1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' |
...cgacttcctaaaccatccaccataccatacaaaaaaatttcacacacctcacctctacataatgttttgtgagaaacatattttgggcacatgcatgcagGAAGGATGGTGTGATAGCAAAGGATCATTGAAAGATGTCAAGACAAAATTACAGATGAGGCAAGAAGGAGCTTTCAAGAGGGAGAGAGCAATTGCATACT
species | Glycine max |
transcript | GLYMA17G34520.1 |
intron # | 4 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
acctcacctctacataatgttttgtgagaaacatattttgggcacatgcatgcagGAAGGATGGTGTGATAGCAAAGGATCATTGAAAGATGTCAAGACAAAATTACAGATGAGGCAAGAAGGAGCTTTCAAGAGGGAGAGAGCAATTGCATACT
acctcac putative branch site (score: 3)
aaacatatttt TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| cgacttcctaaaccatccaccataccatacaaaaaaatttcacacacctcacctctacataatgttttgtgagaaacatattttgggcacatgcatgcagGAAGGATGGTGTGATAGCAAAGGATCATTGAAAGATGTCAAGACAAAATTACAGATGAGGCAAGAAGGAGCTTTCAAGAGGGAGAGAGCAATTGCATACT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CAGATG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCAAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGGAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAGCT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGCTT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGAGG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGAGCA
- -cttccta
- - - - - - ccatcca
- - - - - - - - - -ccatacc
- - - - - - - - - - - - - - - aaaaaaa
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - -tcacaca
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - tgttttg
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - gagaaac