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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtgagtctattttcatcctaaaatcattggcattgcaaatgtttattgttgttgtagagtattcatactgtgtatctgacttctagaataagctgcttgtactgctattagcttatatatgcgagcttttagcccctttcaatcataaaaaaagaagaagcttatatatgctcattttattattttaatgtttcagGCCCACATTGAACAGTGGATTGATTTTTCATCATTGGAGATTGATGCTAATATTATCAAGTGGTATGCCCCAAGAGTTGGACGAGGACCATATCTTCCTC

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA17G00470.2
intron # 4
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GLYMA17G00470.4 (Glycine max), 3'ss of exon 4
lower sequence: Vv12s0035g01130.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 5
gtgagtctattttcatcctaaaatcattggcattgcaaatgtttattgttgttgtagagtattcatactgtgtatctgactt-ctagaataagctgcttgt-actgct-attagcttatatatgcgagcttttagcccctttcaatcataaaaaaagaagaagcttatatatgctcattttattattttaatgtttcagGCCCACATTGAACAGTGGATTGATTTTTCATCATTGGAGATTGATGCTAATATTATCAAGTGGTATGCCCCAAGAGTTGGACGAGGACCATATCTTCCTC
                  ||| ||  ||    || |   || || || |  || |  | | ||  |    |   ||| | ||  |    |    || |  | |||||  || |   |||| |  | ||  ||  |   |||||  |  |  | ||  | |   ||||| |||   |    | || ||||    |  |||| ||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    | |||| |   |||||  ||||||| |    ||| ||||| |
-----------------gtaagat--tttctgttccggttgatttttttccttatttaatttttgtttatttactcttatttgtttctgtggtgtgttcatcactgcccataaatgtataaaaacaagtgtt--gttgctttc--ttgtggacaattagg---cttat-tatctcctgcctcttgtttt----tcccagGGCCACATTGAGCAGTGGATTGATTTTGCATCATTGGAGATTGATGCTAATATTGGGCATTGGTTTAGACCAAGGATTGGACGTGCTGTATACCTTCCAC
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|254320830|gb|GR827279.1|GR827279
EST:     CCCGGCTGAAAGGTGATAACACTTTGTATGGATCTTCCTTGATTGAATAT                         GCCCACATTGAACAGTGGATTGATTTTTCATCATTGGAGATTGATGCTAAT
genomic: CCCGGCTGAAAGGTGATAACACTTTGTATGGATCTTCCTTGATTGAATATgtgagtctat ... aatgtttcagGCCCACATTGAACAGTGGATTGATTTTTCATCATTGGAGATTGATGCTAAT
EST: gi|209713269|gb|BW684356.1|BW684356
EST:     CCCGGCTGAAAGGTGATAACACTTTGTATGGATCTTCCTTGATTGAATAT                         GCCCACATTGAACAGTGGATTGATTTTTCATCATTGGAGATTGATGCTAAT
genomic: CCCGGCTGAAAGGTGATAACACTTTGTATGGATCTTCCTTGATTGAATATgtgagtctat ... aatgtttcagGCCCACATTGAACAGTGGATTGATTTTTCATCATTGGAGATTGATGCTAAT
EST: gi|213589446|gb|DB973182.1|DB973182
EST:     CCCGGCTGAAAGGTGATAACACTTTGTATGGATCTTCCTTGATTGAATAT                         GCCCACATTGAACAGTGGATTGATTTTTCATCATTGGAGATTGATGCTAAT
genomic: CCCGGCTGAAAGGTGATAACACTTTGTATGGATCTTCCTTGATTGAATATgtgagtctat ... aatgtttcagGCCCACATTGAACAGTGGATTGATTTTTCATCATTGGAGATTGATGCTAAT
EST: gi|213599134|gb|DB962227.1|DB962227
EST:     CCCGGCTGAAAGGTGATAACACTTTGTATGGATCTTCCTTGATTGAATAT                         GCCCACATTGAACAGTGGATTGATTTTTCATCATTGGAGATTGATGCTAAT
genomic: CCCGGCTGAAAGGTGATAACACTTTGTATGGATCTTCCTTGATTGAATATgtgagtctat ... aatgtttcagGCCCACATTGAACAGTGGATTGATTTTTCATCATTGGAGATTGATGCTAAT
EST: gi|192329687|gb|FK023275.1|FK023275
EST:     CCCGGCTGAAAGGTGATAACACTTTGTATGGATCTTCCTTGATTGAATAT                         GCCCACATTGAACAGTGGATTGATTTTTCATCATTGGAGATTGATGCTAAT
genomic: CCCGGCTGAAAGGTGATAACACTTTGTATGGATCTTCCTTGATTGAATATgtgagtctat ... aatgtttcagGCCCACATTGAACAGTGGATTGATTTTTCATCATTGGAGATTGATGCTAAT
EST: gi|208029666|gb|GD832044.1|GD832044
EST:     CCCGGCTGAAAGGTGATAACACTTTGTATGGATCTTCCTTGATTGAATAT                         GCCCACATTGAACAGTGGATTGATTTTTCATCATTGGAGATTGATGCTAAT
genomic: CCCGGCTGAAAGGTGATAACACTTTGTATGGATCTTCCTTGATTGAATATgtgagtctat ... aatgtttcagGCCCACATTGAACAGTGGATTGATTTTTCATCATTGGAGATTGATGCTAAT
EST: gi|298185664|gb|HO030877.1|HO030877
EST:     CCCGGCTGAAAGGTGATAACACTTTGTATGGATCTTCCTTGATTGAATAT                         GCCCACATTGAACAGTGGATTGATTTTTCATCATTGGAGATTGATGCTAAT
genomic: CCCGGCTGAAAGGTGATAACACTTTGTATGGATCTTCCTTGATTGAATATgtgagtctat ... aatgtttcagGCCCACATTGAACAGTGGATTGATTTTTCATCATTGGAGATTGATGCTAAT
EST: gi|5126554|gb|AI748290.1|AI748290
EST:     CCCGGCTGAAAGGTGATAACACTTTGTATGGATCTTCCTTGATTGAATAT                         GCCCACATTGAACAGTGGATTGATTTTTCATCATTGGAGATTGATGCTAAT
genomic: CCCGGCTGAAAGGTGATAACACTTTGTATGGATCTTCCTTGATTGAATATgtgagtctat ... aatgtttcagGCCCACATTGAACAGTGGATTGATTTTTCATCATTGGAGATTGATGCTAAT
EST: gi|12773474|gb|BG238401.1|BG238401
EST:     CCCGGCTGAAAGGTGATAACACTTTGTATGGATCTTCCTTGATTGAATAT                         GCCCACATTGAACAAG-GGATTGATTTTTCATCATTGGAGATTGATGCTAA
genomic: CCCGGCTGAAAGGTGATAACACTTTGTATGGATCTTCCTTGATTGAATATgtgagtctat ... aatgtttcagGCCCACATTGAACA-GTGGATTGATTTTTCATCATTGGAGATTGATGCTAA
EST: gi|7795385|gb|AW780844.1|AW780844
EST:     CTTGATTGAATAT                         GCCCACATTGAACAGTGGATTGATTTTTCATCATTGGAGATTGATGCTAAT
genomic: CTTGATTGAATATgtgagtctat ... aatgtttcagGCCCACATTGAACAGTGGATTGATTTTTCATCATTGGAGATTGATGCTAAT
EST: gi|208268375|gb|GE067690.1|GE067690
EST:     TCTTCCTTGATTGAATAT                         GCCCACATTGAACAGTGGATTGATTTTTCATCATTGGAGATTGATGCTAAT
genomic: TCTTCCTTGATTGAATATgtgagtctat ... aatgtttcagGCCCACATTGAACAGTGGATTGATTTTTCATCATTGGAGATTGATGCTAAT
EST: gi|192301560|gb|FG994772.1|FG994772
EST:     CCCGGCTGAAAGGTGATAACACTTTGTATGGATCTTCCTTGATTGAATAT                         GCCCACATTGAACAGTGGATTGATTTTTCATCATTGGAGATTGATGCTAAT
genomic: CCCGGCTGAAAGGTGATAACACTTTGTATGGATCTTCCTTGATTGAATATgtgagtctat ... aatgtttcagGCCCACATTGAACAGTGGATTGATTTTTCATCATTGGAGATTGATGCTAAT
EST: gi|9899280|gb|BE608248.1|BE608248
EST:     CCCGGCTGAAAGGTGATAACACTTTGTATGGATCTTCCTTGATTGAATAT                         GCCCACATTGAACAGTGGATTGATTTTTCATCATTGGAGATTGATGCTAAT
genomic: CCCGGCTGAAAGGTGATAACACTTTGTATGGATCTTCCTTGATTGAATATgtgagtctat ... aatgtttcagGCCCACATTGAACAGTGGATTGATTTTTCATCATTGGAGATTGATGCTAAT


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

atcataaaaaaagaagaagcttatatatgctcattttattattttaatgtttcagGCCCACATTGAACAGTGGATTGATTTTTCATCATTGGAGATTGATGCTAATATTATCAAGTGGTATGCCCCAAGAGTTGGACGAGGACCATATCTTCCTC
                                         ttttaat  putative branch site (score: 3)
                    ttatatatgctcattt  TA-rich tract