1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' |
gtatgtcatgttcttcaatttttttctggcaaccttttgatatttcttttgtctgttaagtgtgggcttactaatttgacttatatttacttttcttttcttgtttcaatttaatttttttaatacagATAAGCAGGCCTCCTCAAAATTTAACACTGCCGGAGATTGAACTTGGTTTTGCTGCAGAAAACCATGCTGCAAGCAATGACTCTAGTGGTTCTGTGGCTT
species | Glycine max |
transcript | GLYMA19G44970.1 |
intron # | 4 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: GCAAGAATGAGCTAAGAAACTTGTGGCAGCATGTATGGAGAAGGCACGCC ATAAGCAGGCCTCCTCAAAATTTA-CACTGCCGGAEST: gi|208287211|gb|GE084791.1|GE084791
genomic: GCAAGAATGAGCTAAGAAACTTGTGGCAGCATGTATGGAGAAGGCACGCCgtatgtcatg ... tttaatacagATAAGCAGGCCTCCTCAAAATTTAACACTGCCGGA
EST: GCAAGAATGAGCTAAGAAACTTGTGGCAGCATGTATGGAGAAGGCACGCC ATAAGCAGGCCTCCTCAAAATTTAACACTGCCGGAGATTGAACTTGGTTTT
genomic: GCAAGAATGAGCTAAGAAACTTGTGGCAGCATGTATGGAGAAGGCACGCCgtatgtcatg ... tttaatacagATAAGCAGGCCTCCTCAAAATTTAACACTGCCGGAGATTGAACTTGGTTTT
atttgacttatatttacttttcttttcttgtttcaatttaatttttttaatacagATAAGCAGGCCTCCTCAAAATTTAACACTGCCGGAGATTGAACTTGGTTTTGCTGCAGAAAACCATGCTGCAAGCAATGACTCTAGTGGTTCTGTGGCTT
ttttttt CT-rich tract
ttatatttacttttct TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| gtatgtcatgttcttcaatttttttctggcaaccttttgatatttcttttgtctgttaagtgtgggcttactaatttgacttatatttacttttcttttcttgtttcaatttaatttttttaatacagATAAGCAGGCCTCCTCAAAATTTAACACTGCCGGAGATTGAACTTGGTTTTGCTGCAGAAAACCATGCTGCAAGCAATGACTCTAGTGGTTCTGTGGCTT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGCTGC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CTGCAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - ATGCTG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGCTGC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGCAA