Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtaagtatagattaaaccatagagatctgtcaaaactttattatatagttagatttttttttttcattttcgtttttttaatattgtccttgataaatttaattgtgtcttccagGTGCGGTCATTGCAAGGCCCTTGCCCCT

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA03G39130.1
intron # 5
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|18040454|gb|BM308748.1|BM308748
EST:     GTTGTCTTGGATGAAACAAAAGATGTTCTGGTGGAATTCTATGCACCATG                         GTGCGGTCATTGCAAGGCCCTTGCCCCT
genomic: GTTGTCTTGGATGAAACAAAAGATGTTCTGGTGGAATTCTATGCACCATGgtaagtatag ... tgtcttccagGTGCGGTCATTGCAAGGCCCTTGCCCCT
EST: gi|192297309|gb|FG992403.1|FG992403
EST:     GTTGTCTTGGATGAAACAAAAGATGTTCTGGTGGAATTCTATGCACCATG                         GTGCGGTCATTGCAAGGCCCTTGCCCCT
genomic: GTTGTCTTGGATGAAACAAAAGATGTTCTGGTGGAATTCTATGCACCATGgtaagtatag ... tgtcttccagGTGCGGTCATTGCAAGGCCCTTGCCCCT
EST: gi|193704960|gb|FK643960.1|FK643960
EST:     GTTGTCTTGGATGAAACAAAAGATGTTCTGGTGGAATTCTATGCACCATG                         GTGCGGTCATTGCAAGGCCCTTGCCCCT
genomic: GTTGTCTTGGATGAAACAAAAGATGTTCTGGTGGAATTCTATGCACCATGgtaagtatag ... tgtcttccagGTGCGGTCATTGCAAGGCCCTTGCCCCT
EST: gi|207682534|gb|GD664863.1|GD664863
EST:     GTTGTCTTGGATGAAACAAAAGATGTTCTGGTGGAATTCTATGCACCATG                         GTGCGGTCATTGCAAGGCCCTTGCCCC
genomic: GTTGTCTTGGATGAAACAAAAGATGTTCTGGTGGAATTCTATGCACCATGgtaagtatag ... tgtcttccagGTGCGGTCATTGCAAGGCCCTTGCCCC
EST: gi|193461347|gb|FK429292.1|FK429292
EST:     GTTGTCTTGGATGAAACAAAAGATGTTCTGGTGGAATTCTATGCACCATG                         GTGCGGTCATTGCAAGGCCCTTGCCCCT
genomic: GTTGTCTTGGATGAAACAAAAGATGTTCTGGTGGAATTCTATGCACCATGgtaagtatag ... tgtcttccagGTGCGGTCATTGCAAGGCCCTTGCCCCT
EST: gi|208145937|gb|GD943576.1|GD943576
EST:     GTTGTCTTGGATGAAACAAAAGATGTTCTGGTGGAATTCTATGCACCATG                         GTGCGGTCATTGCAAGGCCCTTGCCCCT
genomic: GTTGTCTTGGATGAAACAAAAGATGTTCTGGTGGAATTCTATGCACCATGgtaagtatag ... tgtcttccagGTGCGGTCATTGCAAGGCCCTTGCCCCT
EST: gi|208331009|gb|GE128558.1|GE128558
EST:     GTTGTCTTGGATGAAACAAAAGATGTTCTGGTGGAATTCTATGCACCATG                         GTGCGGTCATTGCAAGGCCCTTGCCC-T
genomic: GTTGTCTTGGATGAAACAAAAGATGTTCTGGTGGAATTCTATGCACCATGgtaagtatag ... tgtcttccagGTGCGGTCATTGCAAGGCCCTTGCCCCT
EST: gi|193357431|gb|FK320137.1|FK320137
EST:     GTTGTCTTGGATGAAACAAAAGATGTTCTGGTGGAATTCTATGCACCATG                         GTGCGGTCATTGCAAGGCCCTTGCCCCT
genomic: GTTGTCTTGGATGAAACAAAAGATGTTCTGGTGGAATTCTATGCACCATGgtaagtatag ... tgtcttccagGTGCGGTCATTGCAAGGCCCTTGCCCCT


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

ttttcattttcgtttttttaatattgtccttgataaatttaattgtgtcttccagGTGCGGTCATTGCAAGGCCCTTGCCCCT
                                             tgtcttcc  CT-rich tract
            tttttttaatattgtc  TA-rich tract