1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' |
...aaaatccttttgtctctttggttaatgtttgctagttataatttagccatcctactgtatttgactatgtctaagacactttgtgtatatgaatggtcagACTAAGAGCTGCAGGCAAAGCTCAGGCTGATGGTCCAAAGAAGCATCATACACGTGATCGTGCTGCAAAAGCTTTTCCTGCTCCTGAAGCCAATGCTGAG
species | Glycine max |
transcript | GLYMA19G42960.1 |
intron # | 4 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: CCCCCAA-TAAGTAATTGGATGCTAAACAACGGGATGATGAAATGAGGAG ACTAACAGCTGCAGGCAAAGCTCAGGCTGATGGTCCAAAGAAGCATCATAC
genomic: CCCCCAAGCAAGGAAATGGATGCTAAACAACGGGATGATGAAATGAGGAGgtatctctgc ... gaatggtcagACTAAGAGCTGCAGGCAAAGCTCAGGCTGATGGTCCAAAGAAGCATCATAC
gccatcctactgtatttgactatgtctaagacactttgtgtatatgaatggtcagACTAAGAGCTGCAGGCAAAGCTCAGGCTGATGGTCCAAAGAAGCATCATACACGTGATCGTGCTGCAAAAGCTTTTCCTGCTCCTGAAGCCAATGCTGAG
atttgac putative branch site (score: 4)
tatatgaat TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| aaaatccttttgtctctttggttaatgtttgctagttataatttagccatcctactgtatttgactatgtctaagacactttgtgtatatgaatggtcagACTAAGAGCTGCAGGCAAAGCTCAGGCTGATGGTCCAAAGAAGCATCATACACGTGATCGTGCTGCAAAAGCTTTTCCTGCTCCTGAAGCCAATGCTGAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGCTGC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CTGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGAAGC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - ATGCTG
- - -ccttttg
- - - - - - - - - - - - -tgtttgc
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - ctatgtc
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - ctttgtg