Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtaaactaaatcaatccagagtctcctttctctagaaaacctttttgattaataagattgattgtggtcaatttgcagGAATTGCAATGCTTGTTGGGGCTGGCTTCTTTGGCTATATGCTTGCATTATTACAGCATAGACTTGGTACAATTGTAGCATCTCAGGAT

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA02G03810.1
intron # 5
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|193729818|gb|FK664764.1|FK664764
EST:     CTACACTTTGAATGATTGTGCTTATCAATACGAAAATGGACTTACACTTG                         GAATTGCAATGCTTGTTGGGGCTGGCTTCTTTGGCTATATGCTTGCATTAT
genomic: CTACACTTTGA-TGATTGTGCTTATCAATACGAAAATGGACTTACACTTGgtaaactaaa ... caatttgcagGAATTGCAATGCTTGTTGGGGCTGGCTTCTTTGGCTATATGCTTGCATTAT
EST: gi|193718192|gb|FK653000.1|FK653000
EST:     ACTACACTTTGATGATTGTGCTTATCAATACGAAAATGGACTTACACTTG                         GAATTGCAATGCTTGGTTGGGGCTGGCTTCTTTGGCTATATGCTTGCATTA
genomic: ACTACACTTTGATGATTGTGCTTATCAATACGAAAATGGACTTACACTTGgtaaactaaa ... caatttgcagGAATTGCAATGCTTG-TTGGGGCTGGCTTCTTTGGCTATATGCTTGCATTA
EST: gi|193557011|gb|FK514040.1|FK514040
EST:     ACTACACTTTGATGATTGTGCTTATCAATACGAAAATGGACTTACACTTG                         GAATTGCAATGCTTGTTGGGGCTGGCTTCTTTGGCTATATGCTTGCATTAT
genomic: ACTACACTTTGATGATTGTGCTTATCAATACGAAAATGGACTTACACTTGgtaaactaaa ... caatttgcagGAATTGCAATGCTTGTTGGGGCTGGCTTCTTTGGCTATATGCTTGCATTAT
EST: gi|7926607|gb|AW832633.1|AW832633
EST:     ACTACACTTTGATGATTGTGCTTATCAATACGAAAATGGACTTACACTTG                         GAATTGCAATGCTTGTTGGGGCTGGCTTCTTTGGCTATATGCTTGCATTAT
genomic: ACTACACTTTGATGATTGTGCTTATCAATACGAAAATGGACTTACACTTGgtaaactaaa ... caatttgcagGAATTGCAATGCTTGTTGGGGCTGGCTTCTTTGGCTATATGCTTGCATTAT
EST: gi|193567881|gb|FK522146.1|FK522146
EST:     ACTACACTTTGATGATTGTGCTTATCAATACGAAAATGGACTTACACTTG                         GAATTGCAATGCTTGTTGGGGCTGGCTTCTTTGGCTATATGCTTGCATTAT
genomic: ACTACACTTTGATGATTGTGCTTATCAATACGAAAATGGACTTACACTTGgtaaactaaa ... caatttgcagGAATTGCAATGCTTGTTGGGGCTGGCTTCTTTGGCTATATGCTTGCATTAT
EST: gi|193570934|gb|FK529533.1|FK529533
EST:     ACTACACTTTGATGATTGTGCTTATCAATACGAAAATGGACTTACACTTG                         GAATTGCAATGCTTGTTGGGGCTGGCTTCTTTGGCTATATGCTTGCATTAT
genomic: ACTACACTTTGATGATTGTGCTTATCAATACGAAAATGGACTTACACTTGgtaaactaaa ... caatttgcagGAATTGCAATGCTTGTTGGGGCTGGCTTCTTTGGCTATATGCTTGCATTAT
EST: gi|193575917|gb|FK528534.1|FK528534
EST:     ACTACACTTTGATGATTGTGCTTATCAATACGAAAATGG-CTTACACTTG                         GAATTGCAATGCTTGTTGGGGCTGGCTTCTTTGGCTATATGCTTGCATTAT
genomic: ACTACACTTTGATGATTGTGCTTATCAATACGAAAATGGACTTACACTTGgtaaactaaa ... caatttgcagGAATTGCAATGCTTGTTGGGGCTGGCTTCTTTGGCTATATGCTTGCATTAT
EST: gi|12773827|gb|BG238754.1|BG238754
EST:     ACTACACTTTGATGATTGTGCTTATCAATACGAAAATGGACTTACACTTG                         GAATTGCAATGCTTGTTGGGGCTGGCTTCTTTGGCT
genomic: ACTACACTTTGATGATTGTGCTTATCAATACGAAAATGGACTTACACTTGgtaaactaaa ... caatttgcagGAATTGCAATGCTTGTTGGGGCTGGCTTCTTTGGCT


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

tcctttctctagaaaacctttttgattaataagattgattgtggtcaatttgcagGAATTGCAATGCTTGTTGGGGCTGGCTTCTTTGGCTATATGCTTGCATTATTACAGCATAGACTTGGTACAATTGTAGCATCTCAGGAT
                  tttttgattaataaga  TA-rich tract