1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' |
...gaactctttcatgaaacacccttcaattgaaacagccaacaaaattgctcaattttatgtgatatgatattcaacaccatcttgcaaatcatgtttgtagGTGGAAAATGTCACGCACACGGGTCCATCAAAGCTAGTGCTATACTTCACTGGAGCCACTAACATACTCTACACGTTTGGAGGACATGCTGTGACTGT
species | Glycine max |
transcript | GLYMA03G09100.1 |
intron # | 5 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: ACCTCGCTATTGCAGCCATCCTTCATGGCCAG GTGGAAAATGTCACGCACACGGGTCCATCAAAGCTAGTGCTATACTTCACTEST: gi|209726838|gb|BW658346.1|BW658346
genomic: ACCTTGCTATTGCAGCCATCCTTCATGGCCAGgttataaatc ... atgtttgtagGTGGAAAATGTCACGCACACGGGTCCATCAAAGCTAGTGCTATACTTCACT
EST: CCACTTACACGGCTTGGTACCTTGCTATTGCAGCCATCCTTCATGGCCAG GTGGAAAATGTCACGCACACGGGTCCATCAAAGCTAGTGCTATACTTCACT
genomic: CCACTTACACGGCTTGGTACCTTGCTATTGCAGCCATCCTTCATGGCCAGgttataaatc ... atgtttgtagGTGGAAAATGTCACGCACACGGGTCCATCAAAGCTAGTGCTATACTTCACT
tgctcaattttatgtgatatgatattcaacaccatcttgcaaatcatgtttgtagGTGGAAAATGTCACGCACACGGGTCCATCAAAGCTAGTGCTATACTTCACTGGAGCCACTAACATACTCTACACGTTTGGAGGACATGCTGTGACTGT
aattttatgtgatatg TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| gaactctttcatgaaacacccttcaattgaaacagccaacaaaattgctcaattttatgtgatatgatattcaacaccatcttgcaaatcatgtttgtagGTGGAAAATGTCACGCACACGGGTCCATCAAAGCTAGTGCTATACTTCACTGGAGCCACTAACATACTCTACACGTTTGGAGGACATGCTGTGACTGT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TTGGAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGGAGG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - ATGCTG
- - - - -catgaaa
- - - - - - - - caccctt
- - - - - - - - - - - - - - - - - -ccaacaa
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -tgatatg