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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtatgtggaatcttaattttgatttatggtacaacttttattaatttaatatttaaacacaacaacacattgtctacagTTTTGGGCAGCCTATTAAGGTTAACTGGGCTTATGCTAGCAGCCAGAGAGAGGATACCTCAG

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA17G05530.1
intron # 4
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GLYMA17G05530.4 (Glycine max), 3'ss of exon 5
lower sequence: Vv11s0016g00700.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 4
gtatgtggaatcttaattttgatttatggtacaacttttattaatttaatatttaaacacaacaacacattgtctacagTTTTGGGCAGCCTATTAAGGTTAACTGGGCTTATGCTAGCAGCCAGAGAGAGGATACCTCAG
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gtaagtagaaatccgat--agatttctaac-tgactttttccactcctgtatcttaacatgtta-------gtttgcagGTTTGGTCAGCCAATCAAAGTTAATTGGGCATATGCTAGTAGTCAGAGAGAGGATACATCAG
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|193443462|gb|FK409208.1|FK409208
EST:     GATCGCAGTTCTGCTGCATTTGCTATTGTAACTCTCAATGGGAGGAATAT                         TTTTGGGCAGCCTATTAAGGTTAACTGGGCTTATGCTAGCAGCCAGAGAGA
genomic: GATCGCAGTTCTGCTGCATTTGCTATTGTAACTCTCAATGGGAGGAATATgtatgtggaa ... ttgtctacagTTTTGGGCAGCCTATTAAGGTTAACTGGGCTTATGCTAGCAGCCAGAGAGA
EST: gi|193640436|gb|FK592779.1|FK592779
EST:     GATCGCAGTTCTGCTGCATTTGCTATTGTAACTCTCAATGGGAGGAATAT                         TTTTGGGCAGCCTATTAAGGTTAACTGGGCTTATGCTAGCAGCCAGAGAGA
genomic: GATCGCAGTTCTGCTGCATTTGCTATTGTAACTCTCAATGGGAGGAATATgtatgtggaa ... ttgtctacagTTTTGGGCAGCCTATTAAGGTTAACTGGGCTTATGCTAGCAGCCAGAGAGA
EST: gi|207682231|gb|GD665302.1|GD665302
EST:     GATCGCAGTTCTGCTGCATTTGCTATTGTAACTCTCAATGGGAGGAATAT                         TTTTGGGCAGCCTATTAAGGTTAACTGGGCTTATGCTAGCAGCCAG
genomic: GATCGCAGTTCTGCTGCATTTGCTATTGTAACTCTCAATGGGAGGAATATgtatgtggaa ... ttgtctacagTTTTGGGCAGCCTATTAAGGTTAACTGGGCTTATGCTAGCAGCCAG
EST: gi|14126550|gb|BG790988.1|BG790988
EST:     GATCGCAGTTCTGCTGCATTTGCTATTGTAACTCTCAATGGGAGGAATAT                         TTCTGGGCAGCCTATTAAGGTTAACTGGGCTTATGCTAGCAGCCAGAGAGA
genomic: GATCGCAGTTCTGCTGCATTTGCTATTGTAACTCTCAATGGGAGGAATATgtatgtggaa ... ttgtctacagTTTTGGGCAGCCTATTAAGGTTAACTGGGCTTATGCTAGCAGCCAGAGAGA
EST: gi|208092308|gb|GD889373.1|GD889373
EST:     GATCGCAGTTCTGCTGCATTTGCTATTGTAACTCTCAATGGGAGGAATAT                         TTTTGGGCAGCCTATTAAGGTTAACTGGGCTTATGCTAGCAGCCAGAGAGA
genomic: GATCGCAGTTCTGCTGCATTTGCTATTGTAACTCTCAATGGGAGGAATATgtatgtggaa ... ttgtctacagTTTTGGGCAGCCTATTAAGGTTAACTGGGCTTATGCTAGCAGCCAGAGAGA
EST: gi|208308905|gb|GE101633.1|GE101633
EST:     GATCGCAGTTCTGCTGCATTTGCCATTGTAACTCTCAATGGGAGGAATAT                         TTTTGGGCAGCCTATTAAGGTTAACTGGGCTTATGCTAGCAGCCAGAGAGA
genomic: GATCGCAGTTCTGCTGCATTTGCTATTGTAACTCTCAATGGGAGGAATATgtatgtggaa ... ttgtctacagTTTTGGGCAGCCTATTAAGGTTAACTGGGCTTATGCTAGCAGCCAGAGAGA
EST: gi|7639266|gb|AW733592.1|AW733592
EST:     GATCGCAGTTCTGCTGCATTTGCTATTGTAACTCTCAATGGGAGGAATAT                         TTTTGGGCAGCCTATTAAGGTTAACTGGGCTTATGCTAGCAGCCAGAGAGA
genomic: GATCGCAGTTCTGCTGCATTTGCTATTGTAACTCTCAATGGGAGGAATATgtatgtggaa ... ttgtctacagTTTTGGGCAGCCTATTAAGGTTAACTGGGCTTATGCTAGCAGCCAGAGAGA
EST: gi|193467443|gb|FK432556.1|FK432556
EST:     GATCGCAGTTCTGCTGCATTTGCCATTGTAACTCTCAATGGGAGGAATAT                         TTTTGGGCAGCCTATTAAGGTTAACTGGGCTTATGCTAGCAGCCAGAGAGA
genomic: GATCGCAGTTCTGCTGCATTTGCTATTGTAACTCTCAATGGGAGGAATATgtatgtggaa ... ttgtctacagTTTTGGGCAGCCTATTAAGGTTAACTGGGCTTATGCTAGCAGCCAGAGAGA
EST: gi|11274392|gb|BF324745.1|BF324745
EST:     GATCGCAGTTCTGCTGCATTTGCTATTGTAACTCTCAATGGGAGGAATAT                         TTTTGGGCAGCCTATTAAGGTTAACTGGGCTTATGCTAGCAGCCAGAGAGA
genomic: GATCGCAGTTCTGCTGCATTTGCTATTGTAACTCTCAATGGGAGGAATATgtatgtggaa ... ttgtctacagTTTTGGGCAGCCTATTAAGGTTAACTGGGCTTATGCTAGCAGCCAGAGAGA
EST: gi|208171149|gb|GD967892.1|GD967892
EST:     CTGCATTTGCCATTGTAACTCTCAATGGGAGGAATAT                         TTTTGGGCAGCCTATTAAGGTTAACTGGGCTTATGCTAGCAGCCAGAGAGA
genomic: CTGCATTTGCTATTGTAACTCTCAATGGGAGGAATATgtatgtggaa ... ttgtctacagTTTTGGGCAGCCTATTAAGGTTAACTGGGCTTATGCTAGCAGCCAGAGAGA


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

tatggtacaacttttattaatttaatatttaaacacaacaacacattgtctacagTTTTGGGCAGCCTATTAAGGTTAACTGGGCTTATGCTAGCAGCCAGAGAGAGGATACCTCAG
     tacaacttttattaat  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
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gtatgtggaatcttaattttgatttatggtacaacttttattaatttaatatttaaacacaacaacacattgtctacagTTTTGGGCAGCCTATTAAGGTTAACTGGGCTTATGCTAGCAGCCAGAGAGAGGATACCTCAG

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