1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' |
...atgtaattcatttaacacaacttataatttataaagtgatgaactggttaactacgtctaacgactaggttctgattaagtttcttgctcctcattgcagATCCGAAGGCAGCTCTTTGGATAAGTTGTTGCTTGAATATTTTGATTGTATTGTTTCGTTACCCCTGTAATGTTTATATCCCGAAGCATAAGCTTGTCTT
species | Glycine max |
transcript | GLYMA05G37160.1 |
intron # | 5 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: ATACTCTTGATGCACGACTTGATGTAGTGTTCCGTAAAAAGCTTCCAGAG ATCCGAAGGCAGCTCTTTGGATAAGTTGTTGCTTGAATATTTTGATTGTATEST: gi|37997101|gb|CF808690.1|CF808690
genomic: ATACTCTTGATGCACGACTTGATGTAGTGTTCCGTAAAAAGCTTCCAGAGgtaaatattt ... ctcattgcagATCCGAAGGCAGCTCTTTGGATAAGTTGTTGCTTGAATATTTTGATTGTAT
EST: ATACTCTTGATGCACGACTTGATGTAGTGTTCCGTAAAAAGCTTCCAGAG ATCCGAAGGCAGCTCTTTGGATAAGTTGTTGCTTGAATATTTTGATTGTATEST: gi|14991231|gb|BI316904.1|BI316904
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EST: ATACTCTTGATGCACGACTTGATGTAGTGTTCCGTAAAAAGCTTCCAGAG ATCCGAAGGCAGCTCTTTGGATAAGTTGTTGCTTGAATATTTTGATTGTATEST: gi|193578548|gb|FK534800.1|FK534800
genomic: ATACTCTTGATGCACGACTTGATGTAGTGTTCCGTAAAAAGCTTCCAGAGgtaaatattt ... ctcattgcagATCCGAAGGCAGCTCTTTGGATAAGTTGTTGCTTGAATATTTTGATTGTAT
EST: CTTGATGTAGTGTTCCGTAAAAAGCTTCCAGAG ATCCGAAGGCAGCTCTTTGGATAAGTTGTTGCTTGAATATTTTGATTGTAT
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ggttaactacgtctaacgactaggttctgattaagtttcttgctcctcattgcagATCCGAAGGCAGCTCTTTGGATAAGTTGTTGCTTGAATATTTTGATTGTATTGTTTCGTTACCCCTGTAATGTTTATATCCCGAAGCATAAGCTTGTCTT
tttcttgctcctcatt CT-rich tract
attaagttt TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| atgtaattcatttaacacaacttataatttataaagtgatgaactggttaactacgtctaacgactaggttctgattaagtttcttgctcctcattgcagATCCGAAGGCAGCTCTTTGGATAAGTTGTTGCTTGAATATTTTGATTGTATTGTTTCGTTACCCCTGTAATGTTTATATCCCGAAGCATAAGCTTGTCTT
- - - - - - - acacaac
- - - - - - - - - - - - - - - - - agtgatg
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - actggtt
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -ggttctg