1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' |
...gaagttgttcatggaagcaagccttcagataaatcagatccatatatgaagcactccctttgtgctttgatttgcttttcatgtgaatgttcttctgtagGGAAATGGGATATGATGGTATTGTTTTGGAATCTTGGTCAAGGTGGGCAGCTTATGGTATCTTGCATGATCCAAGCATGCGGAATTTG
species | Glycine max |
transcript | GLYMA03G41760.1 |
intron # | 5 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: AAGGAAAAACAAAGGAACAAAGCCATTAACCTTATAGTAACAGAGTGCAA G-AAATGGGATATGATGGGTATTGTTTTGGAATCTTGGTCAAG-TGGGCAGEST: gi|208163637|gb|GD961443.1|GD961443
genomic: AAGGAAAAACAAAGGAACAAAGCCATTAACCTTATAGTAACAGAGTGCAAgtaagcctct ... tcttctgtagGGAAATGGGATATGATGG-TATTGTTTTGGAATCTTGGTCAAGGTGGGCAG
EST: AGG-AAAACAAAGGGAACAAAGCCATTAACCTTATAGTAACAGAGTGCAA GGAAATGGGATATGATGGTATTG-TTTGGAATCTTGGTCAAGGTGGGCAGC
genomic: AGGAAAAACAAA-GGAACAAAGCCATTAACCTTATAGTAACAGAGTGCAAgtaagcctct ... tcttctgtagGGAAATGGGATATGATGGTATTGTTTTGGAATCTTGGTCAAGGTGGGCAGC
atgaagcactccctttgtgctttgatttgcttttcatgtgaatgttcttctgtagGGAAATGGGATATGATGGTATTGTTTTGGAATCTTGGTCAAGGTGGGCAGCTTATGGTATCTTGCATGATCCAAGCATGCGGAATTTG
ctttgat putative branch site (score: 5)
tgttcttct putative PPT
tttgattt TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| gaagttgttcatggaagcaagccttcagataaatcagatccatatatgaagcactccctttgtgctttgatttgcttttcatgtgaatgttcttctgtagGGAAATGGGATATGATGGTATTGTTTTGGAATCTTGGTCAAGGTGGGCAGCTTATGGTATCTTGCATGATCCAAGCATGCGGAATTTG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCAGCT
- - - - -catggaa
- - - - - - - - gcaagcc
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - tatgaag
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - tcatgtg