1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' |
...agctgcaatttgtggcagtctttcatgttattttcctggataaaaataaagtgacacaaggctgaacctgaagcttttcttgaactgtgaatatttgcagGAGAGGGTGGGCTGCAAGTCACCTGTTAAAGCATTAGGAGAGATAAGGAAGCAGAAAGACAACTGGAGAGGCTAA
species | Glycine max |
transcript | GLYMA02G38460.1 |
intron # | 5 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
ataaagtgacacaaggctgaacctgaagcttttcttgaactgtgaatatttgcagGAGAGGGTGGGCTGCAAGTCACCTGTTAAAGCATTAGGAGAGATAAGGAAGCAGAAAGACAACTGGAGAGGCTAA
tgaatattt TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| agctgcaatttgtggcagtctttcatgttattttcctggataaaaataaagtgacacaaggctgaacctgaagcttttcttgaactgtgaatatttgcagGAGAGGGTGGGCTGCAAGTCACCTGTTAAAGCATTAGGAGAGATAAGGAAGCAGAAAGACAACTGGAGAGGCTAA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGGAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGGAA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGGAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGAGG
-gctgcaa
- - - - -ttgtggc
- - - - - - - - - - - tcatgtt
- - - - - - - - - - - - - - - - -tcctgga
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - aaaataa
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -tgacaca
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -ctgaacc
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - aactgtg