Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...tttgtatatgtatatctaacttgccggttgccaccattttataccaggtcacttgtacaaattttacttgttttacttgtgtgtaattcatctgctgcagCTGGCTTTGTACACCATTCGCACATGGTCAATGACAGTGTTGGAAAATGTTAATTCCCTGGTTGGAAGATCAGCAGCACCAGAATATCTTCAGAAACTTA

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA02G10580.1
intron # 5
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GLYMA02G10580.1 (Glycine max), 3'ss of exon 5
lower sequence: Vv13s0019g00020.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 5
---tttgtatatgtatatctaacttgccggttgccaccattttataccaggtcacttgtacaaattttacttgttttacttgtgtgtaattc-atctgctgcagCTGGCTTTGTACACCATTCGCACATGGTCAATGACAGTGTTGGAAAATGTTAATTCCCTGGTTGGAAGATCAGCAGCACCAGAATATCTTCAGAAACTTA
     || |  | | |    ||        | | |  | | ||    ||  ||     |  ||| | |||     |||||  |||  | |||    ||||||||||||| ||||||||||| ||||||||| || | || ||||| |||||||| || ||||||||||||||| |||| |||||||||||||| |||||||| |
ctgactgcaagtatttgaaaaatacatgaatggtctacttcttccttcaactctgcctt-taaactgtaca---cttactgatgtaaacttctgcttgctgcagCTGGCCTTGTACACCATCCGCACATGGACATTAACTGTGTTAGAAAATGTAAACTCCCTGGTTGGAAGAACAGCTGCACCAGAATATCTGCAGAAACTCA
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|12688390|gb|BG154726.1|BG154726
EST:     TTTTGGCAAATTATGTTGATGATTGGATGGACCCTGTCGGTGCTATCATT                         CTGGCTNTGTACACCATTCGCACATTGGGT-ATTGGACAGTGGTGGGAAAA
genomic: TTTTGGCAAATTATGTTGATGATTGGATGGACCCTGTCGGTGCTATCATTgtaagtgaat ... tctgctgcagCTGGCTTTGTACACCATTCGCACAT-GG-TCAATG-ACAGTGTTGG-AAAA
EST: gi|16349327|gb|BI974922.1|BI974922
EST:     TTTTGGCAAATTATGTTGATGATTGGATGGACCCTGTCGGTGCTATCATT                         CTGGCTTTGTAC
genomic: TTTTGGCAAATTATGTTGATGATTGGATGGACCCTGTCGGTGCTATCATTgtaagtgaat ... tctgctgcagCTGGCTTTGTAC
EST: gi|151401917|gb|EV271730.1|EV271730
EST:     TTTTGGCAAATTATGTTGATGATTGGATGGACCCTGTCGGTGCTATCATT                         CTGGCTTTGTACACCATTCGCACATGGTCAATGACAGTGTTGGAAAATGTT
genomic: TTTTGGCAAATTATGTTGATGATTGGATGGACCCTGTCGGTGCTATCATTgtaagtgaat ... tctgctgcagCTGGCTTTGTACACCATTCGCACATGGTCAATGACAGTGTTGGAAAATGTT
EST: gi|9564781|gb|BE474290.1|BE474290
EST:     GTCGGTGCTATCATT                         CTGGCTTTGTACACCATTCGCACATGGTCAATGACAGTGTTGGAAAATGTT
genomic: GTCGGTGCTATCATTgtaagtgaat ... tctgctgcagCTGGCTTTGTACACCATTCGCACATGGTCAATGACAGTGTTGGAAAATGTT
EST: gi|6915132|gb|AW396729.1|AW396729
EST:     TTTTGGCAAATTATGTTGATGATTGGATGGACCCTGTCGGTGCTATCATT                         CTGGCTTTGTACACCATTCGCACATGGTCAATGACAGTGTTGGAAAATGTT
genomic: TTTTGGCAAATTATGTTGATGATTGGATGGACCCTGTCGGTGCTATCATTgtaagtgaat ... tctgctgcagCTGGCTTTGTACACCATTCGCACATGGTCAATGACAGTGTTGGAAAATGTT
EST: gi|151396916|gb|EV266789.1|EV266789
EST:     TTTTGGCAAATTATGTTGATGATTGGATGGACCCTGTCGGTGCTATCATT                         CTGGCTTTGTACACCATTCGCACATGGTCAATGACAGTGTTGGAAAATGTT
genomic: TTTTGGCAAATTATGTTGATGATTGGATGGACCCTGTCGGTGCTATCATTgtaagtgaat ... tctgctgcagCTGGCTTTGTACACCATTCGCACATGGTCAATGACAGTGTTGGAAAATGTT
EST: gi|18733521|gb|BM527657.1|BM527657
EST:     TTTTGGCAAATTATGTTGATGATTGGATGGACCCTGTCGGTGCTATCATT                         CTGGCTTTGTACACCATTCGCACATGGTCAATGACAGTGTTGGAAAATGTT
genomic: TTTTGGCAAATTATGTTGATGATTGGATGGACCCTGTCGGTGCTATCATTgtaagtgaat ... tctgctgcagCTGGCTTTGTACACCATTCGCACATGGTCAATGACAGTGTTGGAAAATGTT
EST: gi|19453578|gb|BM954988.1|BM954988
EST:     TTTTGGCAAATTATGTTGATGATTGGATGGACCCTGTTGGTGCTATCATT                         CTGGCTTTGTACACCATTCGCACATGGTCAATGACAGTGTTGGAAAATGTT
genomic: TTTTGGCAAATTATGTTGATGATTGGATGGACCCTGTCGGTGCTATCATTgtaagtgaat ... tctgctgcagCTGGCTTTGTACACCATTCGCACATGGTCAATGACAGTGTTGGAAAATGTT
EST: gi|7685475|gb|AW756123.1|AW756123
EST:     TTTTGGCAAATTATGTTGATGATTGGATGGACCCTGTCGGTGCTATCATT                         CTGGCTTTGTACACCATTCGCACATGGTCAATGACAGTGTTGGAAAATGTT
genomic: TTTTGGCAAATTATGTTGATGATTGGATGGACCCTGTCGGTGCTATCATTgtaagtgaat ... tctgctgcagCTGGCTTTGTACACCATTCGCACATGGTCAATGACAGTGTTGGAAAATGTT
EST: gi|15200397|gb|BI424328.1|BI424328
EST:     GCAAATTATGTTGATGATTGGATGGACCCTGTCGGTGCTATCATT                         CTGGCTTTGTACACCATTCGCACATGGTCAATGACAGTGTTGGAAAATGTT
genomic: GCAAATTATGTTGATGATTGGATGGACCCTGTCGGTGCTATCATTgtaagtgaat ... tctgctgcagCTGGCTTTGTACACCATTCGCACATGGTCAATGACAGTGTTGGAAAATGTT


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

aggtcacttgtacaaattttacttgttttacttgtgtgtaattcatctgctgcagCTGGCTTTGTACACCATTCGCACATGGTCAATGACAGTGTTGGAAAATGTTAATTCCCTGGTTGGAAGATCAGCAGCACCAGAATATCTTCAGAAACTTA
                                         ttcatct  CT-rich tract
             aaattttacttgtttt  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
tttgtatatgtatatctaacttgccggttgccaccattttataccaggtcacttgtacaaattttacttgttttacttgtgtgtaattcatctgctgcagCTGGCTTTGTACACCATTCGCACATGGTCAATGACAGTGTTGGAAAATGTTAATTCCCTGGTTGGAAGATCAGCAGCACCAGAATATCTTCAGAAACTTA

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  GGAAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGATCA
- - - - - - - - - - -tgccggt
- - - - - - - - - - - - - - tgccacc
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -ccaggtc
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -cttgtac
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -tgtgtgt