Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...acataactcttgcttctgtagttttctgttatactatctttgtttttgctttgctcatgttgcagttaatatttacttttttgatttggtattcttacagGTGGGATATATGGAATGCCCCAACTGTTGGATCGATATGGCCTGGGCGTGCCTATTGGACCTGGGACAATG

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA18G00920.2
intron # 4
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|254326113|gb|GR840705.1|GR840705
EST:     GACCAGTGATGGGAAATG                         GTGGGATATATGGAATGCCCC-ACTG-TGGATCGATATGGCCTGGGCGTGC
genomic: GACCAGTGATGGGAAATGgtacgttctg ... attcttacagGTGGGATATATGGAATGCCCCAACTGTTGGATCGATATGGCCTGGGCGTGC
EST: gi|193340774|gb|FK308731.1|FK308731
EST:     GCATTTATCTGGACCAACACCCTACACTGGTGGACCAGTGATGGGAAATG                         GTGGGATATATGGAATGACCCCAACTGTTGGATCGATATGGCCTGGGCGTG
genomic: GCATTTATCTGGACCAACACCCTACACTGGTGGACCAGTGATGGGAAATGgtacgttctg ... attcttacagGTGGGATATATGGAATG-CCCCAACTGTTGGATCGATATGGCCTGGGCGTG
EST: gi|16349090|gb|BI974685.1|BI974685
EST:     GCATTTATCTGGACCAACACCCTACACTGGTGGACCAGTGATGGGAAATG                         GTGGGATATATGGAATGCCCCAACTGTTGGATCGATATGGCCTGGGCGTGC
genomic: GCATTTATCTGGACCAACACCCTACACTGGTGGACCAGTGATGGGAAATGgtacgttctg ... attcttacagGTGGGATATATGGAATGCCCCAACTGTTGGATCGATATGGCCTGGGCGTGC
EST: gi|193342494|gb|FK306110.1|FK306110
EST:     GCATTTATCTGGACCAACACCCTACACTGGTGGACCAGTGATGGGAAATG                         GTGGGATATATGGAATGCCCCAACTGTTGGATCGATATGGCCTGGGCGTGC
genomic: GCATTTATCTGGACCAACACCCTACACTGGTGGACCAGTGATGGGAAATGgtacgttctg ... attcttacagGTGGGATATATGGAATGCCCCAACTGTTGGATCGATATGGCCTGGGCGTGC
EST: gi|193409098|gb|FK373228.1|FK373228
EST:     GCATTTATCTGGACCAACACCCTACACTGGTGGACCAGTGATGGGAAATG                         GTGGGATATATGGAATGCCCCAACTGTTGGATCGATATGGCCTGGGCGTGC
genomic: GCATTTATCTGGACCAACACCCTACACTGGTGGACCAGTGATGGGAAATGgtacgttctg ... attcttacagGTGGGATATATGGAATGCCCCAACTGTTGGATCGATATGGCCTGGGCGTGC
EST: gi|193420265|gb|FK388245.1|FK388245
EST:     GCATTTATCTGGACCAACACCCTACACTGGTGGACCAGTGATGGGAAATG                         GTGGGATATATGGAATGCCCCAACTGTTGGATCGATATGGCCTAGGGACGT
genomic: GCATTTATCTGGACCAACACCCTACACTGGTGGACCAGTGATGGGAAATGgtacgttctg ... attcttacagGTGGGATATATGGAATGCCCCAACTGTTGGATCGATATGGCCT-GGG-CGT
EST: gi|193429121|gb|FK393215.1|FK393215
EST:     GCATTTATCTGGACCAACACCCTACACTGGTGGACCAGTGATGGGAAATG                         GTGGGATATATGGAATGCCCCAACTGTTGGATCGATATGGCCTGGGCGTGC
genomic: GCATTTATCTGGACCAACACCCTACACTGGTGGACCAGTGATGGGAAATGgtacgttctg ... attcttacagGTGGGATATATGGAATGCCCCAACTGTTGGATCGATATGGCCTGGGCGTGC
EST: gi|58022050|gb|CX708791.1|CX708791
EST:     GTGGACCAGTGATGGGAAATG                         GTGGGATATATGGAATGCCCCAACTGTTGGATCGATATGGCCTGGGCGTGC
genomic: GTGGACCAGTGATGGGAAATGgtacgttctg ... attcttacagGTGGGATATATGGAATGCCCCAACTGTTGGATCGATATGGCCTGGGCGTGC
EST: gi|207687590|gb|GD668947.1|GD668947
EST:     GCATTTATCTGGACCAACACCCTACACTGGTGGACCAGTGATGGGAAATG                         GTGGGATATATGGAATGCCCCAACTGTTGGATCGATATGGCCTGGGCGTGC
genomic: GCATTTATCTGGACCAACACCCTACACTGGTGGACCAGTGATGGGAAATGgtacgttctg ... attcttacagGTGGGATATATGGAATGCCCCAACTGTTGGATCGATATGGCCTGGGCGTGC
EST: gi|193357235|gb|FK321551.1|FK321551
EST:     GCATTTATCTGGACCAACACCCTACACTGGTGGACCAGTGATGGGAAATG                         GTGGGATATATGGAATGCCCCAACTGTTGGATCGATATGGCCTGGGCGTGC
genomic: GCATTTATCTGGACCAACACCCTACACTGGTGGACCAGTGATGGGAAATGgtacgttctg ... attcttacagGTGGGATATATGGAATGCCCCAACTGTTGGATCGATATGGCCTGGGCGTGC


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

ttgctttgctcatgttgcagttaatatttacttttttgatttggtattcttacagGTGGGATATATGGAATGCCCCAACTGTTGGATCGATATGGCCTGGGCGTGCCTATTGGACCTGGGACAATG
                                 ttttgat  putative branch site (score: 4)
                                            tattctt  putative PPT
                    ttaatatttacttttt  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
acataactcttgcttctgtagttttctgttatactatctttgtttttgctttgctcatgttgcagttaatatttacttttttgatttggtattcttacagGTGGGATATATGGAATGCCCCAACTGTTGGATCGATATGGCCTGGGCGTGCCTATTGGACCTGGGACAATG

- - - ctcttgc
- - - - - - -ttctgta
- - - - - - - - - - - -ttctgtt
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -tgttgca
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -tgatttg