Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtgagcagctactcttgaatcattagattgaccttattctaccttggctgcttcatgactttcacatctgcagGCAGTTGATGCTTGGGGAACAGTTGATGTATTAATAAACAATGCAG

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA18G01280.1
intron # 4
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GLYMA18G01280.1 (Glycine max), 3'ss of exon 4
lower sequence: Vv01s0010g02670.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 4
gtgagcagctactc--ttgaatcattagattgaccttattctacc-----ttggctgcttcatgacttt------cacatctgcagGCAGTTGATGCTTGGGGAACAGTTGATGTATTAATAAACAATGCAG
|||||||  |  ||  |    | |||   || |   || | | |      | |    ||||| || |||      || |||  |||||||||||||| ||||||||||||||| |||| |||||||||||||
gtgagcaaatgttccatctgctgattttgtttaatgtaatatgctgattgtggtgcacttcacgattttttttttcatatccacagGCAGTTGATGCATGGGGAACAGTTGATATATTGATAAACAATGCAG
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|58017082|gb|CX703824.1|CX703824
EST:     TTGGTGGAGATGTTTCTACCGAGGCTGATGTGGAGTCTATGATTAAAACT                         GCAGTTGATGCTTGGGGAACAGTTGATGTATTAATAAACAATGCAG
genomic: TTGGTGGAGATGTTTCTAACGAGGCTGATGTGGAGTCTATGATTAAAACTgtgagcagct ... acatctgcagGCAGTTGATGCTTGGGGAACAGTTGATGTATTAATAAACAATGCAG
EST: gi|213600146|gb|DB964310.1|DB964310
EST:     TTGGTGGAGATGTTTCTAACGAGGCTGATGTGGAGTCTATGATTAAAACT                         GCAGTTGATGCTTGGGGAACAGTTGATGTATTAATAAACAATGCAG
genomic: TTGGTGGAGATGTTTCTAACGAGGCTGATGTGGAGTCTATGATTAAAACTgtgagcagct ... acatctgcagGCAGTTGATGCTTGGGGAACAGTTGATGTATTAATAAACAATGCAG
EST: gi|7042369|gb|AW472263.1|AW472263
EST:     TTGGTGGAGATGTTTCTAACGATGCTGATGTGGAGTCTATGATTAAAACT                         GCAGGTGATGCTTGGGGAACAGTTGATGTATTAATAAACAATGCAA
genomic: TTGGTGGAGATGTTTCTAACGAGGCTGATGTGGAGTCTATGATTAAAACTgtgagcagct ... acatctgcagGCAGTTGATGCTTGGGGAACAGTTGATGTATTAATAAACAATGCAG
EST: gi|192334676|gb|FK025223.1|FK025223
EST:     TTGGTGGAGATGTTTCTAACGAGGCTGATGTGGAGTCTATGATTAAAACT                         GCAGTTGATGCTTGGGGAACAGTTGATGTATTAATAAACAATGCAC
genomic: TTGGTGGAGATGTTTCTAACGAGGCTGATGTGGAGTCTATGATTAAAACTgtgagcagct ... acatctgcagGCAGTTGATGCTTGGGGAACAGTTGATGTATTAATAAACAATGCAG
EST: gi|192296853|gb|FG990229.1|FG990229
EST:     TTGGTGGAGATGTTTCTAACGAGGCTGATGTGGAGTCTATGATTAAAACT                         GCAGTGGATGCTTGGGGAACAGTTGATGTATTAATAAACAATGCAG
genomic: TTGGTGGAGATGTTTCTAACGAGGCTGATGTGGAGTCTATGATTAAAACTgtgagcagct ... acatctgcagGCAGTTGATGCTTGGGGAACAGTTGATGTATTAATAAACAATGCAG
EST: gi|192333774|gb|FK025497.1|FK025497
EST:     TTGGTGGAGATGTTTCTAACGAGGCTGATGTGGAGTCTATGATTAAAACT                         GCAGTTGATGCTTGGGGAACAGTTGATGTATTAATAAACAAT
genomic: TTGGTGGAGATGTTTCTAACGAGGCTGATGTGGAGTCTATGATTAAAACTgtgagcagct ... acatctgcagGCAGTTGATGCTTGGGGAACAGTTGATGTATTAATAAACAAT


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

atcattagattgaccttattctaccttggctgcttcatgactttcacatctgcagGCAGTTGATGCTTGGGGAACAGTTGATGTATTAATAAACAATGCAG
       gattgac  putative branch site (score: 3)
                                        ctttcac  putative PPT
               ttattcta  TA-rich tract