1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' |
gtatcttgccactaatccatgcaggcttgtaataaatgatctcattttttcaaaacaagctgaactaaacatgcactaaaaccaattgttactttttggaccttttttgttatagtttaataatgatttctgttagctaatggggtgcatatttttttggaatttcagTGGATGGATTATCCATACCAGAAGAGGAAAAGAATGCTTATGAATGGCTACAAGAGAGGGATGAACTTGAAGACCTAGAAGTAAATGGAAAAATGTACAA
species | Glycine max |
transcript | GLYMA19G02430.1 |
intron # | 4 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: AGGCAGACACTGCACATACTACCTCGATTTCCCCTTTTCCAACTTTTCAG TGGATGGATTATCCATACCAGAAGAGGAAAAGAATGCTTATGAATGGCTACEST: gi|254341534|gb|GR852671.1|GR852671
genomic: AGGCAGACACTGCACATACTACCACGATTTCCCCTTTTCCAACTTTTCAGgtatcttgcc ... ggaatttcagTGGATGGATTATCCATACCAGAAGAGGAAAAGAATGCTTATGAATGGCTAC
EST: AGGCAGACACTGCACATACTACCACGATTTCCCCTTTTCCAACTTTTCAG TGGATGGATTATCCATACCAGAAGAGGAAAAGAATGCTTATGAATGGCTACEST: gi|192328382|gb|FK020093.1|FK020093
genomic: AGGCAGACACTGCACATACTACCACGATTTCCCCTTTTCCAACTTTTCAGgtatcttgcc ... ggaatttcagTGGATGGATTATCCATACCAGAAGAGGAAAAGAATGCTTATGAATGGCTAC
EST: AGGCAGACACTGCACATACTACCACGATTTCCCCTTTTCCAACTTTTCAG TGGATGGATTATCCATACCAGAAGAGGAAAAGAATGCTTATGAATGGCTACEST: gi|298194116|gb|HO040764.1|HO040764
genomic: AGGCAGACACTGCACATACTACCACGATTTCCCCTTTTCCAACTTTTCAGgtatcttgcc ... ggaatttcagTGGATGGATTATCCATACCAGAAGAGGAAAAGAATGCTTATGAATGGCTAC
EST: AGGCAGACACTGCACATACTACCACGATTTCCCCTTTTCCAACTTTTCAG TGGATGGATTATCCATACCAGAAGAGGAAAAGAATGCTTATGAATGGCTACEST: gi|6913433|gb|AW394963.1|AW394963
genomic: AGGCAGACACTGCACATACTACCACGATTTCCCCTTTTCCAACTTTTCAGgtatcttgcc ... ggaatttcagTGGATGGATTATCCATACCAGAAGAGGAAAAGAATGCTTATGAATGGCTAC
EST: AGGCAGACACTGCACATACTACCACGATTTCCCCTTTTCCAACTTTTCAG TGGATGGATTATCCATACCAGAAGAGGAAAAGAATGCTTATGAATGGCTACEST: gi|13789602|gb|BG652193.1|BG652193
genomic: AGGCAGACACTGCACATACTACCACGATTTCCCCTTTTCCAACTTTTCAGgtatcttgcc ... ggaatttcagTGGATGGATTATCCATACCAGAAGAGGAAAAGAATGCTTATGAATGGCTAC
EST: AGGCAGACACTGCACATACTACCACGATTTCCCCTTTTCCAACTTTTCAG TGGATGGATTATCCATACCAGAAGAGGAAAAGAATGCTTATGAATGGCTACEST: gi|162286139|gb|FC456641.1|FC456641
genomic: AGGCAGACACTGCACATACTACCACGATTTCCCCTTTTCCAACTTTTCAGgtatcttgcc ... ggaatttcagTGGATGGATTATCCATACCAGAAGAGGAAAAGAATGCTTATGAATGGCTAC
EST: AGGCAGACACTGCACATACTACCACGATTTCCCCTTTTCCAACTTTTCAG TGGATGGATTATCCATACCAGAAGAGGAAAAGAATGCTTATGAATGGCTAC
genomic: AGGCAGACACTGCACATACTACCACGATTTCCCCTTTTCCAACTTTTCAGgtatcttgcc ... ggaatttcagTGGATGGATTATCCATACCAGAAGAGGAAAAGAATGCTTATGAATGGCTAC
agtttaataatgatttctgttagctaatggggtgcatatttttttggaatttcagTGGATGGATTATCCATACCAGAAGAGGAAAAGAATGCTTATGAATGGCTACAAGAGAGGGATGAACTTGAAGACCTAGAAGTAAATGGAAAAATGTACAA
agctaat putative branch site (score: 3)
tttttttg putative PPT
atatttttttggaatt TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| gtatcttgccactaatccatgcaggcttgtaataaatgatctcattttttcaaaacaagctgaactaaacatgcactaaaaccaattgttactttttggaccttttttgttatagtttaataatgatttctgttagctaatggggtgcatatttttttggaatttcagTGGATGGATTATCCATACCAGAAGAGGAAAAGAATGCTTATGAATGGCTACAAGAGAGGGATGAACTTGAAGACCTAGAAGTAAATGGAAAAATGTACAA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGAGG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TTGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGAAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGAAGT