Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...gttattttgattccatgagctgtaacattgattgatattatatttctgtcttctattgttggagacttgaatttttaataatactacatactaagtgcagGTTCTTGCCTTGGTGGGTGACCAATTGGATTATGGGGATAACATATGTGGTGCAGTACTTAGCATTCGATTCAATGAGGATATATTGAGTGTCTGGAATC

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA16G27010.3
intron # 4
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GLYMA16G27010.3 (Glycine max), 3'ss of exon 4
lower sequence: Vv08s0007g07290.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 4
--gttattttgattccatgagctgtaacattgattgatattatatttctgt--cttctattgttggagacttgaatttttaataatactacatactaagtgcagGTTCTTGCCTTGGTGGGTGACCAATTGGATTATGGGGATAACATATGTGGTGCAGTACTTAGCATTCGATTCAATGAGGATATATTGAGTGTCTGGAATC
   ||||    |||  |  |  |  || ||  ||||  |||   ||       || ||  |  |  | | | ||| | || |   |    |  |   | |||||||||||||||| |||||||||||| | |||||||| ||||||||||||||||| ||||| |||||||| |||||||| |||||||||||||| |||||||
catttatagacattttaacacttacaagat--attgccatttagttgtaaatactgcttctcctttatattggaagtattgaagctgtctccgat--aatgcagGTTCTTGCCTTAGTGGGTGACCAACTTGATTATGGTGATAACATATGTGGTGCTGTACTAAGCATTCGTTTCAATGAAGATATATTGAGTGTGTGGAATC
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|151402667|gb|EV272480.1|EV272480
EST:     GGATTATACGATTCAAAAAGGTTGTCTCAGGTCGTTTTTGGGAGGACCTG                         GTTCTTGCCTTGGTGGGTGACCAATTGGATTATGGGGATAACATATGTGGT
genomic: GGATTATACGATTCAAAAAGGTTGTCTCAGGTCGTTTTTGGGAGGACCTGgtaagtgcaa ... ctaagtgcagGTTCTTGCCTTGGTGGGTGACCAATTGGATTATGGGGATAACATATGTGGT
EST: gi|193552841|gb|FK505706.1|FK505706
EST:     GGATTATACGATTCAAAAAGGTTGTCTCAGGTCGTTTTTGGGAGGACCTG                         GTTCTTGCCTTGGTGGGTGACCAATTGGATTATGGGGATAACATATGTGGT
genomic: GGATTATACGATTCAAAAAGGTTGTCTCAGGTCGTTTTTGGGAGGACCTGgtaagtgcaa ... ctaagtgcagGTTCTTGCCTTGGTGGGTGACCAATTGGATTATGGGGATAACATATGTGGT
EST: gi|58017961|gb|CX704703.1|CX704703
EST:     GGATTATACGATTCAAAAAGGTTGTCTCAGGTCGTTTTTGGGAGGACCTG                         GTTCTTGCCTTGGTGGGTGACCAATTGGATTATGGGGATAACATATGTGGT
genomic: GGATTATACGATTCAAAAAGGTTGTCTCAGGTCGTTTTTGGGAGGACCTGgtaagtgcaa ... ctaagtgcagGTTCTTGCCTTGGTGGGTGACCAATTGGATTATGGGGATAACATATGTGGT
EST: gi|193642243|gb|FK587203.1|FK587203
EST:     GGATTATACGATTCAAAAAGGTTGTCTCAGGTCGTTTTTGGGAGGACCTG                         GTTCTTGCCTTGGTGGGTGACCAATTGGATTATGGGGATAACATATGTGGT
genomic: GGATTATACGATTCAAAAAGGTTGTCTCAGGTCGTTTTTGGGAGGACCTGgtaagtgcaa ... ctaagtgcagGTTCTTGCCTTGGTGGGTGACCAATTGGATTATGGGGATAACATATGTGGT
EST: gi|58020447|gb|CX707189.1|CX707189
EST:     GGATTATACGATTCAAAAAGGTTGTCTCAGGTCGTTTTTGGGAGGACCTG                         GTTCTTGCCTTGGTGGGTGACCAATTGGATTATGGGGATAACATATGTGGT
genomic: GGATTATACGATTCAAAAAGGTTGTCTCAGGTCGTTTTTGGGAGGACCTGgtaagtgcaa ... ctaagtgcagGTTCTTGCCTTGGTGGGTGACCAATTGGATTATGGGGATAACATATGTGGT
EST: gi|298187572|gb|HO034721.1|HO034721
EST:     GGATTATACGATTCAAAAAGGTTGTCTCAGGTCGTTTTTGGGAGGACCTG                         GTTCTTGCCTTGGTGGGTGACCAATTGGATTATGGGGATAACATATGTGGT
genomic: GGATTATACGATTCAAAAAGGTTGTCTCAGGTCGTTTTTGGGAGGACCTGgtaagtgcaa ... ctaagtgcagGTTCTTGCCTTGGTGGGTGACCAATTGGATTATGGGGATAACATATGTGGT
EST: gi|37994217|gb|CF805963.1|CF805963
EST:     GGATTATACGATTCAAAAAGGTTGTCTCAGGTCGTTTTTGGGAGGACCTG                         GTTCTTGCCTTGGTGGGTGACCAATTGGATTATGGGGATAACATATGTGGT
genomic: GGATTATACGATTCAAAAAGGTTGTCTCAGGTCGTTTTTGGGAGGACCTGgtaagtgcaa ... ctaagtgcagGTTCTTGCCTTGGTGGGTGACCAATTGGATTATGGGGATAACATATGTGGT
EST: gi|151394261|gb|EV264132.1|EV264132
EST:     GGATTATACGATTCAAAAAGGTTGTCTCAGGTCGTTTTTGGGAGGACCTG                         GTTCTTGCCTTGGTGGGTGACCAATTGGATTATGGGGATAACATATGTGGT
genomic: GGATTATACGATTCAAAAAGGTTGTCTCAGGTCGTTTTTGGGAGGACCTGgtaagtgcaa ... ctaagtgcagGTTCTTGCCTTGGTGGGTGACCAATTGGATTATGGGGATAACATATGTGGT
EST: gi|7478427|gb|AW666261.1|AW666261
EST:     GGATTATACGATTCAAAAAGGTTGTCTCAGGTCGTTTTTGGGAGGACCTG                         GTTCTTGGCTTGGTGGGTGACCAATTGGATTATGGGGATAACATATGTGGT
genomic: GGATTATACGATTCAAAAAGGTTGTCTCAGGTCGTTTTTGGGAGGACCTGgtaagtgcaa ... ctaagtgcagGTTCTTGCCTTGGTGGGTGACCAATTGGATTATGGGGATAACATATGTGGT
EST: gi|31464192|gb|CD406220.1|CD406220
EST:     GGATTATACGATTCAAAAAGGTTGTCTCAGGTCGTTTTTGGGAGGACCTG                         GTTCTTGCCTTGGTGGGTGACCAATTGGATTATGGGGATAACATATGTGGT
genomic: GGATTATACGATTCAAAAAGGTTGTCTCAGGTCGTTTTTGGGAGGACCTGgtaagtgcaa ... ctaagtgcagGTTCTTGCCTTGGTGGGTGACCAATTGGATTATGGGGATAACATATGTGGT
EST: gi|193483634|gb|FK451533.1|FK451533
EST:     GGATTATACGATTC-AAAAGGTTGTCTCAGGTCGTTTTTGGGAGGACCTG                         GTTCTTGCCTTGGTGGGTGACCAATTGGATTATGGGGATAACATATGTGGT
genomic: GGATTATACGATTCAAAAAGGTTGTCTCAGGTCGTTTTTGGGAGGACCTGgtaagtgcaa ... ctaagtgcagGTTCTTGCCTTGGTGGGTGACCAATTGGATTATGGGGATAACATATGTGGT
EST: gi|19269428|gb|BM885684.1|BM885684
EST:     GGATTATACGATTCAAAAAGGTTGTCTCAGGTCGTTTTTGGGAGGACCTG                         GTTCTTGCCTTGGTGGGTGACCAATTGGATTATGGGGATAACATATGTGGT
genomic: GGATTATACGATTCAAAAAGGTTGTCTCAGGTCGTTTTTGGGAGGACCTGgtaagtgcaa ... ctaagtgcagGTTCTTGCCTTGGTGGGTGACCAATTGGATTATGGGGATAACATATGTGGT
EST: gi|8283787|gb|BE021346.1|BE021346
EST:     GGATTATACGATTCAAAAAGGTTGTCTCAGGTCGTTTTTGGGAGGACCTG                         GTTCTTGCCTTGGTGGGTGACCAATTGGATTATGGGGATAACATATGTGGT
genomic: GGATTATACGATTCAAAAAGGTTGTCTCAGGTCGTTTTTGGGAGGACCTGgtaagtgcaa ... ctaagtgcagGTTCTTGCCTTGGTGGGTGACCAATTGGATTATGGGGATAACATATGTGGT
EST: gi|17022976|gb|BM094010.1|BM094010
EST:     GGATTATACGATTCAAAAAGGTTGTCTCAGGTCGTTTTTGGGAGGACCTG                         GTTCTTGCCTTGGTGGGTGACCAATTGGAT
genomic: GGATTATACGATTCAAAAAGGTTGTCTCAGGTCGTTTTTGGGAGGACCTGgtaagtgcaa ... ctaagtgcagGTTCTTGCCTTGGTGGGTGACCAATTGGAT
EST: gi|19346443|gb|BM891323.1|BM891323
EST:     GGATTATACGATTCAAAAAGGTTGTCTCAGGTCGTTTTTGGGAGGACCTG                         GTTCTTGCCTTGGTGGGTGACCAATTGGATTATGGGGATAACATATGTGGT
genomic: GGATTATACGATTCAAAAAGGTTGTCTCAGGTCGTTTTTGGGAGGACCTGgtaagtgcaa ... ctaagtgcagGTTCTTGCCTTGGTGGGTGACCAATTGGATTATGGGGATAACATATGTGGT
EST: gi|37997491|gb|CF809080.1|CF809080
EST:     GGATTATACGATTCAAAAAGGTTGTCTCAGGTCGTTTTTGGGAGGACCTG                         GTTCTTGCCTTGGTGGGTGACCAATTGGATTATGGGGATAACATATGTGGT
genomic: GGATTATACGATTCAAAAAGGTTGTCTCAGGTCGTTTTTGGGAGGACCTGgtaagtgcaa ... ctaagtgcagGTTCTTGCCTTGGTGGGTGACCAATTGGATTATGGGGATAACATATGTGGT
EST: gi|192305689|gb|FG998039.1|FG998039
EST:     GGATTATACGATTCAAAAAGGTTGTCTCAGGTCGTTTTTGGGAGGACCTG                         GTTCTTGCCTTGGTGGGTGACCAATTGGATTATGGGGATAACATATGTGGT
genomic: GGATTATACGATTCAAAAAGGTTGTCTCAGGTCGTTTTTGGGAGGACCTGgtaagtgcaa ... ctaagtgcagGTTCTTGCCTTGGTGGGTGACCAATTGGATTATGGGGATAACATATGTGGT
EST: gi|58021292|gb|CX708033.1|CX708033
EST:     GGATTATACGATTCAAAAAGGTTGTCTCAGGTCGTTTTTGGGAGGACCTG                         GTTCTTGCCTTGGTGGGTGACCAATTGGATTATGGGGATAACATATGTGGT
genomic: GGATTATACGATTCAAAAAGGTTGTCTCAGGTCGTTTTTGGGAGGACCTGgtaagtgcaa ... ctaagtgcagGTTCTTGCCTTGGTGGGTGACCAATTGGATTATGGGGATAACATATGTGGT
EST: gi|298193673|gb|HO040321.1|HO040321
EST:     GGATTATGCGATTCAAAAAGGTTGTCTCAGGTCGTTTTTGGGAGGACCTG                         GTTCTTGCCTTGGTGGGTGACCAATTGGATTATGGGGATAACATATGTGGT
genomic: GGATTATACGATTCAAAAAGGTTGTCTCAGGTCGTTTTTGGGAGGACCTGgtaagtgcaa ... ctaagtgcagGTTCTTGCCTTGGTGGGTGACCAATTGGATTATGGGGATAACATATGTGGT
EST: gi|193363616|gb|FK330878.1|FK330878
EST:     GTCTCAGGTCGTTTTTGGGTAGGACCTG                         GTTCTTGCCTTGGTGGGTGACCAATTGGATTATGGGGATAACATATGTGG
genomic: GTCTCAGGTCGTTTTTGGG-AGGACCTGgtaagtgcaa ... ctaagtgcagGTTCTTGCCTTGGTGGGTGACCAATTGGATTATGGGGATAACATATGTGG
EST: gi|57575959|gb|CX548930.1|CX548930
EST:     GGATTATACGATTCAAAAAGGTTGTCTCAGGTCGTTTTTGGGAGGACCTG                         GTTCTTGCCTTGGTGGGTGACCAATTGGATTATGGGGATAACATATGTGGT
genomic: GGATTATACGATTCAAAAAGGTTGTCTCAGGTCGTTTTTGGGAGGACCTGgtaagtgcaa ... ctaagtgcagGTTCTTGCCTTGGTGGGTGACCAATTGGATTATGGGGATAACATATGTGGT
EST: gi|192299481|gb|FG990790.1|FG990790
EST:     GGATTATACGATTCAAAAAGGTTGTCTCAGGTCGTTTTTGGGAGGACCTG                         GTTCTTGCCTTGGTGGGTGACCAATTGGATTATGGGGATAACATATGTGGT
genomic: GGATTATACGATTCAAAAAGGTTGTCTCAGGTCGTTTTTGGGAGGACCTGgtaagtgcaa ... ctaagtgcagGTTCTTGCCTTGGTGGGTGACCAATTGGATTATGGGGATAACATATGTGGT
EST: gi|192295554|gb|FG988128.1|FG988128
EST:     GGATTATACGATTCAAAAAGGTTGTCTCAGGTCGTTTTTGGGAGGACCTG                         GTTCTTGCCTTGGTGGGTGACCAATTGGATTATGGGGATAACATATGTGGT
genomic: GGATTATACGATTCAAAAAGGTTGTCTCAGGTCGTTTTTGGGAGGACCTGgtaagtgcaa ... ctaagtgcagGTTCTTGCCTTGGTGGGTGACCAATTGGATTATGGGGATAACATATGTGGT
EST: gi|21677127|gb|BQ629478.1|BQ629478
EST:     GGATTATACGATTCAAAAAGGTTGTCTCAGGTCGTTTTTGGGAGGACCTG                         GTTCTTGCCTTGGTGGGTGACCAATTGGATTATGGGGATAACATATGTGGT
genomic: GGATTATACGATTCAAAAAGGTTGTCTCAGGTCGTTTTTGGGAGGACCTGgtaagtgcaa ... ctaagtgcagGTTCTTGCCTTGGTGGGTGACCAATTGGATTATGGGGATAACATATGTGGT
EST: gi|151413065|gb|EV282873.1|EV282873
EST:     GGATTATACGATTCAAAAAGGTTGTCTCAGGTCGTTTTTGGGAGGACCTG                         GTTCTTGCCTTGGTGGGTGACCAATTGGATTATGGGGATAACATATGTGGT
genomic: GGATTATACGATTCAAAAAGGTTGTCTCAGGTCGTTTTTGGGAGGACCTGgtaagtgcaa ... ctaagtgcagGTTCTTGCCTTGGTGGGTGACCAATTGGATTATGGGGATAACATATGTGGT
EST: gi|37995997|gb|CF807586.1|CF807586
EST:     GGATTATACGATTCAAAAAGGTTGTCTCAGGTCGTTTTTGGGAGGACCTG                         GTTCTTGCCTTGGTGGGTGACCAATTGGATTATGGGGATAACATATGTGGT
genomic: GGATTATACGATTCAAAAAGGTTGTCTCAGGTCGTTTTTGGGAGGACCTGgtaagtgcaa ... ctaagtgcagGTTCTTGCCTTGGTGGGTGACCAATTGGATTATGGGGATAACATATGTGGT
EST: gi|254329998|gb|GR839551.1|GR839551
EST:     GGATTATACGATTCAAAAAGGTTGTCTCAGGTCGTTTTTGGGAGGACCTG                         GTTCTTGCCTTGGTGGGTGACCAATTGGATTATGGGGATAACATATGTGGT
genomic: GGATTATACGATTCAAAAAGGTTGTCTCAGGTCGTTTTTGGGAGGACCTGgtaagtgcaa ... ctaagtgcagGTTCTTGCCTTGGTGGGTGACCAATTGGATTATGGGGATAACATATGTGGT


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

ctgtcttctattgttggagacttgaatttttaataatactacatactaagtgcagGTTCTTGCCTTGGTGGGTGACCAATTGGATTATGGGGATAACATATGTGGTGCAGTACTTAGCATTCGATTCAATGAGGATATATTGAGTGTCTGGAATC
                           ttttaat  putative branch site (score: 3)
                     ttgaatttttaataat  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
gttattttgattccatgagctgtaacattgattgatattatatttctgtcttctattgttggagacttgaatttttaataatactacatactaagtgcagGTTCTTGCCTTGGTGGGTGACCAATTGGATTATGGGGATAACATATGTGGTGCAGTACTTAGCATTCGATTCAATGAGGATATATTGAGTGTCTGGAATC

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  GAGGAT