1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' |
...atgatttaagaaaaatacatgtcatatgagttgttttatttttcatgccttaatttttcatgtaacggttgatagtgatggtttatcatacataatacagGGAAGTTGATGTGGTTGGAGTTTTTCGCTATATGAACACATGGCCTCTTTGCCTTGAGTTTCTAAGGAGTGGCAAAATTGATGTGAAACCCCTTATAACG
species | Glycine max |
transcript | GLYMA16G32360.3 |
intron # | 4 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: GGAATGGGACATTCTGAAATGACTGTCCCACTCACCCCAGCTGCAGCAAG GGAAGTTGATGTGGTTGGAGTTTTTCGCTATATGAACACATGGCCTCTTTGEST: gi|214005499|gb|DB989189.1|DB989189
genomic: GGAATGGGACATTCTGAAATGACTGTCCCACTCACCCCAGCTGCAGCAAGgttgatttta ... cataatacagGGAAGTTGATGTGGTTGGAGTTTTTCGCTATATGAACACATGGCCTCTTTG
EST: CACTCACCCCAGCTGCAGCAAG GGAAGTTGATGTGGTTGGAGTTTTTCGCTATATGAACACATGGCCTCTTTGEST: gi|209711560|gb|BW676805.1|BW676805
genomic: CACTCACCCCAGCTGCAGCAAGgttgatttta ... cataatacagGGAAGTTGATGTGGTTGGAGTTTTTCGCTATATGAACACATGGCCTCTTTG
EST: GGAATGGGACATTCTGAAATGACTGTCCCACTCACCCCAGCTGCAGCAAG GGAAGTTGATGTGGTTGGAGTTTTTCGCTATATGAACACATGGCCTCTTTGEST: gi|17963850|gb|BM270594.1|BM270594
genomic: GGAATGGGACATTCTGAAATGACTGTCCCACTCACCCCAGCTGCAGCAAGgttgatttta ... cataatacagGGAAGTTGATGTGGTTGGAGTTTTTCGCTATATGAACACATGGCCTCTTTG
EST: GGAATGGGACATTCTGAAATGACTGTCCCACTCACCCCAGCTGCAGCAAG GGAAGTTGATGTGGTTGGAGTTTTTCGCTATATGAACACATGGCCTCTTTGEST: gi|209697633|gb|BW663888.1|BW663888
genomic: GGAATGGGACATTCTGAAATGACTGTCCCACTCACCCCAGCTGCAGCAAGgttgatttta ... cataatacagGGAAGTTGATGTGGTTGGAGTTTTTCGCTATATGAACACATGGCCTCTTTG
EST: GGAATGGGACATTCTGAAATGACTGTCCCACTCACCCCAGCTGCAGCAAG GGAAGTTGATGTGGTTGGAGTTTTTCGCTATATGAACACATGGCCTCTTTGEST: gi|213590033|gb|DB982843.1|DB982843
genomic: GGAATGGGACATTCTGAAATGACTGTCCCACTCACCCCAGCTGCAGCAAGgttgatttta ... cataatacagGGAAGTTGATGTGGTTGGAGTTTTTCGCTATATGAACACATGGCCTCTTTG
EST: GAATGGGACATAGTGAAATGACAT-TGACACTCACCCCAGCTGCAGCAAG GGAAGTTGATGTGGTTGGAGTTTTTCGCTATATGAACACATGGCCTCTTTGEST: gi|193449575|gb|FK415154.1|FK415154
genomic: GAATGGGACATTCTGAAATGAC-TGTCCCACTCACCCCAGCTGCAGCAAGgttgatttta ... cataatacagGGAAGTTGATGTGGTTGGAGTTTTTCGCTATATGAACACATGGCCTCTTTG
EST: CTGTCCCACTCACCCCAGCTGCAGCAAG GGAAGTTGATGTGGTTGGAGTTTTTCGCTATATGAACACATGGCCTCTTTGEST: gi|151406838|gb|EV276653.1|EV276653
genomic: CTGTCCCACTCACCCCAGCTGCAGCAAGgttgatttta ... cataatacagGGAAGTTGATGTGGTTGGAGTTTTTCGCTATATGAACACATGGCCTCTTTG
EST: GGAATGGGACATTCTGAAATGACTGTCCCACTCACCCCAGCTGCAGCAAG GGAAGTTGATGTGGTTGGAGTTTTTCGCTATATGAACACATGGCCTCTTTGEST: gi|209706355|gb|BW676315.1|BW676315
genomic: GGAATGGGACATTCTGAAATGACTGTCCCACTCACCCCAGCTGCAGCAAGgttgatttta ... cataatacagGGAAGTTGATGTGGTTGGAGTTTTTCGCTATATGAACACATGGCCTCTTTG
EST: GGAATGGGACATTCTGAAATGACTGTCCCACTCACCCCAGCTGCAGCAAG GGAAGTTGATGTGGTTGGAGTTTTTCGCTATATGAACACATGGCCTCTTTGEST: gi|254336144|gb|GR841469.1|GR841469
genomic: GGAATGGGACATTCTGAAATGACTGTCCCACTCACCCCAGCTGCAGCAAGgttgatttta ... cataatacagGGAAGTTGATGTGGTTGGAGTTTTTCGCTATATGAACACATGGCCTCTTTG
EST: GGAATGGGACATTCTGAAATGACTGTCCCACTCACCCCAGCTGCAGCAAG GGAAGTTGATGTGGTTGGAGTTTTTCGCTATATGAACACATGGCCTCTTTG
genomic: GGAATGGGACATTCTGAAATGACTGTCCCACTCACCCCAGCTGCAGCAAGgttgatttta ... cataatacagGGAAGTTGATGTGGTTGGAGTTTTTCGCTATATGAACACATGGCCTCTTTG
tgccttaatttttcatgtaacggttgatagtgatggtttatcatacataatacagGGAAGTTGATGTGGTTGGAGTTTTTCGCTATATGAACACATGGCCTCTTTGCCTTGAGTTTCTAAGGAGTGGCAAAATTGATGTGAAACCCCTTATAACG
tttatcatacataata TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| atgatttaagaaaaatacatgtcatatgagttgttttatttttcatgccttaatttttcatgtaacggttgatagtgatggtttatcatacataatacagGGAAGTTGATGTGGTTGGAGTTTTTCGCTATATGAACACATGGCCTCTTTGCCTTGAGTTTCTAAGGAGTGGCAAAATTGATGTGAAACCCCTTATAACG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGGAG