1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' |
...ttatataaacctttttcaatttaataagaatgcaggggcaattttatttaaagattacttgttgtcaattgtgaatgtaatacctgatattatgttgcagTTGGATAGATGCTGCAAAATTTTTGACTGGAGCATCAGCTGTTGGGAGCTTAGCCATTCCTATCATTCTCAAGCACGCTCATATGATTGAGACAGGCGCG
species | Glycine max |
transcript | GLYMA19G38220.1 |
intron # | 4 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: TTCTTTGGAGGTGGATCCACTCAATTTCTAATGACCCGTGATGGTGGTGG TTGGATAGATGCTGCAAAATTTTTGACTGGAGCATCAGCTGTTGGGAGCTTEST: gi|298163396|gb|HO012129.1|HO012129
genomic: TTCTTTGGAGGTGGATCCACTCAATTTCTAATGACCCGTGATGGTGGTGGgtaagtatct ... tatgttgcagTTGGATAGATGCTGCAAAATTTTTGACTGGAGCATCAGCTGTTGGGAGCTT
EST: TTCTTTGGAGGTGGATCCACTCAATTTCTAATGACCCGTGATGGTGGTGG TTGGATAGATGCTGCAAAATTTTTGACTGGAGCATCAGCTGTTGGGAGCTTEST: gi|5509618|gb|AI856176.1|AI856176
genomic: TTCTTTGGAGGTGGATCCACTCAATTTCTAATGACCCGTGATGGTGGTGGgtaagtatct ... tatgttgcagTTGGATAGATGCTGCAAAATTTTTGACTGGAGCATCAGCTGTTGGGAGCTT
EST: TTCTTTGGAGGTGGATCCACTCAATTTCTAATGACCCGTGATGGTGGTGG TTGGATAGATGCTGCAAAATTTTTGACTGGAGCATCAGCTGTTGGGAGCTTEST: gi|192302967|gb|FG996983.1|FG996983
genomic: TTCTTTGGAGGTGGATCCACTCAATTTCTAATGACCCGTGATGGTGGTGGgtaagtatct ... tatgttgcagTTGGATAGATGCTGCAAAATTTTTGACTGGAGCATCAGCTGTTGGGAGCTT
EST: TTCTTTGGAGGTGGATCCACTCAATTTTTAATGACCCGTGATGGTGGTGG TTGGATAGATGCTGCAAAATTTTTGACTGGAGCATCAGCTGTTGGGAGCTTEST: gi|298173126|gb|HO020110.1|HO020110
genomic: TTCTTTGGAGGTGGATCCACTCAATTTCTAATGACCCGTGATGGTGGTGGgtaagtatct ... tatgttgcagTTGGATAGATGCTGCAAAATTTTTGACTGGAGCATCAGCTGTTGGGAGCTT
EST: TTCTTTGGAGGTGGATCCACTCAATTTCTAATGACCCGCGATGGTGGTGG TTGGATAGATGCTGCAAAATTTTTGACTGGAGCATCAGCTGTTGGGAGCTTEST: gi|151410169|gb|EV279977.1|EV279977
genomic: TTCTTTGGAGGTGGATCCACTCAATTTCTAATGACCCGTGATGGTGGTGGgtaagtatct ... tatgttgcagTTGGATAGATGCTGCAAAATTTTTGACTGGAGCATCAGCTGTTGGGAGCTT
EST: TTCTTTGGAGGTGGATCCACTCAATTTCTAATGACCCGTGATGGTGGTGG TTGGATAGATGCTGCAAAATTTTTGACTGGAGCATCAGCTGTTGGGAGCTTEST: gi|31462235|gb|CD404263.1|CD404263
genomic: TTCTTTGGAGGTGGATCCACTCAATTTCTAATGACCCGTGATGGTGGTGGgtaagtatct ... tatgttgcagTTGGATAGATGCTGCAAAATTTTTGACTGGAGCATCAGCTGTTGGGAGCTT
EST: AGGTGGATCCACTCAATTTCTAATGACCCGTGATGGTGGTGG TTGGATAGATGCTGCAAAATTTTTGACTGGAGCATCAGCTGTTGGGAGCTTEST: gi|208202626|gb|GD995771.1|GD995771
genomic: AGGTGGATCCACTCAATTTCTAATGACCCGTGATGGTGGTGGgtaagtatct ... tatgttgcagTTGGATAGATGCTGCAAAATTTTTGACTGGAGCATCAGCTGTTGGGAGCTT
EST: -TCTTTGGAGGTGGATCCACTCAATTTCTAATGACCCGTGATGGTGGTGG TTGGATAGATGCTGCAAAA-TTTTGACTGGAGCATCAGCTGTTGGGAGCTTEST: gi|192331598|gb|FK023445.1|FK023445
genomic: TTCTTTGGAGGTGGATCCACTCAATTTCTAATGACCCGTGATGGTGGTGGgtaagtatct ... tatgttgcagTTGGATAGATGCTGCAAAATTTTTGACTGGAGCATCAGCTGTTGGGAGCTT
EST: TTCTTTGGAGGTGGATCCACTCAATTTCTAATGACCCGTGATGGTGGTGG TTGGATAGATGCTGCAAAATTTTTGACTGGAGCATCAGCTGTTGGGAGCTTEST: gi|298182158|gb|HO026333.1|HO026333
genomic: TTCTTTGGAGGTGGATCCACTCAATTTCTAATGACCCGTGATGGTGGTGGgtaagtatct ... tatgttgcagTTGGATAGATGCTGCAAAATTTTTGACTGGAGCATCAGCTGTTGGGAGCTT
EST: TTCTTTGGAGGTGGATCCACTCAATTTCTAATGACCCGTGATGGTGGTGG TTGGATAGATGCTGCAAAATTTTTGACTGGAGCATCAGCTGTTGGGAGCTTEST: gi|192298572|gb|FG989233.1|FG989233
genomic: TTCTTTGGAGGTGGATCCACTCAATTTCTAATGACCCGTGATGGTGGTGGgtaagtatct ... tatgttgcagTTGGATAGATGCTGCAAAATTTTTGACTGGAGCATCAGCTGTTGGGAGCTT
EST: TTCTTTGGAGGTGGATCCACTCAATTTCTAATGACCCGTGATGGTGGTGG TTGGATAGATGCTGCAAAATTTTTGACTGGAGCATCAGCTGTTGGGAGCTTEST: gi|58022085|gb|CX708826.1|CX708826
genomic: TTCTTTGGAGGTGGATCCACTCAATTTCTAATGACCCGTGATGGTGGTGGgtaagtatct ... tatgttgcagTTGGATAGATGCTGCAAAATTTTTGACTGGAGCATCAGCTGTTGGGAGCTT
EST: TTTGGAGGTGGATCCACTCAATTTCTAATGACCCGTGATGGTGGTGG TTGGATAGATGCTGCAAAATTTTTGACTGGAGCATCAGCTGTTGGGAGCTT
genomic: TTTGGAGGTGGATCCACTCAATTTCTAATGACCCGTGATGGTGGTGGgtaagtatct ... tatgttgcagTTGGATAGATGCTGCAAAATTTTTGACTGGAGCATCAGCTGTTGGGAGCTT
atttaaagattacttgttgtcaattgtgaatgtaatacctgatattatgttgcagTTGGATAGATGCTGCAAAATTTTTGACTGGAGCATCAGCTGTTGGGAGCTTAGCCATTCCTATCATTCTCAAGCACGCTCATATGATTGAGACAGGCGCG
acctgat putative branch site (score: 4)
atattatgtt TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| ttatataaacctttttcaatttaataagaatgcaggggcaattttatttaaagattacttgttgtcaattgtgaatgtaatacctgatattatgttgcagTTGGATAGATGCTGCAAAATTTTTGACTGGAGCATCAGCTGTTGGGAGCTTAGCCATTCCTATCATTCTCAAGCACGCTCATATGATTGAGACAGGCGCG
- - - - - - - - - - - - - -gaatgca
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -tgttgtc
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - gaatgta
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - cctgata