1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' |
...aattgaaactcagtctccaactgtcctgaagagtgttatctgctttgatctcttttactttcatggttcaagtctaaatattctggtatttgtatgcacaGCTGATATTCTCTCTTGCAAGATATGAAGCTGTAATTGATGCATACTTGGATGGTCTTGAGGCATCTGAGTTAAATGACCTCTCTAGAGTTACAAGTGTT
species | Glycine max |
transcript | GLYMA18G53700.1 |
intron # | 4 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: GTGCTTTC-ATTAAGGAAGTTATTGCTAATGGGATAAGTGTGAATGTGAC GCTGATATTCTCTCTTGCAAGATATGAAGCTGTAATTGATGCATACTTGGAEST: gi|298186515|gb|HO037148.1|HO037148
genomic: GTGCCTTCAATTAAGGAAGTTATTGCTAATGGGATAAGTGTGAATGTGACggtaagtctg ... tgtatgcacaGCTGATATTCTCTCTTGCAAGATATGAAGCTGTAATTGATGCATACTTGGA
EST: GCTAATCGGATAAGTGTGAATGTGAC GCTGATATTCTCTCTTGCAAGATATGAAGCTGTAATTGATGCATACTTGGAEST: gi|151398727|gb|EV268598.1|EV268598
genomic: GCTAATGGGATAAGTGTGAATGTGACggtaagtctg ... tgtatgcacaGCTGATATTCTCTCTTGCAAGATATGAAGCTGTAATTGATGCATACTTGGA
EST: GTGCCTTCAATTAAGGAAGTTATTGCTAATGGGATAAGTGTGAATGTGAC GCTGATATTCTCTCTTGCAAGATATGAAGCTGTAATTGATGCATACTTGGAEST: gi|58018609|gb|CX705351.1|CX705351
genomic: GTGCCTTCAATTAAGGAAGTTATTGCTAATGGGATAAGTGTGAATGTGACggtaagtctg ... tgtatgcacaGCTGATATTCTCTCTTGCAAGATATGAAGCTGTAATTGATGCATACTTGGA
EST: GTGCCTTCAATTAAGGAAGTTATTGCTAATGGGATAAGTGTGAATGTGAC GCTGATATTCTCTCTTGCAAGATATGAAGCTGTAATTGATGCATACTTGGAEST: gi|58017437|gb|CX704179.1|CX704179
genomic: GTGCCTTCAATTAAGGAAGTTATTGCTAATGGGATAAGTGTGAATGTGACggtaagtctg ... tgtatgcacaGCTGATATTCTCTCTTGCAAGATATGAAGCTGTAATTGATGCATACTTGGA
EST: TGCTTTC-ATTAAAGGAAGTTATTGCTAATGGGATAAGTGTGAATGTGAC GCTGATATTCTCTCTTGCAAGATATGAAGCTGTAATTGATGCATACTTGGAEST: gi|298196531|gb|HO041274.1|HO041274
genomic: TGCCTTCAATT-AAGGAAGTTATTGCTAATGGGATAAGTGTGAATGTGACggtaagtctg ... tgtatgcacaGCTGATATTCTCTCTTGCAAGATATGAAGCTGTAATTGATGCATACTTGGA
EST: GTGCCTTCAATTAAGGAAGTTATTGCTAATGGGATAAGTGTGAATGTGAC GCTGATATTCTCTCTTGCAAGATATGAAGCTGTAATTGATGCATACTTGGAEST: gi|254347695|gb|GR853944.1|GR853944
genomic: GTGCCTTCAATTAAGGAAGTTATTGCTAATGGGATAAGTGTGAATGTGACggtaagtctg ... tgtatgcacaGCTGATATTCTCTCTTGCAAGATATGAAGCTGTAATTGATGCATACTTGGA
EST: GTGCCTTCAATTAAGGAAGTTATTGCTAATGGGATAAGTGTGAATGTGAC GCTGATATTCTCTCTTGCAAGATATGAAGCTGTAATTGATGCATACTTGGAEST: gi|298172256|gb|HO021848.1|HO021848
genomic: GTGCCTTCAATTAAGGAAGTTATTGCTAATGGGATAAGTGTGAATGTGACggtaagtctg ... tgtatgcacaGCTGATATTCTCTCTTGCAAGATATGAAGCTGTAATTGATGCATACTTGGA
EST: GTGCCTTCAATTAAGGAAGTTATTGCTAATGGGATAAGTGTGAATGTGAC GCTGATATTCTCTCTTGCAAGATATGAAGCTGTAATTGATGCATACTTGGAEST: gi|298191275|gb|HO038754.1|HO038754
genomic: GTGCCTTCAATTAAGGAAGTTATTGCTAATGGGATAAGTGTGAATGTGACggtaagtctg ... tgtatgcacaGCTGATATTCTCTCTTGCAAGATATGAAGCTGTAATTGATGCATACTTGGA
EST: GTGCCTTCAATTAAGGAAGTTATTGCTAATGGGATAAGTGTGAATGTGAC GCTGATA-T-TCTCTTGCAAGATATGAAGCTGTAATTGATGCATACTTGGA
genomic: GTGCCTTCAATTAAGGAAGTTATTGCTAATGGGATAAGTGTGAATGTGACggtaagtctg ... tgtatgcacaGCTGATATTCTCTCTTGCAAGATATGAAGCTGTAATTGATGCATACTTGGA
tgatctcttttactttcatggttcaagtctaaatattctggtatttgtatgcacaGCTGATATTCTCTCTTGCAAGATATGAAGCTGTAATTGATGCATACTTGGATGGTCTTGAGGCATCTGAGTTAAATGACCTCTCTAGAGTTACAAGTGTT
gtctaaa putative branch site (score: 3)
tctaaatatt TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| aattgaaactcagtctccaactgtcctgaagagtgttatctgctttgatctcttttactttcatggttcaagtctaaatattctggtatttgtatgcacaGCTGATATTCTCTCTTGCAAGATATGAAGCTGTAATTGATGCATACTTGGATGGTCTTGAGGCATCTGAGTTAAATGACCTCTCTAGAGTTACAAGTGTT
- - - - - - - ctccaac
- - - - - - - - - - - -tcctgaa
- - - - - - - - - - - - - - - gagtgtt
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - tctgctt
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -attctgg