Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtttgtgtagaagcaactttgaactctttttgtatttctgtatgtatgatttggttgtaattgctgtttgacttgagcagGTGATTGTTAGTGGAAAGTTGAGGGCTCAGAGAGCCAAATCCATGAAATTCAAGGATGGGTACATGATCTCTTCTGGACAACCAGTCAAGGATTACATTG

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA16G33230.1
intron # 4
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GLYMA16G33230.1 (Glycine max), 3'ss of exon 4
lower sequence: LOC_Os07g41750.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 4
----gtttgtgtagaagcaactttgaactctttt---tgtatttctg---tatgtatgatttggttgtaattgctgtttgacttgagcagGTGATTGTTAGTGGAAAGTTGAGGGCTCAGAGAGCCAAATCCATGAAATTCAAGGATGGGTACATGATCTCTTCTGGACAACCAGTCAAGGATTACATTG
      |  || | ||  ||   || |   ||||   || ||| |||   ||| ||||  ||| ||     || | ||||  ||   ||||| ||||| ||||| ||| | ||||||||| | || ||||||||||| |||||||| || |||||||| ||||||||  | || || ||    || ||||
gtactctcatgcaaaacgaaagctgtatggttttgcttggattcctgctctatttatgtattgattt--gctgttctttggttta--cagGTTATTGTGAGTGGGAAGCTTAGGGCTCAGCGTGCTAAATCCATGAAGTTCAAGGACGGATACATGATTTCTTCTGGTTATCCTGTTAACTTGTATATTG

upper sequence: GLYMA16G33230.1 (Glycine max), 3'ss of exon 4
lower sequence: GRMZM2G093902_T02 (Zea mays), 3'ss of exon 4
-------------gtttgtgtagaagcaactttgaactctttttgtatttctgtatg-tatgatttggttgtaatt----gctgtttgacttgagcagGTGATTGTTAGTGGAAAGTTGAGGGCTCAGAGAGCCAAATCCATGAAATTCAAGGATGGGTACATGATCTCTTCTGGACAACCAGTCAAGGATTACATTG
                    |  || | | |   || |   || |   |  |   || ||||   |   | || ||    ||  |||   ||    |||| ||||| ||||| ||| | ||||||||| | || || || ||||| |||||||||||||||||||| |||||||| || || |||||    |||||||
gtgtgagcccccttcccaattgtaaaccaatgcaaatttaattagagctcgttcgtgatatggaatctctatatttataagcccttttgttttcttagGTTATTGTAAGTGGTAAGCTCAGGGCTCAGCGTGCTAAGTCTATGAAGTTCAAGGATGGGTACATGATTTCTTCTGGTCATCCTGTCAACCTATACATTG

upper sequence: GLYMA16G33230.1 (Glycine max), 3'ss of exon 4
lower sequence: Vv11s0016g01380.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 4
gtttgtgtagaagcaacttt--gaactctttttgtatttctgtatgt-atgatttggttgta-attgctgtt--tgacttgagcagGTGATTGTTAGTGGAAAGTTGAGGGCTCAGAGAGCCAAATCCATGAAATTCAAGGATGGGTACATGATCTCTTCTGGACAACCAGTCAAGGATTACATTG
||||||  |   | | ||||   ||  |   || |||   | ||| | |  |||  ||| || | |||| ||  ||     | ||||||||||||||||| || |||||||| ||  | |||||||||||||| || ||||||||||||||||| |||||||| || ||||||||||| || ||||
gtttgtacatttgaacctttcaaaatccagcttttatcaatctatatcacaattatgttttacaatgctattgatgcgcataacagGTGATTGTTAGTGGGAAATTGAGGGCACAACGTGCCAAATCCATGAAGTTTAAGGATGGGTACATGATATCTTCTGGTCAGCCAGTCAAGGAATATATTG

upper sequence: GLYMA16G33230.1 (Glycine max), 3'ss of exon 4
lower sequence: PP1S127_74V6.1 (Physcomitrella patens), 3'ss of exon 4
-------------------------gtttgtgtag-aagcaactttgaactctttttgtatttctgtatgtatgatttggttgtaattgctgtttgacttgagcagGTGATTGTTAGTGGAAAGTTGAGGGCTCAGAGAGCCAAATCCATGAAATTCAAGGATGGGTACATGATCTCTTCTGGACAACCAGTCAAGGATTACATTG
                          | |||  || ||  ||||||  | | ||||| || ||   |    ||||| | ||||      |||| ||     | ||||| ||||| || |||||| || | ||     | || || |||||||| ||||||||||| ||||||||||| |||||    || ||||| |||||||| |
acatcttctctagtatgcggcaagtatctgtcaagcaaaaaactttacaatttttttttaattaaatgcaaatgatctcgttg------ctgtatgttggtaacagGTTATTGTGAGCGGAAAGCTGCGTGCAGCTCGTGCTAAGTCCATGAAGTTCAAGGATGGTTACATGATCTCATCTGGGAGCCCTGTCAACGATTACATCG

upper sequence: GLYMA16G33230.1 (Glycine max), 3'ss of exon 4
lower sequence: PP1S29_222V6.1 (Physcomitrella patens), 3'ss of exon 4
------------------gtttgtgtagaagcaactttgaactctttttgtatttctgtatgtatgatttggttgtaattgctgtttgacttga---gcagGTGATTGTTAGTGGAAAGTTGAGGGCTCAGAGAGCCAAATCCATGAAATTCAAGGATGGGTACATGATCTCTTCTGGACAACCAGTCAAGGATTACATTG
                   | ||    |||| | |  |    |  |    |||  | | ||||  |||     |   |         | || |     ||||| ||||| |||||||||||| | ||    || ||||| || ||||||||||||||||| ||||||||||| || |||   || ||||| ||||| ||||
aagcatttgagtgtgatcatatgccgtgaagtagccctcg-tttgtagaatatagcagaatgtgcgatgcttgtaacacaatcaaggggctgggtttacagGTCATTGTCAGTGGAAAGTTGCGTGCCGCTAGGGCCAAGTCTATGAAATTCAAGGATGGCTACATGATCTCATCCGGAAGCCCCGTCAATGATTATATTG

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|298198666|gb|HO042029.1|HO042029
EST:     GCTATGGTGTTTTAAGATTTGTGATGGAAAGTGGTGCCAAGGGTTGTGAG                         GTGATTGTTAGTGGAAAGT
genomic: GCTATGGTGTTTTAAGATTTGTGATGGAAAGTGGTGCCAAGGGTTGTGAGgtttgtgtag ... acttgagcagGTGATTGTTAGTGGAAAGT
EST: gi|7588311|gb|AW704109.1|AW704109
EST:     GCTATGGTGTTTTAAGATTTGTGATGGAAAGTGGTGCCAAGGGTTGTGAG                         GTGATTGTTAGTGGAAA
genomic: GCTATGGTGTTTTAAGATTTGTGATGGAAAGTGGTGCCAAGGGTTGTGAGgtttgtgtag ... acttgagcagGTGATTGTTAGTGGAAA
EST: gi|6724618|gb|AW309073.1|AW309073
EST:     GCTATGGTGTTTTAAGATTTGTGATGGAAAGTGGTGCCAAGGGTTGTGAG                         GTGATTGTTAGTGGAAAAGT-GAGGGCTCAGAGAGCCAAATTCATGAAATT
genomic: GCTATGGTGTTTTAAGATTTGTGATGGAAAGTGGTGCCAAGGGTTGTGAGgtttgtgtag ... acttgagcagGTGATTGTTAGTGGAAA-GTTGAGGGCTCAGAGAGCCAAATCCATGAAATT
EST: gi|192304937|gb|FG997091.1|FG997091
EST:     GCTATGGTGTTTTAAGATTTGTGATGGAAAGTGGTGCCAAGGGTTGTGAG                         GTGATTGTTAGTGGAAAGTTGAGGGCTCAGAGAGCCAAATCCATGAAATTC
genomic: GCTATGGTGTTTTAAGATTTGTGATGGAAAGTGGTGCCAAGGGTTGTGAGgtttgtgtag ... acttgagcagGTGATTGTTAGTGGAAAGTTGAGGGCTCAGAGAGCCAAATCCATGAAATTC
EST: gi|4306646|gb|AI443934.1|AI443934
EST:     GCTATGGTGTTNTAAGATTTGTGATGGAAAGTGGTGCCAAGGGTTGTGAG                         GTGATTGTTAGTGGAAAGGTGAGGGCTCAGAGAGCCAAATCCATGAAATTC
genomic: GCTATGGTGTTTTAAGATTTGTGATGGAAAGTGGTGCCAAGGGTTGTGAGgtttgtgtag ... acttgagcagGTGATTGTTAGTGGAAAGTTGAGGGCTCAGAGAGCCAAATCCATGAAATTC
EST: gi|23729062|gb|BU762613.1|BU762613
EST:     GCTATGGTGTTTTAAGATTTGTGATGGAAAGTGGTGCCAAGGGTTGTGAG                         GTGATTGTTAGTGGAAAGTTGAGGGCTCAGAGAGCCAAATCCATGAAATTC
genomic: GCTATGGTGTTTTAAGATTTGTGATGGAAAGTGGTGCCAAGGGTTGTGAGgtttgtgtag ... acttgagcagGTGATTGTTAGTGGAAAGTTGAGGGCTCAGAGAGCCAAATCCATGAAATTC
EST: gi|7028301|gb|AW458084.1|AW458084
EST:     GATGGAAAGTGGTGCCAAGGGTTGTGAG                         GTGATTGTTAGTGGAAAGTTGAGGGCTCAGAGAGCCAAATCCATGAAATTC
genomic: GATGGAAAGTGGTGCCAAGGGTTGTGAGgtttgtgtag ... acttgagcagGTGATTGTTAGTGGAAAGTTGAGGGCTCAGAGAGCCAAATCCATGAAATTC
EST: gi|298199176|gb|HO042539.1|HO042539
EST:     GCTATGGTGTTTTAAGATTTGTGATGGAAAGTGGTGTCAAGGGTCGTGAG                         GTGATTGTTAGTGGAAAGTTGAGGGCTCAGAGAGCCAAATCCA
genomic: GCTATGGTGTTTTAAGATTTGTGATGGAAAGTGGTGCCAAGGGTTGTGAGgtttgtgtag ... acttgagcagGTGATTGTTAGTGGAAAGTTGAGGGCTCAGAGAGCCAAATCCA
EST: gi|151396319|gb|EV266196.1|EV266196
EST:     GCTATGGTGTTTTAAGATTTGTGATGGAAAGTGGTGCCAAGGGTTGTGAG                         GTGATTGTTAGTGGAAAGTTGAGGGGCTCAGAGAGCCAAATCCATGAAATT
genomic: GCTATGGTGTTTTAAGATTTGTGATGGAAAGTGGTGCCAAGGGTTGTGAGgtttgtgtag ... acttgagcagGTGATTGTTAGTGGAAAGTTGAGGG-CTCAGAGAGCCAAATCCATGAAATT
EST: gi|15200735|gb|BI424503.1|BI424503
EST:     GCTATGGTGTTTTAAGATTTGTGATGGAAAGTGGTGCCAAGGGTTGTGAG                         GTGATTGTTAGTGGAAAGTTGACGGCTCAGAGAGCCAAATCCATGAAATTT
genomic: GCTATGGTGTTTTAAGATTTGTGATGGAAAGTGGTGCCAAGGGTTGTGAGgtttgtgtag ... acttgagcagGTGATTGTTAGTGGAAAGTTGAGGGCTCAGAGAGCCAAATCCATGAAATT-
EST: gi|298165905|gb|HO008876.1|HO008876
