1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' |
...acatcgacaacacggaaccaaacacgctataatttcttatgtccaaaaatgatagaaagttatatttgatgaagctaactaattattgcctgtttaatagGTCACCTTACAACCAAGAGTGATGTGTATAGCTATGGGGTGGTGCTGTTGGAATTGCTGACAGGAAGACGAGTAGTGGATAAATCTCGGTCGAATGAAGG
species | Glycine max |
transcript | GLYMA17G33470.1 |
intron # | 4 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: ACGCATAATGGGAACACAAGGTTATGCTGCTCCTGAGTACATCATGACAG GTCACCTTACAACCAAGAGTGATGTGTATAGCTATGGGGTGGTGCTGTTGGEST: gi|58014396|gb|CX701138.1|CX701138
genomic: ACGCATAATGGGAACACAAGGTTATGCTGCTCCTGAGTACATCATGACAGgttagtatat ... tgtttaatagGTCACCTTACAACCAAGAGTGATGTGTATAGCTATGGGGTGGTGCTGTTGG
EST: ACGCATAATGGGAACACAAGGTTATGCTGCTCCTGAGTACATCATGACAG GTCACCTTACAACCAAGAGTGATGTGTATAGCTATGGGGTGGTGCTGTTGGEST: gi|41146213|gb|CK606424.1|CK606424
genomic: ACGCATAATGGGAACACAAGGTTATGCTGCTCCTGAGTACATCATGACAGgttagtatat ... tgtttaatagGTCACCTTACAACCAAGAGTGATGTGTATAGCTATGGGGTGGTGCTGTTGG
EST: ACGCATAATGGGAACACAAGGTTATGCTGTTCCTGAGTACATCATGACAG GTCACCTTACAACCAAGAGTGATGTGTATAGCTATGGGGTGGTGCTGTTGGEST: gi|58021251|gb|CX707993.1|CX707993
genomic: ACGCATAATGGGAACACAAGGTTATGCTGCTCCTGAGTACATCATGACAGgttagtatat ... tgtttaatagGTCACCTTACAACCAAGAGTGATGTGTATAGCTATGGGGTGGTGCTGTTGG
EST: ACGCATAATGGGAACACAAGGTTATGCTGCTCCTGAGTACATCATGACAG GTCACCTTACAACCAAGAGTGATGTGTATAGCTATGGGGTGGTGCTGTTGG
genomic: ACGCATAATGGGAACACAAGGTTATGCTGCTCCTGAGTACATCATGACAGgttagtatat ... tgtttaatagGTCACCTTACAACCAAGAGTGATGTGTATAGCTATGGGGTGGTGCTGTTGG
aaaatgatagaaagttatatttgatgaagctaactaattattgcctgtttaatagGTCACCTTACAACCAAGAGTGATGTGTATAGCTATGGGGTGGTGCTGTTGGAATTGCTGACAGGAAGACGAGTAGTGGATAAATCTCGGTCGAATGAAGG
aactaat putative branch site (score: 2)
cctgttt putative PPT
atagaaagttatattt TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| acatcgacaacacggaaccaaacacgctataatttcttatgtccaaaaatgatagaaagttatatttgatgaagctaactaattattgcctgtttaatagGTCACCTTACAACCAAGAGTGATGTGTATAGCTATGGGGTGGTGCTGTTGGAATTGCTGACAGGAAGACGAGTAGTGGATAAATCTCGGTCGAATGAAGG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGTGGA
- - - - - - - - -ccaaaca
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - ccaaaaa
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -gctaact
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -tattgcc