1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' |
...aggaaatggagagctggttatttgttgcttaatctactccatatcaagtgatgctaattctatcatttgctttcctttccttttatttgttgaatgacagGTTATCTATTGCTCTAGTGATGTTATTCCGGGGTGAGAATGGATATGATCACTGCCATTGGTGTCACTATCTAACATGTGTTCCAACTTCTAAATGGAAA
species | Glycine max |
transcript | GLYMA16G32150.1 |
intron # | 4 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: GCTTACCAATATGTTCTATGGATTGTCTCTGCCATTTTACTAATTGTTGG GTTATCTATTGCTCTAGTGATGTTATTCCGGGGTGAGAATGGATATGATCAEST: gi|21676142|gb|BQ628493.1|BQ628493
genomic: GCTTACCAATATGTTCTATGGATTGTCTCGGCCATTTTACTAATTGTTGGgtgagttact ... tgaatgacagGTTATCTATTGCTCTAGTGATGTTATTCCGGGGTGAGAATGGATATGATCA
EST: GCTTACCAATATGTTCTATGGATTGTCTCGGCCATTTTACTAATTGTTGG GTTATCTATTGCTCTAGTGATGTTATTCCGGGGTGAGAATGGATATGATCAEST: gi|193537689|gb|FK497622.1|FK497622
genomic: GCTTACCAATATGTTCTATGGATTGTCTCGGCCATTTTACTAATTGTTGGgtgagttact ... tgaatgacagGTTATCTATTGCTCTAGTGATGTTATTCCGGGGTGAGAATGGATATGATCA
EST: CAATATGTTCTATGGATTGTCTCTGCCATTTTACTAATTGTTGG GTTATCTATTGCTCTAGTGATGTTATTCCGGGGTGGAGAATGGATATGATC
genomic: CAATATGTTCTATGGATTGTCTCGGCCATTTTACTAATTGTTGGgtgagttact ... tgaatgacagGTTATCTATTGCTCTAGTGATGTTATTCCGGGGTG-AGAATGGATATGATC
aagtgatgctaattctatcatttgctttcctttccttttatttgttgaatgacagGTTATCTATTGCTCTAGTGATGTTATTCCGGGGTGAGAATGGATATGATCACTGCCATTGGTGTCACTATCTAACATGTGTTCCAACTTCTAAATGGAAA
tgctaat putative branch site (score: 2)
ttctatcatttgcttt CT-rich tract
ttttatttgttgaat TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| aggaaatggagagctggttatttgttgcttaatctactccatatcaagtgatgctaattctatcatttgctttcctttccttttatttgttgaatgacagGTTATCTATTGCTCTAGTGATGTTATTCCGGGGTGAGAATGGATATGATCACTGCCATTGGTGTCACTATCTAACATGTGTTCCAACTTCTAAATGGAAA
- - - tggagag
- - - - - - - - - - - tgttgct
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - -catatca
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - tgatgct