Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtaaatggttcactttccttcaagtgcaatttttatattatacattgttttggcctggtttttcctttctgagataaaccttagaatcttgatttactgcatgatataccaatttctccttttgaagtcatacaggtttaaatctcctcccctgcttgcctcatgcttgtgtttttactttttacagATATTCCGTAAGGAGCCATTCTTTTATGGACATGATAACTATGATCAACTGGTCAAAATAGCTAAG

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA05G22320.1
intron # 5
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GLYMA05G22320.1 (Glycine max), 3'ss of exon 5
lower sequence: AT2G23070.1 (Arabidopsis thaliana), 3'ss of exon 5
gtaaatggttcactttccttcaagtgcaatttttatattatacattgttttggcctggtttttcctttctgagataaaccttaga-atcttgattta--ctgca-tgatataccaatttctccttttgaagtcatacaggtttaa--atctcctcccctgcttgcctcatgc---ttgtgt-ttttactttttacagATATTCCGTAAGGAGCCATTCTTTTATGGACATGATAACTATGATCAACTGGTCAAAATAGCTAAG
                                                            |   | || | || || |  ||||  | |||| ||||  ||| | ||  ||  |||    ||      |  |  |     ||| |  ||  | |    |  ||   |  ||    |||| |  | |||| ||| ||||||||||| |||||||| ||||||||||| ||||| |||||||||||| |||||||||| || |||
-----------------------------------------------------------gtaagcgttttaagctagaatttagttaacttggtttaagctgtaatggaatgacaagaattcgacagtacattttggttattttaccattccttaagttagttaagtggtgaatattgtatactctactgtttgcagATATTCCGCAAGGAGCCGTTCTTTTATGGCCATGACAACTATGATCAATTGGTCAAAATTGCGAAG

upper sequence: GLYMA05G22320.1 (Glycine max), 3'ss of exon 5
lower sequence: Vv07s0129g00270.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 5
gtaaatggttcactttccttcaagtgcaatttttatattatacattgttttggcctggtttttcctttctgagataaaccttagaatcttgatttactgcatgatataccaatttctccttttgaagtcatacaggtttaaatctcctcccctgcttgcc-tcatgcttgtgtt-----tttactttttacagATATTCCGTAAGGAGCCATTCTTTTATGGACATGATAACTATGATCAACTGGTCAAAATAGCTAAG
                                                                                              |     |||  |      || |   ||||||   ||| ||    ||  |    ||  ||  || |  | |||||| | ||      ||      ||||||| ||||| ||||||||||| || || || |||||||| |||||||||||||| ||||||||||||
--------------------------------------------------------------------------------------------ggtggcagatggcaaggtggttccaa-ttttgacaccatgcaaaggtatgtggtgtcaactctttactgtgatgcttattttaaaagcttgtgccatacagATTTTCCGCAAGGAGCCATTTTTCTACGGGCATGATAATTATGATCAACTGGTTAAAATAGCTAAG

upper sequence: GLYMA05G22320.1 (Glycine max), 3'ss of exon 5
lower sequence: PP1S165_119V6.1 (Physcomitrella patens), 3'ss of exon 6
gtaaatggttcactttccttcaagtgcaatttttatattatacattgttttggcctggtttttcctttctgagataaaccttagaatcttgatttactg-catgatataccaatttctccttttgaagtcatacaggtttaaatctcctcccctgcttgcctcatgcttgtgtttttacttt-ttacagATATTCCGTAAGGAGCCATTCTTTTATGGACATGATAACTATGATCAACTGGTCAAAATAGCTAAG
                                                        |    ||   |||  || | ||  ||   ||  |  || | |  ||   | |  |  |   |   ||||    | |   ||||||  | |    |     |  | | |  |  |||  || |  |  || |||||||| || |||||||||||||||||||| ||||| || ||||||||||| || || || ||||||
--------------------------------------------------------gtaaatttaattccaagttcaatatttcgatggtccttgattatcacagtttgtcgctacgttgatttg----ctttttggtttagtttttgagcttgattctcgttaaacaggtgaattgaagtgattgcagATATTTCGGAAGGAGCCATTCTTTTATGGGCATGACAATTATGATCAACTTGTGAAGATTGCTAAG

upper sequence: GLYMA05G22320.1 (Glycine max), 3'ss of exon 5
lower sequence: PP1S63_208V6.1 (Physcomitrella patens), 3'ss of exon 6
gtaaatggttcactttccttcaagtgcaatttttatattatacattgttttggcctggtttttcctttctgagataaaccttagaatcttgatttactgcatgatataccaatttctccttttgaagtcatacaggtttaaatctcctcccctgcttgcc-tcatgcttgtgtttttacttt-ttacagATATTCCGTAAGGAGCCATTCTTTTATGGACATGATAACTATGATCAACTGGTCAAAATAGCTAAG
                                                         ||      |    |   |  |  |||  |   | || |  | | | || |||   |||| | |  ||      | | | |||     | ||    | |||  | | |||||   |   || | |  || ||||| || || |||||||||||||||||||||||||| || |||||||| || || || || || |||
---------------------------------------------------------gtaacgtatcctcgcagtttattttaaca--ctaatct--ttcgttatttacagttttcccatgatgtgtatctgc-gattttttcattctgaagtacttctcgttatgctgaagagattgcgtggttgcagATCTTTCGGAAGGAGCCATTCTTTTATGGACATGACAATTATGATCAGCTTGTGAAGATTGCCAAG

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|37995826|gb|CF807415.1|CF807415
EST:     ATGATTACTCTCTAGATTTATGGAGTCTTGGTTGTATGTTTGCTGGGATG                         ATATTCCGTAAGGAGCCATTCTTTTATGGACATGATAACTATGATCAACTG
genomic: ATGATTACTCTCTAGATTTATGGAGTCTTGGTTGTATGTTTGCTGGGATGgtaaatggtt ... ctttttacagATATTCCGTAAGGAGCCATTCTTTTATGGACATGATAACTATGATCAACTG
EST: gi|15815566|gb|BI787841.1|BI787841
EST:     ATGATTACTCTCTAGATTTATGGAGTCTTGGTTGTATGTTTGCTGGGATG                         ATATTCCGTAAGGAGCCATTCTTTTATGGACATGATAACTATGATCAACTG
genomic: ATGATTACTCTCTAGATTTATGGAGTCTTGGTTGTATGTTTGCTGGGATGgtaaatggtt ... ctttttacagATATTCCGTAAGGAGCCATTCTTTTATGGACATGATAACTATGATCAACTG
EST: gi|18848708|gb|BM567820.1|BM567820
EST:     ATGATTACTCTCTAGATTTATGGAGTCTTGGTTGTATGTTTGCTGGGATG                         ATATTCCGTAAGGAGCCATTCTTTTATGGACATGATAACTATGATCAACTG
genomic: ATGATTACTCTCTAGATTTATGGAGTCTTGGTTGTATGTTTGCTGGGATGgtaaatggtt ... ctttttacagATATTCCGTAAGGAGCCATTCTTTTATGGACATGATAACTATGATCAACTG
EST: gi|17153984|gb|BM143917.1|BM143917
EST:     CTTGGTTGTATGTTTGCTGGGATG                         ATATTCCGTAAGGAGCCATTCTTTTATGGACATGATAACTATGATCAACTG
genomic: CTTGGTTGTATGTTTGCTGGGATGgtaaatggtt ... ctttttacagATATTCCGTAAGGAGCCATTCTTTTATGGACATGATAACTATGATCAACTG
EST: gi|20814462|gb|BQ298940.1|BQ298940
EST:     ATGATTACTCTCTAGATTTATGGAGTCTTGGTTGTATGTTTGCTGGGATG                         ATATTCCGTAAGGAGCCATTCTTTTATGGACATGATAACTATGATCAACTG
genomic: ATGATTACTCTCTAGATTTATGGAGTCTTGGTTGTATGTTTGCTGGGATGgtaaatggtt ... ctttttacagATATTCCGTAAGGAGCCATTCTTTTATGGACATGATAACTATGATCAACTG
EST: gi|192303250|gb|FG995586.1|FG995586
EST:     TCTTGGTTGTATGTTTGCTGGGATG                         ATATTCCGTAAGGAGCCATTCTTTTATGGACATGATAACTATGATCAACTG
genomic: TCTTGGTTGTATGTTTGCTGGGATGgtaaatggtt ... ctttttacagATATTCCGTAAGGAGCCATTCTTTTATGGACATGATAACTATGATCAACTG
EST: gi|31465610|gb|CD407638.1|CD407638
EST:     ATGATTACTCTCTAGATTTATGGAGTCTTGGTTGTATGTTTGCTGGGATG                         ATATTCCGTAAGGAGCCATTCTTTTATGGACATGATAACTATGATTAACTG
genomic: ATGATTACTCTCTAGATTTATGGAGTCTTGGTTGTATGTTTGCTGGGATGgtaaatggtt ... ctttttacagATATTCCGTAAGGAGCCATTCTTTTATGGACATGATAACTATGATCAACTG
EST: gi|16343159|gb|BI968754.1|BI968754
EST:     ATGATTACTCTCTAGATTTATGGAGTCTTGGTTGTATGTTTGCTGGGATG                         ATATTCCGTAAGGAGCCATTCTTTTATGGACATGATAACTATGATCAACTG
genomic: ATGATTACTCTCTAGATTTATGGAGTCTTGGTTGTATGTTTGCTGGGATGgtaaatggtt ... ctttttacagATATTCCGTAAGGAGCCATTCTTTTATGGACATGATAACTATGATCAACTG
EST: gi|9819518|gb|BE555031.1|BE555031
EST:     ATGATTACTCTCTAGATTTATGGAGTCTTGGTTGTATGTTTGCTGGGATG                         ATATTTCGTAAGGAGCCATTCCTTTATGGACATGATAACTATGATCAACTG
genomic: ATGATTACTCTCTAGATTTATGGAGTCTTGGTTGTATGTTTGCTGGGATGgtaaatggtt ... ctttttacagATATTCCGTAAGGAGCCATTCTTTTATGGACATGATAACTATGATCAACTG
EST: gi|7640075|gb|AW734384.1|AW734384
EST:     ATGATTACTCTCTAGATTTATGGAGTCTTGGTTGTATGTTTGCTGGGATG                         ATATTCCGTAAGGAGCCATTCTTTTATGGACATGATAACTATGATCAACTG
genomic: ATGATTACTCTCTAGATTTATGGAGTCTTGGTTGTATGTTTGCTGGGATGgtaaatggtt ... ctttttacagATATTCCGTAAGGAGCCATTCTTTTATGGACATGATAACTATGATCAACTG
EST: gi|17401154|gb|BM177936.1|BM177936
EST:     ATGATTACTCTCTAGATTTATGGAGTCTTGGTTGTATGTTTGCTGGGATG                         ATATTCCGTAAGGAGCCATTCTTTTATGGACATGATAACTATGATCAACTG
genomic: ATGATTACTCTCTAGATTTATGGAGTCTTGGTTGTATGTTTGCTGGGATGgtaaatggtt ... ctttttacagATATTCCGTAAGGAGCCATTCTTTTATGGACATGATAACTATGATCAACTG


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

caggtttaaatctcctcccctgcttgcctcatgcttgtgtttttactttttacagATATTCCGTAAGGAGCCATTCTTTTATGGACATGATAACTATGATCAACTGGTCAAAATAGCTAAG
                                     tgtttttacttttt  CT-rich tract
                                     tgtttttacttttta  TA-rich tract