Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtaattcacacaacaaagtactgaacaactttttctcagctagtccaattcttacaacatttaatctcttttttagGGCCCTGGTCTATATTATGTTGATAGTGAAGGAGGAAGACTTAAAGGCACTAGATTCTCGGTTGGATCTGGTTCACCATATGCTTATGGTGTATTGGATA

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA04G37030.1
intron # 5
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GLYMA04G37030.3 (Glycine max), 3'ss of exon 5
lower sequence: Vv01s0010g02900.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 5
gtaattcacacaacaaagtactgaacaactttttctcagc--tagtccaat--tcttacaacatttaatctct----tttttagGGCCCTGGTCTATATTATGTTGATAGTGAAGGAGGAAGACTTAAAGGCACTAGATTCTCGGTTGGATCTGGTTCACCATATGCTTATGGTGTATTGGATA
|||||         | | ||   ||  |  ||||  |     || |   ||  |||||     | || | | |    | | ||||| ||||| || |||||||| || |||||||| || || || ||||| ||  ||||||| |||||||||||||| || ||||||||||||||| ||||||
gtaatgagatttgaatattatgaaatgatcttttgcctatcttaatttcatgatcttaatctgtctactttgtggggtatgtagGGTCCTGGACTGTATTATGTGGACAGTGAAGGGGGCAGGCTGAAAGGAACACGATTCTCTGTTGGATCTGGTTCGCCTTATGCTTATGGTGTACTGGATA
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|254321270|gb|GR824587.1|GR824587
EST:     GTGGAATGGGTTTATCTGTTGGTACCATGATTGCCGGATGGGATGAGACG                         GGCCCTGGTCTATATTATGTTGATAGTGAAGGAGGAAGACTTAAAGGCACT
genomic: GTGGAATGGGTTTATCTGTTGGTACCATGATTGCCGGATGGGATGAGACGgtaattcaca ... tcttttttagGGCCCTGGTCTATATTATGTTGATAGTGAAGGAGGAAGACTTAAAGGCACT
EST: gi|58021915|gb|CX708656.1|CX708656
EST:     GTGGAATGGGTTTATCTGTTGGTACCATGATTGCCGGATGGGATGAGACG                         GGCCCTGGTCTATATTATGTTGATAGTGAAGGAGGAAGACTTAAAGGCACT
genomic: GTGGAATGGGTTTATCTGTTGGTACCATGATTGCCGGATGGGATGAGACGgtaattcaca ... tcttttttagGGCCCTGGTCTATATTATGTTGATAGTGAAGGAGGAAGACTTAAAGGCACT
EST: gi|8827022|gb|BE210752.1|BE210752
EST:     GTGGAATGGGTTTATCTGTTGGTACCATGATTGCCGGATGGGATGAGACG                         GGCCCTGGTCTATATTATGTTGATAGTGAAGGAGGAAGACTTAAAGGCACT
genomic: GTGGAATGGGTTTATCTGTTGGTACCATGATTGCCGGATGGGATGAGACGgtaattcaca ... tcttttttagGGCCCTGGTCTATATTATGTTGATAGTGAAGGAGGAAGACTTAAAGGCACT
EST: gi|193462440|gb|FK425525.1|FK425525
EST:     GTGGAACGGGTTTATCTGTTGGTACCATGATTGCCGGATGGGATGAGACG                         GGCCCTGGTCTATATTATGTTGATAGTGAAGGAGGAAGACTTAAAGGCACT
genomic: GTGGAATGGGTTTATCTGTTGGTACCATGATTGCCGGATGGGATGAGACGgtaattcaca ... tcttttttagGGCCCTGGTCTATATTATGTTGATAGTGAAGGAGGAAGACTTAAAGGCACT
EST: gi|254338527|gb|GR849945.1|GR849945
EST:     GTGGAATGGGTTTATCTGTTGGTACCATGATTGCCGGATGGGATGAGACG                         GGCCCTGGTCTATATTATGTTGATAGTGAAGGAGGAAGACTTAAAGGCACT
genomic: GTGGAATGGGTTTATCTGTTGGTACCATGATTGCCGGATGGGATGAGACGgtaattcaca ... tcttttttagGGCCCTGGTCTATATTATGTTGATAGTGAAGGAGGAAGACTTAAAGGCACT
EST: gi|192322800|gb|FK014491.1|FK014491
EST:     GTGGAATGGGTTTATCTGTTGGTACCATGATTGCCGGATGGGATGAGACG                         GGCCCTGGTCTATATTATGTTGATAGTGAAGGAGGAAGACTTAAAGGCACT
genomic: GTGGAATGGGTTTATCTGTTGGTACCATGATTGCCGGATGGGATGAGACGgtaattcaca ... tcttttttagGGCCCTGGTCTATATTATGTTGATAGTGAAGGAGGAAGACTTAAAGGCACT
EST: gi|254322198|gb|GR837612.1|GR837612
EST:     GTGGAATGGGTTTATCTGTTGGTACCATGATTGCCGGATGGGATGAGACG                         GGCCCTGGTCTATATTATGTTGATAGTGAAGGAGGAAGACTTAAAGGCACT
