1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' |
...tgctctcttttttctttctttgatatcagtttatttagttctcataattcttgttaacctcactcacaaccttttgctctcttgttttctttgataccagTTTCTATAGATGCAGCTTTGATCAAGTACATGGGGGAGAGGTGGTGCAGCAGGAGTATGTTCGTTTCTTAAAATTTGAAAATAGGCCCAAATAAAAGTTG
species | Glycine max |
transcript | GLYMA04G40230.1 |
intron # | 5 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: TGTGATAATTGTTTGGTATGGATGGGAG TTTCTATAGATGCAGCTTTGATCAAGTACATGGGGGAGAGGTGGTGCAGCAEST: gi|5677630|gb|AI938760.1|AI938760
genomic: TGTGATAATTG-TTGGTATGGATGGGAGgtatgtatat ... ttgataccagTTTCTATAGATGCAGCTTTGATCAAGTACATGGGGGAGAGGTGGTGCAGCA
EST: GTGGCATTTGGATCTCAGAACTCTGTGATAATTGTTGGTATGGATGGGAG TTTCTATAGATGCAGCTATGATCAAGTACATGGGGGAGAGGTGGTGCAGCAEST: gi|23734903|gb|BU765704.1|BU765704
genomic: GTGGCATTTGGATCTCAGAACTCTGTGATAATTGTTGGTATGGATGGGAGgtatgtatat ... ttgataccagTTTCTATAGATGCAGCTTTGATCAAGTACATGGGGGAGAGGTGGTGCAGCA
EST: GTGGCATTTGGATCTCAGAACTCTGTGATAATTGTTGGTATGGATGGGAG TTTCTATAGATGCAGCTTTGATCAAGTACATGGGGGAGAGGTGGTGCAGCAEST: gi|51336618|gb|CO980484.1|CO980484
genomic: GTGGCATTTGGATCTCAGAACTCTGTGATAATTGTTGGTATGGATGGGAGgtatgtatat ... ttgataccagTTTCTATAGATGCAGCTTTGATCAAGTACATGGGGGAGAGGTGGTGCAGCA
EST: GTGGCATTTGGATCTCAGAACTCTGTGATAATTGTTGGTATGGATGGGAG TTTCTATAGATGCAGCTTTGATCAAGTACATGGGGGAGAGGTGGTGCAGCAEST: gi|21601233|gb|BQ611564.1|BQ611564
genomic: GTGGCATTTGGATCTCAGAACTCTGTGATAATTGTTGGTATGGATGGGAGgtatgtatat ... ttgataccagTTTCTATAGATGCAGCTTTGATCAAGTACATGGGGGAGAGGTGGTGCAGCA
EST: GTGGCATTTGGATCTCAGAACTCTGTGATAATTGTTGGTATGGATGGGAG TTTCTATAGATGCAGCTTTGATCAAGTACATGGGGGAGAGGTGGTGCAGCAEST: gi|51336670|gb|CO980536.1|CO980536
genomic: GTGGCATTTGGATCTCAGAACTCTGTGATAATTGTTGGTATGGATGGGAGgtatgtatat ... ttgataccagTTTCTATAGATGCAGCTTTGATCAAGTACATGGGGGAGAGGTGGTGCAGCA
EST: GTGGCATTTGGATCTCAGAACTCTGTGATAATTGTTGGTATGGATGGGAG TTTCTATAGATGCAGCTTTGATCAAGTACATGGGGGAGAGGTGGTGCAGCAEST: gi|31474437|gb|CD416465.1|CD416465
genomic: GTGGCATTTGGATCTCAGAACTCTGTGATAATTGTTGGTATGGATGGGAGgtatgtatat ... ttgataccagTTTCTATAGATGCAGCTTTGATCAAGTACATGGGGGAGAGGTGGTGCAGCA
EST: GTGGCATTTGGATCTCAGAACTCTGTGATAATTGTTGGTATGGATGGGAG TTTCTATAGATGCAGCTTTGATCAAGTACATGGGGGAGAGGTGGTGCAGCA
genomic: GTGGCATTTGGATCTCAGAACTCTGTGATAATTGTTGGTATGGATGGGAGgtatgtatat ... ttgataccagTTTCTATAGATGCAGCTTTGATCAAGTACATGGGGGAGAGGTGGTGCAGCA
aattcttgttaacctcactcacaaccttttgctctcttgttttctttgataccagTTTCTATAGATGCAGCTTTGATCAAGTACATGGGGGAGAGGTGGTGCAGCAGGAGTATGTTCGTTTCTTAAAATTTGAAAATAGGCCCAAATAAAAGTTG
ccttttgctctcttgt CT-rich tract
ttttcttt TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| tgctctcttttttctttctttgatatcagtttatttagttctcataattcttgttaacctcactcacaaccttttgctctcttgttttctttgataccagTTTCTATAGATGCAGCTTTGATCAAGTACATGGGGGAGAGGTGGTGCAGCAGGAGTATGTTCGTTTCTTAAAATTTGAAAATAGGCCCAAATAAAAGTTG
tgctctc
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -cctcact