1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' |
...cctttggttttctgacaagtgtttgatctatattaaaataatgtaaagaaagatcatatcacttgaattcctaaaagcttccactttgtattttgtatagGTGGGCTCTTGTGAAAGACCAAGAGGTAGCAAAGAAAATGACTAAATTCATAGAGCTCAATACAATTGGAGTGTCTAAGGATTCCCAACTCAGGGCTGCT
species | Glycine max |
transcript | GLYMA04G36040.1 |
intron # | 5 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: ACGCTTTTCACTGTCTCAAAAAGCACTGGCCATGCAGGAATGCGCATAGG GTGGGCTCTTGTGAAAGACCAAGAGGTAGCAAAGAAAATGACTAAATTCAT
genomic: ACGCTTTTCACTGTCTCAAAAAGCACTGGCCATGCAGGAATGCGCATAGGgtaagttgac ... ttttgtatagGTGGGCTCTTGTGAAAGACCAAGAGGTAGCAAAGAAAATGACTAAATTCAT
aagaaagatcatatcacttgaattcctaaaagcttccactttgtattttgtatagGTGGGCTCTTGTGAAAGACCAAGAGGTAGCAAAGAAAATGACTAAATTCATAGAGCTCAATACAATTGGAGTGTCTAAGGATTCCCAACTCAGGGCTGCT
tcctaaa putative branch site (score: 2)
tttgtattttgtata TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| cctttggttttctgacaagtgtttgatctatattaaaataatgtaaagaaagatcatatcacttgaattcctaaaagcttccactttgtattttgtatagGTGGGCTCTTGTGAAAGACCAAGAGGTAGCAAAGAAAATGACTAAATTCATAGAGCTCAATACAATTGGAGTGTCTAAGGATTCCCAACTCAGGGCTGCT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGAGCT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGCTCA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TTGGAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCTGCT
- - - - -ttctgac
- - - - - - - - - gtgtttg
- - - - - - - - - - - - - - - - - aaaataa
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - aaagaaa
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -cacttga