genomic: GTGGAATGGGTTTATCTGTTGGTACCATGATTGCCGGATGGGATGAGACGgtaattcaca ... tcttttttagGGCCCTGGTCTATATTATGTTGATAGTGAAGGAGGAAGACTTAAAGGCACT
EST: gi|8827593|gb|BE211323.1|BE211323
EST:     GTGGAATGGGTTTATCTGTTGGTACCATGATTGCCGGATGGGATGAGACG                         GGCCCTGGTCTATATTATGTTGATAGTGAATGAGGAAGACTTAGAGGCACT
genomic: GTGGAATGGGTTTATCTGTTGGTACCATGATTGCCGGATGGGATGAGACGgtaattcaca ... tcttttttagGGCCCTGGTCTATATTATGTTGATAGTGAAGGAGGAAGACTTAAAGGCACT
EST: gi|254322199|gb|GR837613.1|GR837613
EST:     GT-GAATGGGTTTATCTGTTGGTACCATGATTGCCGGATGGGATGAGACG                         GGCCCTGGTCTATATTATGTTGATAGTGAAGGAGGAAGACTTAAAGGCACT
genomic: GTGGAATGGGTTTATCTGTTGGTACCATGATTGCCGGATGGGATGAGACGgtaattcaca ... tcttttttagGGCCCTGGTCTATATTATGTTGATAGTGAAGGAGGAAGACTTAAAGGCACT
EST: gi|192319717|gb|FK013759.1|FK013759
EST:     GTGGAATGGGTTTATCTGTTGGTACCATGATTGCCGGATGGGATGAGACG                         GGCCCTGGTCTATATTATGTTGATAGTGAAGGAGGGAGACTTAAAGGCACT
genomic: GTGGAATGGGTTTATCTGTTGGTACCATGATTGCCGGATGGGATGAGACGgtaattcaca ... tcttttttagGGCCCTGGTCTATATTATGTTGATAGTGAAGGAGGAAGACTTAAAGGCACT
EST: gi|151410487|gb|EV280302.1|EV280302
EST:     GTGGAATGGGTTTATCTGTTGGTACCATGATTGCCGGATGGGATGAGATG                         GGCCCTGGTCTATATTATGTTGATAGTGAAGGAGGAAGACTTAAAGGCACT
genomic: GTGGAATGGGTTTATCTGTTGGTACCATGATTGCCGGATGGGATGAGACGgtaattcaca ... tcttttttagGGCCCTGGTCTATATTATGTTGATAGTGAAGGAGGAAGACTTAAAGGCACT
EST: gi|15814359|gb|BI786634.1|BI786634
EST:     GTGGAATGGGTTTATCTGTTGGTACCATGATTGCCGGATGGGATGAGACG                         GGCCCTGGTCTATATTATGTTGATAGTGAAGGAGGAAGACTTAAAGGCACT
genomic: GTGGAATGGGTTTATCTGTTGGTACCATGATTGCCGGATGGGATGAGACGgtaattcaca ... tcttttttagGGCCCTGGTCTATATTATGTTGATAGTGAAGGAGGAAGACTTAAAGGCACT
EST: gi|193584124|gb|FK541504.1|FK541504
EST:     GTGGAACGGGTTTATCTGTTGGTACCATGATTGCCGGATGGGATGAGACG                         GGCCCTGGTCTATATTATGTTGTATTAGTTGAAGGAGGAAGACTTAAAGGC
genomic: GTGGAATGGGTTTATCTGTTGGTACCATGATTGCCGGATGGGATGAGACGgtaattcaca ... tcttttttagGGCCCTGGTCTATATTATGTTG-AT-AGT-GAAGGAGGAAGACTTAAAGGC
EST: gi|192319718|gb|FK013760.1|FK013760
EST:     GTGGAATGGGTTTATCTGTTGGTACCATGATTGCCGGATGGGATGAGACG                         GGCCCTGGTCTATATTATGTTGATAGTGAAGGAGGGAGACTTAAAGGCACT
genomic: GTGGAATGGGTTTATCTGTTGGTACCATGATTGCCGGATGGGATGAGACGgtaattcaca ... tcttttttagGGCCCTGGTCTATATTATGTTGATAGTGAAGGAGGAAGACTTAAAGGCACT
EST: gi|17998750|gb|BI119560.1|BI119560
EST:     ACCATGATTGCCGGATGGGATGAGACG                         GGCCCTGGTCTATATTATGTTGATAGTGAAGGAGGAAGACTTAAAGGCACT
genomic: ACCATGATTGCCGGATGGGATGAGACGgtaattcaca ... tcttttttagGGCCCTGGTCTATATTATGTTGATAGTGAAGGAGGAAGACTTAAAGGCACT
EST: gi|58014664|gb|CX701406.1|CX701406
EST:     GTGGAATGGGTTTATCTGTTGGTACCATGATTGCCGGATGGGATGAGACG                         GGCCCTGGTCTATATTATGTTGATAGTGAAGGAGGAAGACTTAAAGGCACT
genomic: GTGGAATGGGTTTATCTGTTGGTACCATGATTGCCGGATGGGATGAGACGgtaattcaca ... tcttttttagGGCCCTGGTCTATATTATGTTGATAGTGAAGGAGGAAGACTTAAAGGCACT


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

tgaacaactttttctcagctagtccaattcttacaacatttaatctcttttttagGGCCCTGGTCTATATTATGTTGATAGTGAAGGAGGAAGACTTAAAGGCACTAGATTCTCGGTTGGATCTGGTTCACCATATGCTTATGGTGTATTGGATA
                                      tttaatctctttttt  CT-rich tract
                                     atttaatctctttttt  TA-rich tract