1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' | 9 5' 3' | 10 5' 3' |
taaggccctaaaaatccattcacattttcatctaatgtgtgcacattttttcattagttctttatgtttttcttaataatggacggaacaatgatgactaatgttaagcattgaatctgcagaGACAAGCAGATGTGAACTCACTTATGCTGTTGTTGGGATTGTTGTGCTACTTGCTTCCAATGCTGTTCAAATACAGTGGTGCCTCAGCTGCTCTCACTGT
species | Glycine max |
transcript | GLYMA18G43000.1 |
intron # | 4 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: ATTATGTGGTGGCATTGCAAACCTTAAAGTGGAACAAAAATATGACAGAA GACAAGCAGATGTGAACTCACTTATGCTGTTGTTGGGATTGTTGTGCTACTEST: gi|120530398|gb|EH258531.1|EH258531
genomic: ATTATGTGGTGGCATTGCAAACCTTAAAGTGGAACAAAAATATGACAGAGtaaggcccta ... aatctgcagaGACAAGCAGATGTGAACTCACTTATGCTGTTGTTGGGATTGTTGTGCTACT
EST: ATTATGTGGTGGCATTGCAAACCTTAAAGTGGAACAAAAATATGACAGAA GACAAGCAGATGTGAACTCACTTATGCTGTTGTTGGGATTGTTGTGCTACTEST: gi|6134179|gb|AW132572.1|AW132572
genomic: ATTATGTGGTGGCATTGCAAACCTTAAAGTGGAACAAAAATATGACAGAGtaaggcccta ... aatctgcagaGACAAGCAGATGTGAACTCACTTATGCTGTTGTTGGGATTGTTGTGCTACT
EST: ATTATGTGGTGGCATTGCAAACCTTAAAGTGGAACAAAAATATGACAGAA GACAAGCAGATGTGAACTCACTTATGCTGTTGTTGGGATTGTTGTGCTACTEST: gi|193534017|gb|FK488626.1|FK488626
genomic: ATTATGTGGTGGCATTGCAAACCTTAAAGTGGAACAAAAATATGACAGAGtaaggcccta ... aatctgcagaGACAAGCAGATGTGAACTCACTTATGCTGTTGTTGGGATTGTTGTGCTACT
EST: ATTATGTGGTGGCATTGCAAACCTTAAAGTGGAACAAAAATATGACAGAA GACAAGCAGATGTGAACTCACTTATGCTGTTGTTGGGATTGTTGTGCTACTEST: gi|26047871|gb|CA784524.1|CA784524
genomic: ATTATGTGGTGGCATTGCAAACCTTAAAGTGGAACAAAAATATGACAGAGtaaggcccta ... aatctgcagaGACAAGCAGATGTGAACTCACTTATGCTGTTGTTGGGATTGTTGTGCTACT
EST: ATTATGTGGTGGCATTGCAAACCTTAAAGTGGAACAAAAATATGACAGAA GACAAGCAGATGTGAACTCACTTATGCTGTTGTTGGGATTGTTGTGCTACTEST: gi|120495967|gb|EH224134.1|EH224134
genomic: ATTATGTGGTGGCATTGCAAACCTTAAAGTGGAACAAAAATATGACAGAGtaaggcccta ... aatctgcagaGACAAGCAGATGTGAACTCACTTATGCTGTTGTTGGGATTGTTGTGCTACT
EST: ATTATGTGGTGGCATTGCAAACCTTAAAGTGGAACAAAAATATGACAGAA GACAAGCAGATGTGAACTCACTTATGCTEST: gi|193494808|gb|FK460598.1|FK460598
genomic: ATTATGTGGTGGCATTGCAAACCTTAAAGTGGAACAAAAATATGACAGAGtaaggcccta ... aatctgcagaGACAAGCAGATGTGAACTCACTTATGCT
EST: ATTATGTGGTGGCATTGCAAACCTTAAAGTGGAACAAAAATATGACAGAA GACAAGCAGATGTGAACTCACTTATGCTGTTGTTGGGEST: gi|193546468|gb|FK501819.1|FK501819
genomic: ATTATGTGGTGGCATTGCAAACCTTAAAGTGGAACAAAAATATGACAGAGtaaggcccta ... aatctgcagaGACAAGCAGATGTGAACTCACTTATGCTGTTGTTGGG
EST: ATTATGTGGTGGCATTGCAAACCTTAAAGTGGAACAAAAATATGACAGAA GACAAGCAGATGTGAACTCACTTATGCTGTTGTTGGGATTGTTGTGCTACTEST: gi|208196558|gb|GD989547.1|GD989547
genomic: ATTATGTGGTGGCATTGCAAACCTTAAAGTGGAACAAAAATATGACAGAGtaaggcccta ... aatctgcagaGACAAGCAGATGTGAACTCACTTATGCTGTTGTTGGGATTGTTGTGCTACT
EST: ATTATGTGGTGGCATTGCAAACCTTAAAGTGGAACAAAAATATGACAGAA GACAAGCAGATGTGAACTCACTTATGCTGTTGTTGGGATTGTTGTGCTACTEST: gi|208329067|gb|GE131191.1|GE131191
genomic: ATTATGTGGTGGCATTGCAAACCTTAAAGTGGAACAAAAATATGACAGAGtaaggcccta ... aatctgcagaGACAAGCAGATGTGAACTCACTTATGCTGTTGTTGGGATTGTTGTGCTACT
EST: ATTATGTGGTGGCATTGCAAACCTTAAAGTGGAACAAAAATATGACAGAA GACAAGCAGATGTGAACTCACTTATGCTGTTGTTGGGATTGTTGTGCTACTEST: gi|207770812|gb|GD743364.1|GD743364
genomic: ATTATGTGGTGGCATTGCAAACCTTAAAGTGGAACAAAAATATGACAGAGtaaggcccta ... aatctgcagaGACAAGCAGATGTGAACTCACTTATGCTGTTGTTGGGATTGTTGTGCTACT
EST: ATTATGTGGTGGCATTGCAAACCTTAAAGTGGAACAAAAATATGACAGAA GACAAGCAGATGTGAACTCAEST: gi|20449496|gb|BQ253620.1|BQ253620
genomic: ATTATGTGGTGGCATTGCAAACCTTAAAGTGGAACAAAAATATGACAGAGtaaggcccta ... aatctgcagaGACAAGCAGATGTGAACTCA
EST: ATTATGTGGTGGCATTGCAAACCTTAAAGTGGAACAAAAATATGACAGAA GACAAGCAGATGTGAACTCACTTATGCTGTTGTTGGGATTGTTGTGCTACTEST: gi|193581209|gb|FK537830.1|FK537830
genomic: ATTATGTGGTGGCATTGCAAACCTTAAAGTGGAACAAAAATATGACAGAGtaaggcccta ... aatctgcagaGACAAGCAGATGTGAACTCACTTATGCTGTTGTTGGGATTGTTGTGCTACT
EST: ATTATGTGGTGGCATTGCAAACCTTAAAGTGGAACAAAAATATGACAGAA GACAAGCAGATGTGAACTCACTTATGCTGTTGTTGGGATTGTTGTGCTACTEST: gi|193405390|gb|FK371367.1|FK371367
genomic: ATTATGTGGTGGCATTGCAAACCTTAAAGTGGAACAAAAATATGACAGAGtaaggcccta ... aatctgcagaGACAAGCAGATGTGAACTCACTTATGCTGTTGTTGGGATTGTTGTGCTACT
EST: ATTATGTGGTGGCATTGCAAACCTTAAAGTGGAACAAAAATATGACAGAA GACAAGCAGATGTGAACTCACTTATGCTGTTGTTGGGATTGTTGTGCTACTEST: gi|120495266|gb|EH223433.1|EH223433
genomic: ATTATGTGGTGGCATTGCAAACCTTAAAGTGGAACAAAAATATGACAGAGtaaggcccta ... aatctgcagaGACAAGCAGATGTGAACTCACTTATGCTGTTGTTGGGATTGTTGTGCTACT
EST: ATTATGTGGTGGCATTGCAAACCTTAAAGTGGAACAAAAATATGACAGAA GACAAGCAGATGTGAACTCACTTATGCTGTTGTTGGGATTGTTGTGCTACTEST: gi|193339811|gb|FK303198.1|FK303198
genomic: ATTATGTGGTGGCATTGCAAACCTTAAAGTGGAACAAAAATATGACAGAGtaaggcccta ... aatctgcagaGACAAGCAGATGTGAACTCACTTATGCTGTTGTTGGGATTGTTGTGCTACT
EST: ATTATGTGGTGGCATTGCAAACCTTAAAGTGGAACAAAAATATGACAGAA GACAAGCAGATGTGAACTCACTTATGCTGTTGTTGEST: gi|207839891|gb|GD810084.1|GD810084
genomic: ATTATGTGGTGGCATTGCAAACCTTAAAGTGGAACAAAAATATGACAGAGtaaggcccta ... aatctgcagaGACAAGCAGATGTGAACTCACTTATGCTGTTGTTG
EST: ATTATGTGGTGGCATTGCAAACCTTAAAGTGGAACAAAAATATGACAGAA GACAAGCAGATGTGAACTCACTTATGCTGTTGTTGGGATTGTTGTGCTACTEST: gi|193483192|gb|FK451035.1|FK451035
genomic: ATTATGTGGTGGCATTGCAAACCTTAAAGTGGAACAAAAATATGACAGAGtaaggcccta ... aatctgcagaGACAAGCAGATGTGAACTCACTTATGCTGTTGTTGGGATTGTTGTGCTACT
EST: ATTATGTGGTGGCATTGCAAACCTTAAAGTGGA-CAAAAATATGACAGAA GACAAGCAGATGTGAACTCACTTA
genomic: ATTATGTGGTGGCATTGCAAACCTTAAAGTGGAACAAAAATATGACAGAGtaaggcccta ... aatctgcagaGACAAGCAGATGTGAACTCACTTA
tttcttaataatggacggaacaatgatgactaatgttaagcattgaatctgcagaGACAAGCAGATGTGAACTCACTTATGCTGTTGTTGGGATTGTTGTGCTACTTGCTTCCAATGCTGTTCAAATACAGTGGTGCCTCAGCTGCTCTCACTGT
gactaat putative branch site (score: 2)
taatgttaa TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| taaggccctaaaaatccattcacattttcatctaatgtgtgcacattttttcattagttctttatgtttttcttaataatggacggaacaatgatgactaatgttaagcattgaatctgcagaGACAAGCAGATGTGAACTCACTTATGCTGTTGTTGGGATTGTTGTGCTACTTGCTTCCAATGCTGTTCAAATACAGTGGTGCCTCAGCTGCTCTCACTGT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - ATGCTG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCTGTT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TCAGCT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CAGCTG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGCTGC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCTGCT