Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtatgttgttatgagtcaaatatttgcactttacttattgatgtgatattgttttaaaggtatcagttcatgttgcttttaaggtgttttaattggtttcacatcaggaaggaaatttctttttgtttcttatctggtattggttctcctctttcttcagtttgatagacaataatactaactgtttcagGTCAGAGTTGATATGGGGGAGCCAGTTCTTAAAGCCTTGGATGTGCCTACTAAATTACCTGCAAATAAGGATAATGCTGTTGTTAAATCACAGCTAGTTG

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA19G35780.1
intron # 4
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GLYMA19G35780.1 (Glycine max), 3'ss of exon 4
lower sequence: Vv08s0040g02540.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 4
gtatgttgttatgagtcaaatatttgcactttacttattgatgtgatattgttttaaaggtatcagttcatgttgcttttaaggtgttttaattggtttcacatcaggaaggaaatttctttttgtttcttatctggtattggttctcctctttcttcagtttgatag-acaataatactaactgtttcagGTCAGAGTTGATATGGGGGAGCCAGTTCTTAAAGCCTTGGATGTGCCTACTAAATTACCTGCAAATAAGGATAATGCTGTTGTTAAATCACAGCTAGTTG
                                                                                   || ||  |    | ||  |||    ||   |||     | | ||| |    ||||||| |       |||  |  |   |||| |  |  |  |     |  |||||||| | |||||| |||||  | ||  | |||||||| |||||||| ||||| |||||||||||||| |||||| |  |||||||||||||| | |||   |
-----------------------------------------------------------------------------------gttttacacaaaggtttccat-gtaaaattaataatgatctattttta---tggtattaggg----acttattataacctgatggtgcgttgcttactgcaatttcagGTTAAAGTTGACATGGGCAAACCCATACTTAAAGCGTTGGATGTACCTACAAAATTACCTGCAAACAAGGATCAATCTGTTGTTAAATCAGAACTAAACG
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|192307888|gb|FG999367.1|FG999367
EST:     TTCATACTGGTGCTGGTCTGATTATTCCTGAAGTCTTGGAGGATGGAAAT                         GTCAGAGTTGATATGGGGGAGCCAGTTCTTAAAGCCTTGGATGTGCCTACT
genomic: TTCATACTGGTGCTGGTCTGATTATTCCTGAAGTCTTGGAGGATGGAAATgtatgttgtt ... actgtttcagGTCAGAGTTGATATGGGGGAGCCAGTTCTTAAAGCCTTGGATGTGCCTACT
EST: gi|6951840|gb|AW423908.1|AW423908
EST:     TTCATACTGGTGCTGGTCTGATTATTCCTGAAGTCTTGGAGGATGGAAAT                         GTCAGAGTTGATATGGGGGAGCCAGTTCTTAAAGCCTTGGATGTGCCTACT
genomic: TTCATACTGGTGCTGGTCTGATTATTCCTGAAGTCTTGGAGGATGGAAATgtatgttgtt ... actgtttcagGTCAGAGTTGATATGGGGGAGCCAGTTCTTAAAGCCTTGGATGTGCCTACT
EST: gi|5760072|gb|AI965435.1|AI965435
EST:     TTCATACTGGTGCTGGTCTGATTATTCCTGAAGTCTTGGAGGATGGAAAT                         GTCAGAGTTGATATGGGGGAGCCAGTTCTTAAAGCCTTGGATGTGCCTACT
genomic: TTCATACTGGTGCTGGTCTGATTATTCCTGAAGTCTTGGAGGATGGAAATgtatgttgtt ... actgtttcagGTCAGAGTTGATATGGGGGAGCCAGTTCTTAAAGCCTTGGATGTGCCTACT
EST: gi|192307889|gb|FG999368.1|FG999368
EST:     GATTATTCCTGAAGTCTTGGAGGATGGAAAT                         GTCAGAGTTGATATGGGGGAGCCAGTTCTTAAAGCCTTGGATGTGCCTACT
genomic: GATTATTCCTGAAGTCTTGGAGGATGGAAATgtatgttgtt ... actgtttcagGTCAGAGTTGATATGGGGGAGCCAGTTCTTAAAGCCTTGGATGTGCCTACT
EST: gi|193683915|gb|FK621429.1|FK621429
EST:     TTCATACTGGTGCTGGTCTGATTATTCCTGAAGTCTTGGAGGATGGAAAT                         GTCAGAGTTGATATGGGGGAGCCAGTTCTTAAAGCCTTGGATGTGCCTACT
genomic: TTCATACTGGTGCTGGTCTGATTATTCCTGAAGTCTTGGAGGATGGAAATgtatgttgtt ... actgtttcagGTCAGAGTTGATATGGGGGAGCCAGTTCTTAAAGCCTTGGATGTGCCTACT
EST: gi|58021806|gb|CX708547.1|CX708547
EST:     TTCATACTGGTGCTGGTCTGATTATTCNTGAAGTCTTGGAGGATGGAAAT                         GTCAGAGTTGATATGGGGGAGCCAGTTCTTAAAGCCTTGGATGTGCTTACT
genomic: TTCATACTGGTGCTGGTCTGATTATTCCTGAAGTCTTGGAGGATGGAAATgtatgttgtt ... actgtttcagGTCAGAGTTGATATGGGGGAGCCAGTTCTTAAAGCCTTGGATGTGCCTACT
EST: gi|151406971|gb|EV276786.1|EV276786
EST:     TTCATACTGGTGCTGGTCTGATTATTCCTGAAGTCTTGGAGGATGGAAAT                         GTCAGAGTTGATATGGGGGAGCCAGTTCTTAAAGCCTTGGATGTGCCTACT
genomic: TTCATACTGGTGCTGGTCTGATTATTCCTGAAGTCTTGGAGGATGGAAATgtatgttgtt ... actgtttcagGTCAGAGTTGATATGGGGGAGCCAGTTCTTAAAGCCTTGGATGTGCCTACT


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

ggtattggttctcctctttcttcagtttgatagacaataatactaactgtttcagGTCAGAGTTGATATGGGGGAGCCAGTTCTTAAAGCCTTGGATGTGCCTACTAAATTACCTGCAAATAAGGATAATGCTGTTGTTAAATCACAGCTAGTTG
                                        tactaac  putative branch site (score: 0)
                                              ctgtttc  CT-rich tract
                                   aataatactaa  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
gtatgttgttatgagtcaaatatttgcactttacttattgatgtgatattgttttaaaggtatcagttcatgttgcttttaaggtgttttaattggtttcacatcaggaaggaaatttctttttgtttcttatctggtattggttctcctctttcttcagtttgatagacaataatactaactgtttcagGTCAGAGTTGATATGGGGGAGCCAGTTCTTAAAGCCTTGGATGTGCCTACTAAATTACCTGCAAATAAGGATAATGCTGTTGTTAAATCACAGCTAGTTG

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  ATGCTG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  GCTGTT