Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gttggcaacttcattccttctttacaaatttaaattaatttgttatttgttcttgtgaaaggaatagtaaatacaaggaaaatatatttcaataaaaaatgaccacatggaaaagttgaataatatttcttctgtcatgctcttaagaacttaataactgtctcttatgcagGTCCCTGGTTTAAGTTTATCGCTTGCTGATACTGGGTATGCATGTGTTTCTACCATCATATCTGTCTTCATGCATGAATTGGGTCATGCAGTTGCTGCCA

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA16G20030.1
intron # 4
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|209725312|gb|BW658223.1|BW658223
EST:     ATAAGCTTGGAAGCTTTGCTAGATCCTTGCTATTTGGCATCCCTCCTTCA                         GTCCCTGGTTTAAGTTTATCGCTTGCTGATACTGGGTATGCATGTGTTTCT
genomic: ATAAGCTTGGAAGCTTTGCTAGATCCTTGCTATTTGGCATCCCTCCTTCAgttggcaact ... tcttatgcagGTCCCTGGTTTAAGTTTATCGCTTGCTGATACTGGGTATGCATGTGTTTCT
EST: gi|192326576|gb|FK018478.1|FK018478
EST:     ATAAGCTTGGAAGCTTTGCTAGATCCTTGCTATTTGGCATCCCTCCTTCA                         GTCCCTGGTTTAAGTTTATCGCTTGCTGATACTGGGTATGCATGTGTTTCT
genomic: ATAAGCTTGGAAGCTTTGCTAGATCCTTGCTATTTGGCATCCCTCCTTCAgttggcaact ... tcttatgcagGTCCCTGGTTTAAGTTTATCGCTTGCTGATACTGGGTATGCATGTGTTTCT
EST: gi|208067956|gb|GD861466.1|GD861466
EST:     ATAAGCTTGGAAGCTTTGCTAGATCCTTGCTATTTGGCATCCCTCCTTCA                         GTCCCTGGTTTAAGTTTATCGCTTGCTGATACTGGGTATGCATGTGTTTC
genomic: ATAAGCTTGGAAGCTTTGCTAGATCCTTGCTATTTGGCATCCCTCCTTCAgttggcaact ... tcttatgcagGTCCCTGGTTTAAGTTTATCGCTTGCTGATACTGGGTATGCATGTGTTTC
EST: gi|208234179|gb|GE033222.1|GE033222
EST:     ATAAGCTTGGAAGCTTTGCTAGATCCTTGCTATTTGGCATCCCTCCTTCA                         GTCCCTGGTTTAAGTTTATCGCTTGCTGATACTGGGTATGCATGTGTTTC
genomic: ATAAGCTTGGAAGCTTTGCTAGATCCTTGCTATTTGGCATCCCTCCTTCAgttggcaact ... tcttatgcagGTCCCTGGTTTAAGTTTATCGCTTGCTGATACTGGGTATGCATGTGTTTC


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

gaataatatttcttctgtcatgctcttaagaacttaataactgtctcttatgcagGTCCCTGGTTTAAGTTTATCGCTTGCTGATACTGGGTATGCATGTGTTTCTACCATCATATCTGTCTTCATGCATGAATTGGGTCATGCAGTTGCTGCCA
                                  taataac  putative branch site (score: 1)
                                        ctgtctctt  CT-rich tract
                         ttaagaacttaataa  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
gttggcaacttcattccttctttacaaatttaaattaatttgttatttgttcttgtgaaaggaatagtaaatacaaggaaaatatatttcaataaaaaatgaccacatggaaaagttgaataatatttcttctgtcatgctcttaagaacttaataactgtctcttatgcagGTCCCTGGTTTAAGTTTATCGCTTGCTGATACTGGGTATGCATGTGTTTCTACCATCATATCTGTCTTCATGCATGAATTGGGTCATGCAGTTGCTGCCA

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGCTGC