Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtactatgctttcagagtttttactttgatttaatttgattagtgaaacccattaattggtaatactattagtatctattagtattaggtattgatcttatgcgatttgattggttgtttgtgtgtcagATTGTTGCTGCGATACAGAAGATATTATATGCTACAGATGACAATGGAACGGCTGTGGCTGAAGCTCAAGCTATGATTTCTGTTGGTCGTAAGGAAATAG

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA01G39720.1
intron # 5
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|208339567|gb|GE138601.1|GE138601
EST:     GAGAGATATTGAGATACTGTGCCAGACTCCTGAGATAGAAACACTCACCG                         ATTGTTGCTGCGATACAGAAGATATTATATGCTACAGATGACAATGGAACG
genomic: GAGAGATATTGAGATACTGTGCCAGACTCCTGAGATAGAA-CACTCACCGgtactatgct ... tgtgtgtcagATTGTTGCTGCGATACAGAAGATATTATATGCTACAGATGACAATGGAACG
EST: gi|208337243|gb|GE134835.1|GE134835
EST:     TGAGAGATATTGAGATACTGTGCCAGACTCCTGAGATAGGACACTCACCG                         ATTGTTGCTGCGATACAGAAGATATTATATGCTACAGATGACAATGGAACG
genomic: TGAGAGATATTGAGATACTGTGCCAGACTCCTGAGATAGAACACTCACCGgtactatgct ... tgtgtgtcagATTGTTGCTGCGATACAGAAGATATTATATGCTACAGATGACAATGGAACG
EST: gi|193430384|gb|FK393302.1|FK393302
EST:     TGAGAGATATTGAGATACTGTGCCAGACTCCTGAGATAGAACACTCACCG                         ATTGTTGCTGCGATACAGAAGATATTATATGCTACAGATGACAATGGAACG
genomic: TGAGAGATATTGAGATACTGTGCCAGACTCCTGAGATAGAACACTCACCGgtactatgct ... tgtgtgtcagATTGTTGCTGCGATACAGAAGATATTATATGCTACAGATGACAATGGAACG
EST: gi|151393328|gb|EV263203.1|EV263203
EST:     TGAGAGATATTGAGATACTGTGCCAGACTCCTGAGATAGAACACTCACCG                         ATTGTTGCTGCGATACAGAAGATA
genomic: TGAGAGATATTGAGATACTGTGCCAGACTCCTGAGATAGAACACTCACCGgtactatgct ... tgtgtgtcagATTGTTGCTGCGATACAGAAGATA
EST: gi|192296791|gb|FG993089.1|FG993089
EST:     TGAGAGATATTGAGATACTGTGCCAGACTCCTGAGATAGAACACTCACCG                         ATTGTTGCTGCGATACAGAAGATATTATATGCTACAGATGACAATGGGACG
genomic: TGAGAGATATTGAGATACTGTGCCAGACTCCTGAGATAGAACACTCACCGgtactatgct ... tgtgtgtcagATTGTTGCTGCGATACAGAAGATATTATATGCTACAGATGACAATGGAACG
EST: gi|192333803|gb|FK025064.1|FK025064
EST:     TGAGAGATATTGAGATACTGTGCCAGACTCCTGAGATAGAACACTCACCG                         ATTGTTGCTGCGATACAGAAGATATTATATGCTACAGATGACAATGGAACG
genomic: TGAGAGATATTGAGATACTGTGCCAGACTCCTGAGATAGAACACTCACCGgtactatgct ... tgtgtgtcagATTGTTGCTGCGATACAGAAGATATTATATGCTACAGATGACAATGGAACG
EST: gi|7685270|gb|AW755918.1|AW755918
EST:     TGAGAGATATTGAGATACTGTGCCAGACTCCTGAGATAGAACACTCACCG                         ATTGTTGCTGCGATACAGAAGATATTATATGCTACAGATGACAATGGAACG
genomic: TGAGAGATATTGAGATACTGTGCCAGACTCCTGAGATAGAACACTCACCGgtactatgct ... tgtgtgtcagATTGTTGCTGCGATACAGAAGATATTATATGCTACAGATGACAATGGAACG
EST: gi|192301066|gb|FG987991.1|FG987991
EST:     TGAGAGATATTGAGATACTGTGCCAGACTCCTGAGATAGAACACTCACCG                         ATTGTTGCTGCGATACAGAAGATATTATATGCTACAGATGACA-TGGGAAC
genomic: TGAGAGATATTGAGATACTGTGCCAGACTCCTGAGATAGAACACTCACCGgtactatgct ... tgtgtgtcagATTGTTGCTGCGATACAGAAGATATTATATGCTACAGATGACAATGG-AAC
EST: gi|22929992|gb|BU547131.1|BU547131
EST:     TGAGAGATATTGAGATACTGTGCCAGACTCCTGAGATAGAACACTCACCG                         ATTGTTGCTGCGATACAGAAGATATTATATGCTACAGATGACAATGGAACG
genomic: TGAGAGATATTGAGATACTGTGCCAGACTCCTGAGATAGAACACTCACCGgtactatgct ... tgtgtgtcagATTGTTGCTGCGATACAGAAGATATTATATGCTACAGATGACAATGGAACG


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

tctattagtattaggtattgatcttatgcgatttgattggttgtttgtgtgtcagATTGTTGCTGCGATACAGAAGATATTATATGCTACAGATGACAATGGAACGGCTGTGGCTGAAGCTCAAGCTATGATTTCTGTTGGTCGTAAGGAAATAG
     tagtatta  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
gtactatgctttcagagtttttactttgatttaatttgattagtgaaacccattaattggtaatactattagtatctattagtattaggtattgatcttatgcgatttgattggttgtttgtgtgtcagATTGTTGCTGCGATACAGAAGATATTATATGCTACAGATGACAATGGAACGGCTGTGGCTGAAGCTCAAGCTATGATTTCTGTTGGTCGTAAGGAAATAG

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  CTGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGAAGC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  AGCTCA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  CAAGCT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  AAGGAA