EST:     GCTATGGTGTTTTAAGATTTGTGATGGAAAGTGGTGCCAAGGGTTGTGAG                         GTGATTGTTAGTGGAAAGTTGAGGGCTCAGAGAGCCAAATCCATGAAATTC
genomic: GCTATGGTGTTTTAAGATTTGTGATGGAAAGTGGTGCCAAGGGTTGTGAGgtttgtgtag ... acttgagcagGTGATTGTTAGTGGAAAGTTGAGGGCTCAGAGAGCCAAATCCATGAAATTC
EST: gi|192303929|gb|FG995243.1|FG995243
EST:     GCTATGGTGTTTTAAGATTTGTGATGGAAAGTGGTGCCAAGGGTTGTGAG                         GTGATTGTTAGTGGAAAGTTGAGGGCTCAGAGAGCCAAATCCATGAAATTC
genomic: GCTATGGTGTTTTAAGATTTGTGATGGAAAGTGGTGCCAAGGGTTGTGAGgtttgtgtag ... acttgagcagGTGATTGTTAGTGGAAAGTTGAGGGCTCAGAGAGCCAAATCCATGAAATTC
EST: gi|37994367|gb|CF806113.1|CF806113
EST:     GCTATGGTGTTTTAAGATTTGTGATGGAAAGTGGTGCCAAGGGTTGTGAG                         GTGATTGTTAGTGGAAAGTTGAGGGCTCAGAGAGCCAAATCCATGAAATTC
genomic: GCTATGGTGTTTTAAGATTTGTGATGGAAAGTGGTGCCAAGGGTTGTGAGgtttgtgtag ... acttgagcagGTGATTGTTAGTGGAAAGTTGAGGGCTCAGAGAGCCAAATCCATGAAATTC
EST: gi|7639366|gb|AW733690.1|AW733690
EST:     GTGGTGCCAAGGGTTGTGAG                         GTGATTGTTAGTGGAAAGTTGAGGGCTCAGAGAGCCAAATCCATGAAATTC
genomic: GTGGTGCCAAGGGTTGTGAGgtttgtgtag ... acttgagcagGTGATTGTTAGTGGAAAGTTGAGGGCTCAGAGAGCCAAATCCATGAAATTC
EST: gi|4296474|gb|AI442480.1|AI442480
EST:     GCTATGGTGTTTTAAGATTTGTGATGGAAAGTGGTGCCAAGGGTTGTGAG                         GTGATTGTTAGTGGAAAGTTGAGGGCTCAGAGAGCCAAATCCATGAAATTC
genomic: GCTATGGTGTTTTAAGATTTGTGATGGAAAGTGGTGCCAAGGGTTGTGAGgtttgtgtag ... acttgagcagGTGATTGTTAGTGGAAAGTTGAGGGCTCAGAGAGCCAAATCCATGAAATTC
EST: gi|298197972|gb|HO039511.1|HO039511
EST:     GCTACGGTGTTTTAAGATTTGTGATGGAAAGTGGTGCCAAGGGTTGTGAG                         GTGATTGTTAGTGGAAAGTTGAGGGCTCAGAGAGCCAAATCCATG
genomic: GCTATGGTGTTTTAAGATTTGTGATGGAAAGTGGTGCCAAGGGTTGTGAGgtttgtgtag ... acttgagcagGTGATTGTTAGTGGAAAGTTGAGGGCTCAGAGAGCCAAATCCATG
EST: gi|193518116|gb|FK476989.1|FK476989
EST:     GGTGCCAAGGGTCGTGAG                         GTGATTGTTAGTGGAAAGTTGAGGGCTCAGAGAGCCAAATCCATGAAATTC
genomic: GGTGCCAAGGGTTGTGAGgtttgtgtag ... acttgagcagGTGATTGTTAGTGGAAAGTTGAGGGCTCAGAGAGCCAAATCCATGAAATTC
EST: gi|193708091|gb|FK641991.1|FK641991
EST:     GCTATGGTGTTTTAAGATTTGTGATGGAAAGTGGTGCCAAGGGTTGTGAG                         GTGATTGTTAGTGGAAAGTTGAGGG
genomic: GCTATGGTGTTTTAAGATTTGTGATGGAAAGTGGTGCCAAGGGTTGTGAGgtttgtgtag ... acttgagcagGTGATTGTTAGTGGAAAGTTGAGGG
EST: gi|17021161|gb|BM092195.1|BM092195
EST:     GCTATGGTGTTTTAAGATTTGTGATGGAAAGTGGTGCCAAGGGTTGTGAG                         GTGATTGTTAGTGGAAAGTTGAGGGCTCAGAGAGCCAAATCCATGAAAATT
genomic: GCTATGGTGTTTTAAGATTTGTGATGGAAAGTGGTGCCAAGGGTTGTGAGgtttgtgtag ... acttgagcagGTGATTGTTAGTGGAAAGTTGAGGGCTCAGAGAGCCAAATCCATGAAA-TT
EST: gi|9259255|gb|BE347463.1|BE347463
EST:     GCTATGGTGTTTTAAGATTTGTGATGGAAAGTGGTGCCAAGGGTTGTGAG                         GTGATTGTTAGTGGAAA
genomic: GCTATGGTGTTTTAAGATTTGTGATGGAAAGTGGTGCCAAGGGTTGTGAGgtttgtgtag ... acttgagcagGTGATTGTTAGTGGAAA
EST: gi|192303930|gb|FG995244.1|FG995244
EST:     GCTATGGTGTTTTAAGATTTGTGATGGAAAGTGGTGCCAAGGGTTGTGAG                         GTGATTGTTAGTGGAAAGTTGAGGGCTCAGAGAGCCAAATCCATGAAATTC
genomic: GCTATGGTGTTTTAAGATTTGTGATGGAAAGTGGTGCCAAGGGTTGTGAGgtttgtgtag ... acttgagcagGTGATTGTTAGTGGAAAGTTGAGGGCTCAGAGAGCCAAATCCATGAAATTC
EST: gi|298167459|gb|HO012722.1|HO012722
EST:     GCTATGGTGTTTTAAGATTTGTGATGGAAAGTGGTGCCAAGGGTTGTGAG                         GTGATTGTTAGTGGAAAGTTGAGGGCTC
genomic: GCTATGGTGTTTTAAGATTTGTGATGGAAAGTGGTGCCAAGGGTTGTGAGgtttgtgtag ... acttgagcagGTGATTGTTAGTGGAAAGTTGAGGGCTC
EST: gi|193449304|gb|FK412041.1|FK412041
EST:     GCTATGGTGTTTTAAGATTTGTGATGGAAAGTGGTGCCAAGGGTTGTGAG                         GTGATTGTTAGTGGAAAGTTGAGGGCTCAGAGAGCCAAATCCATGAAATTC
genomic: GCTATGGTGTTTTAAGATTTGTGATGGAAAGTGGTGCCAAGGGTTGTGAGgtttgtgtag ... acttgagcagGTGATTGTTAGTGGAAAGTTGAGGGCTCAGAGAGCCAAATCCATGAAATTC
EST: gi|192295866|gb|FG992647.1|FG992647
EST:     GCTATGGTGTTTTAAGATTTGTGATGGAAAGTGGTGCCAAAGGTTGTGAG                         GTGATTGTTAGTGGAAAGTTGAGGGCTCAGAGAGCCAAATCCATGAAATTC
genomic: GCTATGGTGTTTTAAGATTTGTGATGGAAAGTGGTGCCAAGGGTTGTGAGgtttgtgtag ... acttgagcagGTGATTGTTAGTGGAAAGTTGAGGGCTCAGAGAGCCAAATCCATGAAATTC
EST: gi|298194508|gb|HO042980.1|HO042980
EST:     GCTATGGTGTTTTAAGATTTGTGATGGAAAGTGGTGCCAAGGGTTGTGAG                         GTGATTGTTAGTGGAAAGT
genomic: GCTATGGTGTTTTAAGATTTGTGATGGAAAGTGGTGCCAAGGGTTGTGAGgtttgtgtag ... acttgagcagGTGATTGTTAGTGGAAAGT
EST: gi|192305016|gb|FG996134.1|FG996134
EST:     GCTATGGTGTTTTAAGATTTGTGATGGAAAGTGGTGCCAAGGGTTGTGAG                         GTGATTGTTAGTGGAAAGTTGAGGGCTCAGAGAGCCAAATCCATGAAATTC
genomic: GCTATGGTGTTTTAAGATTTGTGATGGAAAGTGGTGCCAAGGGTTGTGAGgtttgtgtag ... acttgagcagGTGATTGTTAGTGGAAAGTTGAGGGCTCAGAGAGCCAAATCCATGAAATTC
EST: gi|208267163|gb|GE064686.1|GE064686
EST:     GCTATGGTGTTTTAAGATTTGTGATGGAAAGTGGTGCCAAGGGTTGTGAG                         GTGATTGTTAGTGGAAAGTTGAGGG
