1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' |
...gtgagcatatgaattgcataatgctactaaaggttgtgtttcaactttcaaccatgtttatataattagatggttctttgtattgccttttatattttagGGAACGGCTGATGATGTAGTGGATTGCTCCCATGGTAAGCAACTTTGGGAAAATTGTAAACAAAAGTACGAGCCCTTATGGATTAAAGGAGGAAATCACT
species | Glycine max |
transcript | GLYMA19G04900.1 |
intron # | 4 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
tttcaaccatgtttatataattagatggttctttgtattgccttttatattttagGGAACGGCTGATGATGTAGTGGATTGCTCCCATGGTAAGCAACTTTGGGAAAATTGTAAACAAAAGTACGAGCCCTTATGGATTAAAGGAGGAAATCACT
ttgcctttt CT-rich tract
atgtttatataattag TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| gtgagcatatgaattgcataatgctactaaaggttgtgtttcaactttcaaccatgtttatataattagatggttctttgtattgccttttatattttagGGAACGGCTGATGATGTAGTGGATTGCTCCCATGGTAAGCAACTTTGGGAAAATTGTAAACAAAAGTACGAGCCCTTATGGATTAAAGGAGGAAATCACT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGGAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAGGA
- - gcatatg
- - - - - - - tgcataa
- - - - - - - - - - -tgctact
- - - - - - - - - - - - - - - -ggttgtg
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - caaccat
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -tgccttt