCGAAAGCAGCTCTTTGGACAAATTGTTGCTTGAAGATTTTGATTGTAA
genomic: ATACTCTTGATGCACGTCTTGATGTAGTTTTCCGTAAAAAGCTTCCAGAGgtaaaaaaaa ... cttattgcagATCCGAAAGCAGCTCTTTGGACAAATTGTTGCTTGAAGATTTTGATTGTAA
EST: gi|207741562|gb|GD717684.1|GD717684
EST:     GTTTTCCGTAAAAAGCTTCCAGAG                         ATCCGAAAGCAGCTCTTTGGACAAATTGTTGCTTGAAGATTTTGATTGTAA
genomic: GTTTTCCGTAAAAAGCTTCCAGAGgtaaaaaaaa ... cttattgcagATCCGAAAGCAGCTCTTTGGACAAATTGTTGCTTGAAGATTTTGATTGTAA
EST: gi|208197924|gb|GD998039.1|GD998039
EST:     TTGATGCACGTCTTGATGTAGTTTTCCGTAAGAAGCTTCCAGAG                         ATCCGAAAGCAGCTCTTTGGACAAATTGTTGCTTGAAGATTTTGATTGTAA
genomic: TTGATGCACGTCTTGATGTAGTTTTCCGTAAAAAGCTTCCAGAGgtaaaaaaaa ... cttattgcagATCCGAAAGCAGCTCTTTGGACAAATTGTTGCTTGAAGATTTTGATTGTAA
EST: gi|207730885|gb|GD707926.1|GD707926
EST:     ATACTCTTGATGCACGTCTTGATGTAGTTTTCCGTAAAAAGCTTCCAGAG                         ATCCGAAAGCAGCTCTTTGGACAAATTGTTGCTTGAAGATTTTGATTGTAA
genomic: ATACTCTTGATGCACGTCTTGATGTAGTTTTCCGTAAAAAGCTTCCAGAGgtaaaaaaaa ... cttattgcagATCCGAAAGCAGCTCTTTGGACAAATTGTTGCTTGAAGATTTTGATTGTAA
EST: gi|208117335|gb|GD919033.1|GD919033
EST:     AAAAGCTTCCAGAG                         ATCCGAAAGCAGCTCTTTGGACAAATTGTTGCTTGAAGATTTTGATTGTAA
genomic: AAAAGCTTCCAGAGgtaaaaaaaa ... cttattgcagATCCGAAAGCAGCTCTTTGGACAAATTGTTGCTTGAAGATTTTGATTGTAA
EST: gi|31465554|gb|CD407582.1|CD407582
EST:     ATACTCTTGATGCACGTCTTGATGTAGTTTTCCGTAAAAAGCTTCCAGAG                         ATCCGAAAGCAGCTCTTTGGACAAATTGTTGCTTGAAGATTTTGATTGTAA
genomic: ATACTCTTGATGCACGTCTTGATGTAGTTTTCCGTAAAAAGCTTCCAGAGgtaaaaaaaa ... cttattgcagATCCGAAAGCAGCTCTTTGGACAAATTGTTGCTTGAAGATTTTGATTGTAA
EST: gi|207693886|gb|GD674639.1|GD674639
EST:     ATACTCTTGATGCACGTCTTGATGTAGTTTTCCGTAAAAAGCTTCCAGAG                         ATCCGAAAGCAGCTCTTTGGACAAATTGTTGCTTGAAGATTTTGATTGTAA
genomic: ATACTCTTGATGCACGTCTTGATGTAGTTTTCCGTAAAAAGCTTCCAGAGgtaaaaaaaa ... cttattgcagATCCGAAAGCAGCTCTTTGGACAAATTGTTGCTTGAAGATTTTGATTGTAA
EST: gi|193490734|gb|FK456433.1|FK456433
EST:     ATACTCTTGATGCACGTCTTGATGTAGTTTTCCGTAAAAAGCTTCCAGAG                         ATCCGAAAGCAGCTCTTTGGACAAATTGTTGCTTGAAGATTTTGATTGTAA
genomic: ATACTCTTGATGCACGTCTTGATGTAGTTTTCCGTAAAAAGCTTCCAGAGgtaaaaaaaa ... cttattgcagATCCGAAAGCAGCTCTTTGGACAAATTGTTGCTTGAAGATTTTGATTGTAA
EST: gi|31310477|gb|CD395680.1|CD395680
EST:     ATACTCTTGATGCACGTCTTGATGTAGTTTTCCGTAAAAAGCTTCCAGAG                         ATCCGAAAGCAGCTCTTTGGACAAATTGTTGCTTGAAGATTTTGATTGTAA
genomic: ATACTCTTGATGCACGTCTTGATGTAGTTTTCCGTAAAAAGCTTCCAGAGgtaaaaaaaa ... cttattgcagATCCGAAAGCAGCTCTTTGGACAAATTGTTGCTTGAAGATTTTGATTGTAA
EST: gi|254324500|gb|GR833925.1|GR833925
EST:     ATACTCTTGATGCACGTCTTGATGTAGTTTTCCGTAAAAAGCTTCCAGAG                         ATCCGAAAGCAGCTCTTTGGACAAATTGTTGCTTGAAGATTTTGATTGTAA
genomic: ATACTCTTGATGCACGTCTTGATGTAGTTTTCCGTAAAAAGCTTCCAGAGgtaaaaaaaa ... cttattgcagATCCGAAAGCAGCTCTTTGGACAAATTGTTGCTTGAAGATTTTGATTGTAA


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

ggttaaccatgtctaacgactagattcttatgaagtttcttgctccttattgcagATCCGAAAGCAGCTCTTTGGACAAATTGTTGCTTGAAGATTTTGATTGTAATGTTTGGTTACCCCTGGAACTATATCCCGAAGCATAAGCTTGTCTTCAT
          gtctaac  putative branch site (score: 2)
                                   tttcttgctccttatt  putative PPT
                       attcttat  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
tcttgggaaaggggtttaaggttaattactttaaagtgatgaactggttaaccatgtctaacgactagattcttatgaagtttcttgctccttattgcagATCCGAAAGCAGCTCTTTGGACAAATTGTTGCTTGAAGATTTTGATTGTAATGTTTGGTTACCCCTGGAACTATATCCCGAAGCATAAGCTTGTCTTCAT

- - - - - ggggttt
- - - - - - - - - - - - - - - - - agtgatg
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - actggtt
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - catgtct
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -tatgaag