1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' |
...acaagagctcaaatgcctcatatggggccaatgggttcagcatcagataggagtttaggtgactactggagaaaaagcctggaagatactcttcctcgagAAAGATTACAAGAGCCTTCAGATAATGTCACTGAGAACCTCAAAAGTGAAGTTGCTTCTCTTAAGAGGAAAGTGGAAGAATCAGAACATGAGTTACAATC
species | Glycine max |
transcript | GLYMA16G31310.1 |
intron # | 4 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
gataggagtttaggtgactactggagaaaaagcctggaagatactcttcctcgagAAAGATTACAAGAGCCTTCAGATAATGTCACTGAGAACCTCAAAAGTGAAGTTGCTTCTCTTAAGAGGAAAGTGGAAGAATCAGAACATGAGTTACAATC
tactcttcctc CT-rich tract
agaaaaa TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| acaagagctcaaatgcctcatatggggccaatgggttcagcatcagataggagtttaggtgactactggagaaaaagcctggaagatactcttcctcgagAAAGATTACAAGAGCCTTCAGATAATGTCACTGAGAACCTCAAAAGTGAAGTTGCTTCTCTTAAGAGGAAAGTGGAAGAATCAGAACATGAGTTACAATC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGAGG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGAGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGTGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAAGA
- - - - - - -tgcctca
- - - - - - - - - - tatgggg
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -actactg
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -agaaaaa
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - gcctgga