genomic: GCTATGGTGTTTTAAGATTTGTGATGGAAAGTGGTGCCAAGGGTTGTGAGgtttgtgtag ... acttgagcagGTGATTGTTAGTGGAAAGTTGAGGG
EST: gi|7030190|gb|AW459973.1|AW459973
EST:     GCTATGGTGTTTTAAGATTTGTGATGGAAAGTGGTGCCAAGGGTTGTGAG                         GTGATTGTTAGTGGAAAGTTGAGGGCTCAGAGAGCCCAATCCATGAAATTC
genomic: GCTATGGTGTTTTAAGATTTGTGATGGAAAGTGGTGCCAAGGGTTGTGAGgtttgtgtag ... acttgagcagGTGATTGTTAGTGGAAAGTTGAGGGCTCAGAGAGCCAAATCCATGAAATTC
EST: gi|58025435|gb|CX712176.1|CX712176
EST:     GCTATGGTGTTTTAAGATTTGTGATGGAAAGTGGTGCCAAGGGTTGTGAG                         GTGATTGTTAGTGGAAAGTTGAGGGCTCAGAGAGCCAAATCCATGAAATTC
genomic: GCTATGGTGTTTTAAGATTTGTGATGGAAAGTGGTGCCAAGGGTTGTGAGgtttgtgtag ... acttgagcagGTGATTGTTAGTGGAAAGTTGAGGGCTCAGAGAGCCAAATCCATGAAATTC
EST: gi|192326432|gb|FK017704.1|FK017704
EST:     GCTATGGTGTTTTAAGATTTGTGATGGAAAGTGGTGCCGAGGGTTGTGAG                         GTGATTGTTAGTGGAAAGTTGAGGGCTCAGAGAGCCAAATCCATGAAATTC
genomic: GCTATGGTGTTTTAAGATTTGTGATGGAAAGTGGTGCCAAGGGTTGTGAGgtttgtgtag ... acttgagcagGTGATTGTTAGTGGAAAGTTGAGGGCTCAGAGAGCCAAATCCATGAAATTC
EST: gi|208302423|gb|GE097038.1|GE097038
EST:     GCTATGGTGTTTTAAGATTTGTGATGGAAAGTGGTGCCAAGGGTTGTGAG                         GTGATTGTTAGTGGAAAGTTGAGGGCTCAGAGAG
genomic: GCTATGGTGTTTTAAGATTTGTGATGGAAAGTGGTGCCAAGGGTTGTGAGgtttgtgtag ... acttgagcagGTGATTGTTAGTGGAAAGTTGAGGGCTCAGAGAG
EST: gi|298174790|gb|HO017899.1|HO017899
EST:     GCTATGGTGTTTTAAGATTTGTGATGGAAAGTGGTGCCAAGGGTTGTGAG                         GTGATTGTTAGTGGAAAGTTGAGGGCTCAGAGAGCCAAATCCA
genomic: GCTATGGTGTTTTAAGATTTGTGATGGAAAGTGGTGCCAAGGGTTGTGAGgtttgtgtag ... acttgagcagGTGATTGTTAGTGGAAAGTTGAGGGCTCAGAGAGCCAAATCCA
EST: gi|58015115|gb|CX701857.1|CX701857
EST:     GCTATGGTGTTTTAAGATTTGTGATGGAAAGTGGTGCCAAGGGTTGTGAG                         GTGATTGTTAGTGGAAAGTTGAGGGCTCAGAGAGCCAAATCCATGAAATTC
genomic: GCTATGGTGTTTTAAGATTTGTGATGGAAAGTGGTGCCAAGGGTTGTGAGgtttgtgtag ... acttgagcagGTGATTGTTAGTGGAAAGTTGAGGGCTCAGAGAGCCAAATCCATGAAATTC
EST: gi|58022174|gb|CX708915.1|CX708915
EST:     GCTATGGTGTTTTAAGATTTGTGATGGAAAGTGGTGCCAAGGGTTGTGAG                         GTGATTGTTAGTGGAAAGTTGAGGGCTCAGAGAGCCAAATCCATGAAATTC
genomic: GCTATGGTGTTTTAAGATTTGTGATGGAAAGTGGTGCCAAGGGTTGTGAGgtttgtgtag ... acttgagcagGTGATTGTTAGTGGAAAGTTGAGGGCTCAGAGAGCCAAATCCATGAAATTC
EST: gi|13788927|gb|BG651518.1|BG651518
EST:     GCTATGGTGTTTTAAGATTTGTGATGGAAAGTGGTGCCAAGGGTTGTGAG                         GTGATTGTTAGTGGAAAGTTGAGGGCTCAGAGAGCCAAATCCATGAAATTC
genomic: GCTATGGTGTTTTAAGATTTGTGATGGAAAGTGGTGCCAAGGGTTGTGAGgtttgtgtag ... acttgagcagGTGATTGTTAGTGGAAAGTTGAGGGCTCAGAGAGCCAAATCCATGAAATTC
EST: gi|298197705|gb|HO045184.1|HO045184
EST:     GCTATGGTGTTTTAAGATTTGTGATGGAAAGTGGTGCCAAGGGTTGTGAG                         GTGATTGTTAGTGGAAAGTTGAGGGCTCAGAGAGCCAAATCCA
genomic: GCTATGGTGTTTTAAGATTTGTGATGGAAAGTGGTGCCAAGGGTTGTGAGgtttgtgtag ... acttgagcagGTGATTGTTAGTGGAAAGTTGAGGGCTCAGAGAGCCAAATCCA
EST: gi|192295865|gb|FG992646.1|FG992646
EST:     GCTATGGTGTTTTAAGATTTGTGATGGAAAGTGGTGCCAAAGGTTGTGAG                         GTGATTGTTAGTGGAAAGTTGAGGGCTCAGAGAGCCAAATCCATGAAATTC
genomic: GCTATGGTGTTTTAAGATTTGTGATGGAAAGTGGTGCCAAGGGTTGTGAGgtttgtgtag ... acttgagcagGTGATTGTTAGTGGAAAGTTGAGGGCTCAGAGAGCCAAATCCATGAAATTC
EST: gi|58022463|gb|CX709204.1|CX709204
EST:     GCTATGGTGTTTTAAGATTTGTGATGGAAAGTGGTGCCAAGGGTTGTGAG                         GTGATTGTTAGTGGAAAGTTGAGGGCTCAGAGAGCCAAATCCATGAAATTC
genomic: GCTATGGTGTTTTAAGATTTGTGATGGAAAGTGGTGCCAAGGGTTGTGAGgtttgtgtag ... acttgagcagGTGATTGTTAGTGGAAAGTTGAGGGCTCAGAGAGCCAAATCCATGAAATTC
EST: gi|298196144|gb|HO044535.1|HO044535
EST:     GCTATGGTGTTTTAAGATTTGTGATGGAAAGTGGTGCCAAGGGTTGTGAG                         GTGATTGTTAGTGGAAAGTTGAGGGCTCAGAGAGCCAAATCCA
genomic: GCTATGGTGTTTTAAGATTTGTGATGGAAAGTGGTGCCAAGGGTTGTGAGgtttgtgtag ... acttgagcagGTGATTGTTAGTGGAAAGTTGAGGGCTCAGAGAGCCAAATCCA
EST: gi|7146435|gb|AW508357.1|AW508357
EST:     GCTATGGTGTTTTAAGATTTGTGATGGAAAGTGGTGCCAAGGGTTGTGAG                         GTGATTGTTAGTGGAAAGT
genomic: GCTATGGTGTTTTAAGATTTGTGATGGAAAGTGGTGCCAAGGGTTGTGAGgtttgtgtag ... acttgagcagGTGATTGTTAGTGGAAAGT


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

ctttttgtatttctgtatgtatgatttggttgtaattgctgtttgacttgagcagGTGATTGTTAGTGGAAAGTTGAGGGCTCAGAGAGCCAAATCCATGAAATTCAAGGATGGGTACATGATCTCTTCTGGACAACCAGTCAAGGATTACATTG
                                        gtttgac  putative branch site (score: 4)
                   tatgattt  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
gtttgtgtagaagcaactttgaactctttttgtatttctgtatgtatgatttggttgtaattgctgtttgacttgagcagGTGATTGTTAGTGGAAAGTTGAGGGCTCAGAGAGCCAAATCCATGAAATTCAAGGATGGGTACATGATCTCTTCTGGACAACCAGTCAAGGATTACATTG

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGGATG