1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' | 9 5' 3' |
gttcgtgggctcaatttcatcgtgtgttttttcttttttgtcccttgtttctctcttaagataagttcaatgtaacttttttgatctaattttgatattcatgcgatgttgctttctggcagTACACCTATTTTCACTGGTGATGGGGAAGGTGGAAGTGGTTTTGCAGCTGCTGCTGCTGCCGCTGCAGCTGGTGGTGTATCAGGATTTGAGTTTGGCGTG
species | Glycine max |
transcript | GLYMA01G36990.1 |
intron # | 5 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: ATTGTTCATGTTCCATCTGGTCCTAATGCCCTTTCTGATGTACTTATAAG TACACCTATTTTCACTGGTGATGGGGAAGGTGGAAGTGGTTTTGCAGCTGCEST: gi|151394320|gb|EV264191.1|EV264191
genomic: ATTGTTCATGTTCCATCTGGTCCTAATGCCCTTTCTGATGTACTTATAAGgttcgtgggc ... tttctggcagTACACCTATTTTCACTGGTGATGGGGAAGGTGGAAGTGGTTTTGCAGCTGC
EST: ATTGTTCATGTTCCATCTGGTCCTAATGCCCTTTCTGATGTACTTATAAG TACACCTATTTTCACTGGTGATGGGGAAGGTGGAAGTGGTTTTGCAGCTGCEST: gi|6069798|gb|AW099406.1|AW099406
genomic: ATTGTTCATGTTCCATCTGGTCCTAATGCCCTTTCTGATGTACTTATAAGgttcgtgggc ... tttctggcagTACACCTATTTTCACTGGTGATGGGGAAGGTGGAAGTGGTTTTGCAGCTGC
EST: ATTGTTCATGTTCCATCTGGTCCTAATGCCCTTTCTGATGTACTTATAAG TACACCTATTTTCACTGGTGATNGGGAAEST: gi|207712992|gb|GD692916.1|GD692916
genomic: ATTGTTCATGTTCCATCTGGTCCTAATGCCCTTTCTGATGTACTTATAAGgttcgtgggc ... tttctggcagTACACCTATTTTCACTGGTGATGGGGAA
EST: CTGATGTACTTATAAG TACACCTATTTTCACTGGTGATGGGGAAGGTGGAAGTGGTTTTGCAGCTGC
genomic: CTGATGTACTTATAAGgttcgtgggc ... tttctggcagTACACCTATTTTCACTGGTGATGGGGAAGGTGGAAGTGGTTTTGCAGCTGC
caatgtaacttttttgatctaattttgatattcatgcgatgttgctttctggcagTACACCTATTTTCACTGGTGATGGGGAAGGTGGAAGTGGTTTTGCAGCTGCTGCTGCTGCCGCTGCAGCTGGTGGTGTATCAGGATTTGAGTTTGGCGTG
ttgctttct CT-rich tract
taacttttttgatcta TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| gttcgtgggctcaatttcatcgtgtgttttttcttttttgtcccttgtttctctcttaagataagttcaatgtaacttttttgatctaattttgatattcatgcgatgttgctttctggcagTACACCTATTTTCACTGGTGATGGGGAAGGTGGAAGTGGTTTTGCAGCTGCTGCTGCTGCCGCTGCAGCTGGTGGTGTATCAGGATTTGAGTTTGGCGTG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGCTGC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCTGCT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGCTGC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CTGCAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCAGCT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CAGCTG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGGTGG