Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtaaatgtagtaaatcatttaggataatatatgctattatactttatagaagtgaatcgtcttatttacaattttgttaatttttccagCATCCTTTGATGCCGCCATATGGGACTCCAGTCCCATATCCAGCTATATATCCTCCTGGGAGTATCTATGCTCATCCTAGCATGGCAGTG

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA16G25600.3
intron # 4
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|209707766|gb|BW683658.1|BW683658
EST:     CCACAACCGTTGCTTCCCCAACTCCCCATCCCTATTTATGGGGAGGCCAG                         CATCCTTTGATGCCGCCATATGGGACTCCAGTCCCATATCCAGCTATATAT
genomic: CCACAACCGTTGCTTCCCCAACTCCCCATCCCTATTTATGGGGAGGCCAGgtaaatgtag ... atttttccagCATCCTTTGATGCCGCCATATGGGACTCCAGTCCCATATCCAGCTATATAT
EST: gi|213615124|gb|DB962836.1|DB962836
EST:     CCACAACCGTTGCTTCCCCAACTCCCCATCCCTATTTATGGGGAGGCCAG                         CATCCTTTGATGCCGCCATATGGGACTCCAGTCCCATATCCAGCTATATAT
genomic: CCACAACCGTTGCTTCCCCAACTCCCCATCCCTATTTATGGGGAGGCCAGgtaaatgtag ... atttttccagCATCCTTTGATGCCGCCATATGGGACTCCAGTCCCATATCCAGCTATATAT
EST: gi|7924295|gb|AW830321.1|AW830321
EST:     TTCCCCAACTCCCCATCCCTATTTATGGGGAGGCCAG                         CATCCTTTGATGCCGCCATATGGGACTCCAGTCCCATATCCAGCTATATAT
genomic: TTCCCCAACTCCCCATCCCTATTTATGGGGAGGCCAGgtaaatgtag ... atttttccagCATCCTTTGATGCCGCCATATGGGACTCCAGTCCCATATCCAGCTATATAT


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

tattatactttatagaagtgaatcgtcttatttacaattttgttaatttttccagCATCCTTTGATGCCGCCATATGGGACTCCAGTCCCATATCCAGCTATATATCCTCCTGGGAGTATCTATGCTCATCCTAGCATGGCAGTG
                                        tgttaat  putative branch site (score: 3)
                                              tttttcc  CT-rich tract
                         tcttatttacaatttt  TA-rich tract