Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...atttaaaaatctttaaagatagagtacatgaaaattaaatttattttacaatgcttactctcgggcacactttcttacaatattcactttatttatatagAGGTTGGTTTATGGAGCAAAGGCAGAGGCAGCAATTGCTATTGGATTCGATGACTTCATTTCAGATGCATTGCGAGGCACTGGATTCTACCAGAAAGCAC

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA15G20970.2
intron # 4
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GLYMA15G20970.2 (Glycine max), 3'ss of exon 4
lower sequence: LOC_Os07g14150.6 (Oryza sativa), 3'ss of exon 3
atttaaaaatctttaaagatagagtacatgaaaattaaatttattttacaatgcttactctcgggcacactttcttacaatattcactttatttatatagAGGTTGGTTTATGGAGCAAAGGCAGAGGCAGCAATTGCTATTGGATTCGATGACTTCATTTCAGATGCATTGCGAGGCACTGGATTCTACCAGAAAGCAC
         |||  |    |  | |     |    |||  | ||   | |   || ||     |      |||   ||||     | ||  |   || ||||| |||| |||||||| |||||||| || || ||||| |||||||| |||||||||||| |||||||  || |||||||||| || |||||||| ||  
--------gtctgcacccgtcaattttcctacgcataacctcatcacaaatatctgac-----gattttatttaacacaactgctaattcttcactacagAGGCTGGTGTATGGAGCCAAGGCAGAAGCTGCCATTGCCATTGGATTTGATGACTTCATTGCAGATGCTCTGAGAGGCACTGGGTTTTACCAGAAGGCCA

upper sequence: GLYMA15G20970.2 (Glycine max), 3'ss of exon 4
lower sequence: LOC_Os03g61810.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 4
atttaaaaatctttaaagatagagtacatgaaaattaaatttattttacaatgcttactctcgggcacactttcttacaatattcactttatttatatagAGGTTGGTTTATGGAGCAAAGGCAGAGGCAGCAATTGCTATTGGATTCGATGACTTCATTTCAGATGCATTGCGAGGCACTGGATTCTACCAGAAAGCAC
                 | |||           ||||   ||    |  ||   |    ||   ||  | ||    | | | |||| |      ||  ||||| |||| |||||||| |||||||| || || ||||| ||||||||||||||||||||| | ||||| ||| | || ||||  | ||||||||| ||  
-----------------gttagttccttaccttattatggttcacctggaagaatgtagcttttgcttaattaacaatatttttcaatgctgcaatgcagAGGCTGGTGTATGGAGCCAAGGCAGAAGCTGCTATTGCCATTGGATTCGATGACTTCATTGCTGATGCTTTGAGGGGAACTGCTTACTACCAGAAGGCCA

upper sequence: GLYMA15G20970.2 (Glycine max), 3'ss of exon 4
lower sequence: GRMZM2G008216_T04 (Zea mays), 3'ss of exon 2
atttaaaaat--ctttaaagatagagtacatgaaa--attaaatttattttacaatgcttactctcgggcacactttcttacaatattcactttatttata-tagAGGTTGGTTTATGGAGCAAAGGCAGAGGCAGCAATTGCTATTGGATTCGATGACTTCATTTCAGATGCATTGCGAGGCACTGGATTCTACCAGAAAGCAC----------------------------------------------------------------
 ||   |  |  || |   ||  || | | | |||  |||||   ||  |      ||||| |     |     | ||| |  ||    |||    ||  |  ||||| |||||||||| || ||||||||||| || || || |||||||| |||||||||||| |||||||  || |||||||||| ||||||||||| ||                                                                  
gttcgtactttactgttctgactgattgcctaaaatgattaagcatagct---ggagcttatt-----gagtgttgtctaaacatgcctactcctcttgcaacagaggctggtttatggggccaaggcagaggctgccatcgccattggatttgatgacttcattgcagATGCTCTGAGAGGCACTGGGTTCTACCAGAAGGCCAACTTGGAGATCAAGAAAGCTGACGGCAATGGTGCATTGATCGCTGAGCAAGTCTTTGAAAAGAC

upper sequence: GLYMA15G20970.2 (Glycine max), 3'ss of exon 4
lower sequence: GRMZM2G008216_T02 (Zea mays), 3'ss of exon 1
atttaaaaat--ctttaaagatagagtacatgaaa--attaaatttattttacaatgcttactctcgggcacactttcttacaatattcactttatttata-tagAGGTTGGTTTATGGAGCAAAGGCAGAGGCAGCAATTGCTATTGGATTCGATGACTTCATTTCAGATGCATTGCGAGGCACTGGATTCTACCAGAAAGCAC
 ||   |  |  || |   ||  || | | | |||  |||||   ||  |      ||||| |     |     | ||| |  ||    |||    ||  |  ||||| |||||||||| || ||||||||||| || || || |||||||| |||||||||||| |||||||  || |||||||||| ||||||||||| ||  
gttcgtactttactgttctgactgattgcctaaaatgattaagcatagct---ggagcttatt-----gagtgttgtctaaacatgcctactcctcttgcaacagAGGCTGGTTTATGGGGCCAAGGCAGAGGCTGCCATCGCCATTGGATTTGATGACTTCATTGCAGATGCTCTGAGAGGCACTGGGTTCTACCAGAAGGCCA

upper sequence: GLYMA15G20970.2 (Glycine max), 3'ss of exon 4
lower sequence: GRMZM2G050405_T01 (Zea mays), 3'ss of exon 3
atttaaaaatctttaaagatagagtacatgaaaat-taaatttattttacaatgcttactctcgggcacactttcttacaatattcactttatttatatagAGGTTGGTTTATGGAGCAAAGGCAGAGGCAGCAATTGCTATTGGATTCGATGACTTCATTTCAGATGCATTGCGAGGCACTGGATTCTACCAGAAAGCAC
 || | |   |  |     | |  | | | ||    ||     |  |   |||  |        | |  |||||| |||      |  | |    ||  ||||| |||||||||| || |||| |||| | || ||||| ||||||||||||||||||||| |||||||  || |||||| ||| ||||||||||| |   
gttcataccccactgtt--ttggttgcctaaactcataggcacaactagaaattatcgaatcatgtctaactttcctac------ctgtcttgcaatgcagAGGCTGGTTTATGGGGCCAAGGTAGAGTCTGCCATTGCCATTGGATTCGATGACTTCATTGCAGATGCTCTGAGAGGCATTGGGTTCTACCAGAAGGATA

upper sequence: GLYMA15G20970.2 (Glycine max), 3'ss of exon 4
lower sequence: GRMZM2G082924_T01 (Zea mays), 3'ss of exon 4
atttaaaaat--ctttaaagatagagtacatgaaaattaaatttattttacaatgcttactctcgggcacactttcttacaatattcactttatttatatagAGGTTGGTTTATGGAGCAAAGGCAGAGGCAGCAATTGCTATTGGATTCGATGACTTCATTTCAGATGCATTGCGAGGCACTGGATTCTACCAGAAAGCAC
 || | || |  || |   ||| |  || |   | ||         |  ||| | ||   |    | |  || ||| ||||   |   ||  |   ||  ||||| |||||||||| || ||||| ||||| || || || ||||| || || ||||||||| |||||||  || |||||||||| ||||||||||| ||  
gttcataatttactgttttgattgcctaaacagatataggcacagctagacattactgcgtt---gtctaacattcctaca---tgtcctgca---atgcagAGGCTGGTTTATGGGGCCAAGGCGGAGGCTGCCATCGCCATTGGGTTTGACGACTTCATTGCAGATGCTCTGAGAGGCACTGGGTTCTACCAGAAGGCCA

upper sequence: GLYMA15G20970.2 (Glycine max), 3'ss of exon 4
lower sequence: PP1S21_311V6.2 (Physcomitrella patens), 3'ss of exon 5
-----------------------atttaaaaatctttaaa--gatagagtacatgaaaat-taaatttattttacaatg--cttactctcgggcacact---ttc-----ttacaatattcacttta---tttatatagAGGTTGGTTTATGGAGCAAAGGCAGAGGCAGCAATTGCTATTGGATTCGATGACTTCATTTCAGATGCATTGCGAGGCACTGGATTCTACCAGAAAGCAC
                       |  ||  |||| ||         ||||  |  |  || |    ||  |||  ||||  |||| | |   | | |     |||     || || | ||    | |   |||  | |||| ||||| ||||||||| | |||||||||||| | || ||||| ||||||||||||||  | |||||| | ||||| || |     || || ||||   
gtatagtagttgtgctatggctaaaatactaatcctttgttcacctgagtttaacaccatgtggcattcctttgtaatggtcttattttgaagtatatcaagttcggggcttgcagtgtttgaatgactttttgcacagAGATTGGTATATGGAGCACAAGCAGAGGCAGCACTAGCCATTGGCTTCGATGACTTCATAGCTGATGCAATTCGAGGTACAGCCCAGTATCAAAAAGTCT

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|15286835|gb|BI470726.1|BI470726
EST:     CTCACGAGTTAAG                         AGGTTGGTTTATGGAGCAAAGGCAGAGGCAGCAATTGCTATTGGATTCGAT
genomic: CTCACGAGTTAAGgttggaaatg ... atttatatagAGGTTGGTTTATGGAGCAAAGGCAGAGGCAGCAATTGCTATTGGATTCGAT
EST: gi|37996596|gb|CF808185.1|CF808185
EST:     GTGAACCTTGCCCTATGTGCTTTGGAGCAATTCACCTCTCACGAGTTAAG                         AGGTTGGTTTATGGAGCAAAGGCAGAGGCAGCAATTGCTATTGGATTCGAT
genomic: GTGAACCTTGCCCTATGTGCTTTGGAGCAATTCACCTCTCACGAGTTAAGgttggaaatg ... atttatatagAGGTTGGTTTATGGAGCAAAGGCAGAGGCAGCAATTGCTATTGGATTCGAT
EST: gi|254324640|gb|GR834065.1|GR834065
EST:     GTGAACCTTGCCCTATGTGCTTTGGAGCAATTCACCTCTCACGAGTTAAG                         AGGTTGGTTTATGGAGCAAAGGCAGAGGCAGCAATTGCTATTGGATTCGAT
genomic: GTGAACCTTGCCCTATGTGCTTTGGAGCAATTCACCTCTCACGAGTTAAGgttggaaatg ... atttatatagAGGTTGGTTTATGGAGCAAAGGCAGAGGCAGCAATTGCTATTGGATTCGAT
EST: gi|21994815|gb|BQ786343.1|BQ786343
EST:     GTGAACCTTGCCCTATGTGCTTTGGAGCAATTCACCTCTCACGAGTTAAG                         AGGTTGGTTTATGGAGCAAAGGCAGAGGCAGCAATTGCTATTGGATTCGAT
genomic: GTGAACCTTGCCCTATGTGCTTTGGAGCAATTCACCTCTCACGAGTTAAGgttggaaatg ... atttatatagAGGTTGGTTTATGGAGCAAAGGCAGAGGCAGCAATTGCTATTGGATTCGAT
EST: gi|23733586|gb|BU764998.1|BU764998
EST:     GTGAACCTTGCCCTATGTGCTTTGGAGCAATTCACCTCTCACGAGTTAAG                         AGGTTGGTTTATGGAGCAAAGGCAGAGGCAGCAATTGCTATTGGATTCGAT
genomic: GTGAACCTTGCCCTATGTGCTTTGGAGCAATTCACCTCTCACGAGTTAAGgttggaaatg ... atttatatagAGGTTGGTTTATGGAGCAAAGGCAGAGGCAGCAATTGCTATTGGATTCGAT
EST: gi|213605635|gb|DB976116.1|DB976116
EST:     GTGAACCTTGCCCTATGTGCTTTGGAGCAATTCACCTCTTACGAGTTAAG                         AGGTTGGTTTATGGAGCAAAGGCAGAGGCAGCAATTGCTATTGGATTCGAT
genomic: GTGAACCTTGCCCTATGTGCTTTGGAGCAATTCACCTCTCACGAGTTAAGgttggaaatg ... atttatatagAGGTTGGTTTATGGAGCAAAGGCAGAGGCAGCAATTGCTATTGGATTCGAT
EST: gi|23733606|gb|BU765007.1|BU765007
EST:     GTGAACCTTGCCCTATGTGCTTTGGAGCAATTCACCTCTCACGAGTTAAG                         AGGTTGGTTTATGGAGCAAAGGCAGAGGCAGCAATTGCTATTGGATTCGAT
genomic: GTGAACCTTGCCCTATGTGCTTTGGAGCAATTCACCTCTCACGAGTTAAGgttggaaatg ... atttatatagAGGTTGGTTTATGGAGCAAAGGCAGAGGCAGCAATTGCTATTGGATTCGAT
EST: gi|254325557|gb|GR838438.1|GR838438
EST:     GTGAACCTTGCCCTATGTGCTTTGGAGCAATTCACCTCTCACGAGTTAAG                         AGGTTGGTTTATGGAGCAAAGGCAGAGGCAGCAATTGCTATTGGATTCGAT
genomic: GTGAACCTTGCCCTATGTGCTTTGGAGCAATTCACCTCTCACGAGTTAAGgttggaaatg ... atttatatagAGGTTGGTTTATGGAGCAAAGGCAGAGGCAGCAATTGCTATTGGATTCGAT
EST: gi|254323403|gb|GR835904.1|GR835904
EST:     GTGAACCTTGCCCTATGTGCTTTGGAGCAATTCACCTCTCACGAGTTAAG                         AGGTTGGTTTATGGAGCAAAGGCAGAGGCAGCAATTGCTATTGGATTCGAT
genomic: GTGAACCTTGCCCTATGTGCTTTGGAGCAATTCACCTCTCACGAGTTAAGgttggaaatg ... atttatatagAGGTTGGTTTATGGAGCAAAGGCAGAGGCAGCAATTGCTATTGGATTCGAT
EST: gi|308098995|gb|HO760836.1|HO760836
EST:     GTGAACCTTGCCCTATGTGCTTTGGAGCAATTCACCTCTCACGAGTTAAG                         AGGTTGGTTTATGGAGCAAAGGCAGAGGCAGCAATTGCTATTGGATTCGAT
genomic: GTGAACCTTGCCCTATGTGCTTTGGAGCAATTCACCTCTCACGAGTTAAGgttggaaatg ... atttatatagAGGTTGGTTTATGGAGCAAAGGCAGAGGCAGCAATTGCTATTGGATTCGAT
EST: gi|4296123|gb|AI442430.1|AI442430
EST:     GTGAACCTTGCCCTATGTGCTTTGGAGCAATTCACCTCTCACGAGTTAAG                         AGGTTGGTTTATGGAGCAAAGGCAGAGGCAGCAATTGCTATTGGATTCGAT
genomic: GTGAACCTTGCCCTATGTGCTTTGGAGCAATTCACCTCTCACGAGTTAAGgttggaaatg ... atttatatagAGGTTGGTTTATGGAGCAAAGGCAGAGGCAGCAATTGCTATTGGATTCGAT
EST: gi|254342299|gb|GR853436.1|GR853436
EST:     GTGAACCTTGCCCTATGTGCTTTGGAGCAATTCACCTCTCACGAGTTAAG                         AGGTTGGTTTATGGAGCAAAGGCAGAGGCAGCAATTGCTATTGGATTCGAT
genomic: GTGAACCTTGCCCTATGTGCTTTGGAGCAATTCACCTCTCACGAGTTAAGgttggaaatg ... atttatatagAGGTTGGTTTATGGAGCAAAGGCAGAGGCAGCAATTGCTATTGGATTCGAT
EST: gi|6846739|gb|AW349029.1|AW349029
EST:     GTGAACCTTGCCCTATGTGCTTTGGAGCAATTCACCTCTCACGAGTTAAG                         AGGTTGGTTTATGGAGCAAAGGCAGAGGCAGCAATTGCTATTGGATTCGAT
genomic: GTGAACCTTGCCCTATGTGCTTTGGAGCAATTCACCTCTCACGAGTTAAGgttggaaatg ... atttatatagAGGTTGGTTTATGGAGCAAAGGCAGAGGCAGCAATTGCTATTGGATTCGAT
EST: gi|14992006|gb|BI317679.1|BI317679
EST:     GTGAACCTTGCCCTATGTGCTTTGGAGCAATTCACCTCTCACGAGTTAAG                         AGGTTGGTTTATGGAGCAAAGGCAGAGGCAGCAATTGCTATTGGATTCGAT
genomic: GTGAACCTTGCCCTATGTGCTTTGGAGCAATTCACCTCTCACGAGTTAAGgttggaaatg ... atttatatagAGGTTGGTTTATGGAGCAAAGGCAGAGGCAGCAATTGCTATTGGATTCGAT
EST: gi|254331328|gb|GR843340.1|GR843340
EST:     GTGAACCTTGCCCTATGTGCTTTGGAGCAATTCACCTCTCACGAGTTAAG                         AGGTTGGTTTATGGAGCAAAGGCAGAGGCAGCAATTGCTATTGGATTCGAT
genomic: GTGAACCTTGCCCTATGTGCTTTGGAGCAATTCACCTCTCACGAGTTAAGgttggaaatg ... atttatatagAGGTTGGTTTATGGAGCAAAGGCAGAGGCAGCAATTGCTATTGGATTCGAT
EST: gi|254340958|gb|GR854686.1|GR854686
EST:     GTGAACCTTGCCCTATGTGCTTTGGAGCAATTCACCTCTCACGAGTTAAG                         AGGTTGGTTTATGGAGCAAAGGCAGAGGCAGCAATTGCTATTGGATTCGAT
genomic: GTGAACCTTGCCCTATGTGCTTTGGAGCAATTCACCTCTCACGAGTTAAGgttggaaatg ... atttatatagAGGTTGGTTTATGGAGCAAAGGCAGAGGCAGCAATTGCTATTGGATTCGAT
EST: gi|209697100|gb|BW680510.1|BW680510
EST:     GTGAACCTTGCCCTATGTGCTTTGGAGCAATTCACCTCTCACGAGTTAAG                         AGGTTGGTTTATGGAGCAAAGGCAGAGGCAGCAATTGCTATTGGATTCGAT
genomic: GTGAACCTTGCCCTATGTGCTTTGGAGCAATTCACCTCTCACGAGTTAAGgttggaaatg ... atttatatagAGGTTGGTTTATGGAGCAAAGGCAGAGGCAGCAATTGCTATTGGATTCGAT
EST: gi|193460941|gb|FK425806.1|FK425806
EST:     GTGAACCTTGCCCTATGTGCTTTGGAGCAATTCACCTCTCACGAGTTAAG                         AGGTTGGTTTATGGAGCAAAGGCAGAGGC
genomic: GTGAACCTTGCCCTATGTGCTTTGGAGCAATTCACCTCTCACGAGTTAAGgttggaaatg ... atttatatagAGGTTGGTTTATGGAGCAAAGGCAGAGGC
EST: gi|308098529|gb|HO760270.1|HO760270
EST:     GTGAACCTTGCCCTATGTGCTTTGGAGCAATTCACCTCTCACGAGTTAAG                         AGGTTGGTTTATGGAGCAAAGGCAGAGGCAGCAATTGCTATTGGATTCGAT
genomic: GTGAACCTTGCCCTATGTGCTTTGGAGCAATTCACCTCTCACGAGTTAAGgttggaaatg ... atttatatagAGGTTGGTTTATGGAGCAAAGGCAGAGGCAGCAATTGCTATTGGATTCGAT
EST: gi|254316848|gb|GR828385.1|GR828385
EST:     GTGAACCTTGCCCTATGTGCTTTGGAGCAATTCACCTCTCACGAGTTAAG                         AGGTTGGTTTATGGAGCAAAGGCAGAGGCAGCAATTGCTATTGGATTCGAT
genomic: GTGAACCTTGCCCTATGTGCTTTGGAGCAATTCACCTCTCACGAGTTAAGgttggaaatg ... atttatatagAGGTTGGTTTATGGAGCAAAGGCAGAGGCAGCAATTGCTATTGGATTCGAT
EST: gi|254342298|gb|GR853435.1|GR853435
EST:     GTGAACCTTGCCCTATGTGCTTTGGAGCAATTCACCTCTCACGAGTTAAG                         AGGTTGGTTTATGGAGCAAAGGCAGAGGCAGCAATTGCTATTGGATTCGAT
genomic: GTGAACCTTGCCCTATGTGCTTTGGAGCAATTCACCTCTCACGAGTTAAGgttggaaatg ... atttatatagAGGTTGGTTTATGGAGCAAAGGCAGAGGCAGCAATTGCTATTGGATTCGAT
EST: gi|254325822|gb|GR838703.1|GR838703
EST:     GTGAACCTTGCCCTATGTGCTTTGGAGCAATTCACCTCTCACGAGTTAAG                         AGGTTGGTTTATGGAGCAAAGGCAGAGGCAGCAATTGCTATTGGATTCGAT
genomic: GTGAACCTTGCCCTATGTGCTTTGGAGCAATTCACCTCTCACGAGTTAAGgttggaaatg ... atttatatagAGGTTGGTTTATGGAGCAAAGGCAGAGGCAGCAATTGCTATTGGATTCGAT
EST: gi|15336846|gb|BI497502.1|BI497502
EST:     GTGAACCTTGCACTATGTGCTTTGGAGCAATTCACCTCTCACGAGTTAAG                         AGGTTGGTTTATGGAGCAAAGGCAGAGGCAGCAATTGCTATTGGATTCGAT
genomic: GTGAACCTTGCCCTATGTGCTTTGGAGCAATTCACCTCTCACGAGTTAAGgttggaaatg ... atttatatagAGGTTGGTTTATGGAGCAAAGGCAGAGGCAGCAATTGCTATTGGATTCGAT
EST: gi|21677314|gb|BQ629665.1|BQ629665
EST:     GTGAACCTTGCCCTATGTGCTTTGGAGCAATTCACCTCTCACGAGTTAAG                         AGGTTGGTTTATGGAGCAAAGGCAGAGGCAGCAATTGCTATTGGATTCGAT
genomic: GTGAACCTTGCCCTATGTGCTTTGGAGCAATTCACCTCTCACGAGTTAAGgttggaaatg ... atttatatagAGGTTGGTTTATGGAGCAAAGGCAGAGGCAGCAATTGCTATTGGATTCGAT
EST: gi|254319210|gb|GR830558.1|GR830558
EST:     GTGAACCTTGCCCTATGTGCTTTGGAGCAATTCACCTCTCACGAGTTAAG                         AGGTTGGTTTATGGAGCAAAGGCAGAGGCAGCAATTGCTATTGGATTCGAT
genomic: GTGAACCTTGCCCTATGTGCTTTGGAGCAATTCACCTCTCACGAGTTAAGgttggaaatg ... atttatatagAGGTTGGTTTATGGAGCAAAGGCAGAGGCAGCAATTGCTATTGGATTCGAT
EST: gi|254330789|gb|GR842054.1|GR842054
EST:     GTGAACCTTGCCCTATGTGCTTTGGAGCAATTCACCTCTCACGAGTTAAG                         AGGTTGGTTTATGGAGCAAAGGCAGAGGCAGCAATTGCTATTGGATTCGAT
genomic: GTGAACCTTGCCCTATGTGCTTTGGAGCAATTCACCTCTCACGAGTTAAGgttggaaatg ... atttatatagAGGTTGGTTTATGGAGCAAAGGCAGAGGCAGCAATTGCTATTGGATTCGAT
EST: gi|9820405|gb|BE555915.1|BE555915
EST:     GTGAACCTTGCCCTATGTGCTTTGGAGCAATTCACCTCTCACGAGTTAAG                         AGGTTGGTTTATGGAGCAAAGGCAGAGGCAGCAATTGCTATTGGATTCGAT
genomic: GTGAACCTTGCCCTATGTGCTTTGGAGCAATTCACCTCTCACGAGTTAAGgttggaaatg ... atttatatagAGGTTGGTTTATGGAGCAAAGGCAGAGGCAGCAATTGCTATTGGATTCGAT
EST: gi|254323222|gb|GR840027.1|GR840027
EST:     GTGAACCTTGCCCTATGTGCTTTGGAGCAATTCACCTCTCACGAGTTAAG                         AGGTTGGTTTATGGAGCAAAGGCAGAGGCAGCAATTGCTATTGGATTCGAT
genomic: GTGAACCTTGCCCTATGTGCTTTGGAGCAATTCACCTCTCACGAGTTAAGgttggaaatg ... atttatatagAGGTTGGTTTATGGAGCAAAGGCAGAGGCAGCAATTGCTATTGGATTCGAT
EST: gi|254332005|gb|GR843748.1|GR843748
EST:     GTGAACCTTGCCCTATGTGCTTTGGAGCAATTCACCTCTCACGAGTTAAG                         AGGTTGGTTTATGGAGCAAAGGCAGAGGCAGCAATTGCTATTGGATTCGAT
genomic: GTGAACCTTGCCCTATGTGCTTTGGAGCAATTCACCTCTCACGAGTTAAGgttggaaatg ... atttatatagAGGTTGGTTTATGGAGCAAAGGCAGAGGCAGCAATTGCTATTGGATTCGAT
EST: gi|193573990|gb|FK530610.1|FK530610
EST:     GTGAACCTTGCCCTATGTGCTTTGGAGCAATTCACCTCTCACGAGTTAAG                         AGGTTGGTTTATGGAGACAAAGGCAGAGGC
genomic: GTGAACCTTGCCCTATGTGCTTTGGAGCAATTCACCTCTCACGAGTTAAGgttggaaatg ... atttatatagAGGTTGGTTTATGGAG-CAAAGGCAGAGGC
EST: gi|254313721|gb|GR831350.1|GR831350
EST:     GTGAACCTTGCCCTATGTGCTTTGGAGCAATTCACCTCTCACGAGTTAAG                         AGGTTGGTTTATGGAGCAAAGGCAGAGGCAGCAATTGCTATTGGATTCGAT
genomic: GTGAACCTTGCCCTATGTGCTTTGGAGCAATTCACCTCTCACGAGTTAAGgttggaaatg ... atttatatagAGGTTGGTTTATGGAGCAAAGGCAGAGGCAGCAATTGCTATTGGATTCGAT
EST: gi|13482307|gb|BG511650.1|BG511650
EST:     GCTTTGGAGCAATTCACCTCTCACGAGTTAAG                         AGGTTGGTTTATGGAGCAAAGGCAGAGGCAGCAATTGCTATTGGATTCGAT
genomic: GCTTTGGAGCAATTCACCTCTCACGAGTTAAGgttggaaatg ... atttatatagAGGTTGGTTTATGGAGCAAAGGCAGAGGCAGCAATTGCTATTGGATTCGAT
EST: gi|254332006|gb|GR843749.1|GR843749
EST:     GTGAACCTTGCCCTATGTGCTTTGGAGCAATTCACCTCTCACGAGTTAAG                         AGGTTGGTTTATGGAGCAAAGGCAGAGGCAGCAATTGCTATTGGATTCGAT
genomic: GTGAACCTTGCCCTATGTGCTTTGGAGCAATTCACCTCTCACGAGTTAAGgttggaaatg ... atttatatagAGGTTGGTTTATGGAGCAAAGGCAGAGGCAGCAATTGCTATTGGATTCGAT
EST: gi|254340959|gb|GR854687.1|GR854687
EST:     GTGAACCTTGCCCTATGTGCTTTGGAGCAATTCACCTCTCACGAGTTAAG                         AGGTTGGTTTATGGAGCAAAGGCAGAGGCAGCAATTGCTATTGGATTCGAT
genomic: GTGAACCTTGCCCTATGTGCTTTGGAGCAATTCACCTCTCACGAGTTAAGgttggaaatg ... atttatatagAGGTTGGTTTATGGAGCAAAGGCAGAGGCAGCAATTGCTATTGGATTCGAT
EST: gi|23728332|gb|BU762218.1|BU762218
EST:     GTGAACCTTGCCCTATGTGCTTTGGAGCAATTCACCTCTCACGAGTTAAG                         AGGTTGGTTTATGGAGCAAAGGCAGAGGCAGCAATTGCTATTGGATTCGAT
genomic: GTGAACCTTGCCCTATGTGCTTTGGAGCAATTCACCTCTCACGAGTTAAGgttggaaatg ... atttatatagAGGTTGGTTTATGGAGCAAAGGCAGAGGCAGCAATTGCTATTGGATTCGAT
EST: gi|254313722|gb|GR831351.1|GR831351
EST:     GTGAACCTTGCCCTATGTGCTTTGGAGCAATTCACCTCTCACGAGTTAAG                         AGGTTGGTTTATGGAGCAAAGGCAGAGGCAGCAATTGCTATTGGATTCGAT
genomic: GTGAACCTTGCCCTATGTGCTTTGGAGCAATTCACCTCTCACGAGTTAAGgttggaaatg ... atttatatagAGGTTGGTTTATGGAGCAAAGGCAGAGGCAGCAATTGCTATTGGATTCGAT
EST: gi|254344502|gb|GR851199.1|GR851199
EST:     GTGAACCTTGCCCTATGTGCTTTGGAGCAATTCACCTCTCACGAGTTAAG                         AGGTTGGTTTATGGAGCAAAGGCAGAGGCAGCAATTGCTATTGGATTCGAT
genomic: GTGAACCTTGCCCTATGTGCTTTGGAGCAATTCACCTCTCACGAGTTAAGgttggaaatg ... atttatatagAGGTTGGTTTATGGAGCAAAGGCAGAGGCAGCAATTGCTATTGGATTCGAT
EST: gi|13251883|gb|BG362786.1|BG362786
EST:     GTGAACCTTGCCCTATGTGCTTTGGAGCAATTCACCTCTCACGAGTTAAG                         AGGTTGGTTTATGGAGCAAAGGCAGAGGCAGCAATTGCTATTGGATTCGAT
genomic: GTGAACCTTGCCCTATGTGCTTTGGAGCAATTCACCTCTCACGAGTTAAGgttggaaatg ... atttatatagAGGTTGGTTTATGGAGCAAAGGCAGAGGCAGCAATTGCTATTGGATTCGAT
EST: gi|254341719|gb|GR852856.1|GR852856
EST:     GTGAACCTTGCCCTATGTGCTTTGGAGCAATTCACCTCTCACGAGTTAAG                         AGGTTGGTTTATGGAGCAAAGGCAGAGGCAGCAATTGCTATTGGATTCGAT
genomic: GTGAACCTTGCCCTATGTGCTTTGGAGCAATTCACCTCTCACGAGTTAAGgttggaaatg ... atttatatagAGGTTGGTTTATGGAGCAAAGGCAGAGGCAGCAATTGCTATTGGATTCGAT
EST: gi|23730432|gb|BU763306.1|BU763306
EST:     GTGAACCTTGCCCTATGTGCTTTGGAGCAATTCACCTCTCACGAGTTAAG                         AGGTTGGTTTATGGAGCAAAGGCAGAGGCAGCAATTGCTATTGGATTCGAT
genomic: GTGAACCTTGCCCTATGTGCTTTGGAGCAATTCACCTCTCACGAGTTAAGgttggaaatg ... atttatatagAGGTTGGTTTATGGAGCAAAGGCAGAGGCAGCAATTGCTATTGGATTCGAT
EST: gi|23729446|gb|BU762810.1|BU762810
EST:     GTGAACCTTGCCCTATGTGCTTTGGAGCAATTCACCTCTCACGAGTTAAG                         AGGTTGGTTTATGGAGCAAAGGCAGAGGCAGCAATTGCTATTGGATTCGAT
genomic: GTGAACCTTGCCCTATGTGCTTTGGAGCAATTCACCTCTCACGAGTTAAGgttggaaatg ... atttatatagAGGTTGGTTTATGGAGCAAAGGCAGAGGCAGCAATTGCTATTGGATTCGAT
EST: gi|308097867|gb|HO761038.1|HO761038
EST:     GTGAACCTTGCCCTATGTGCTTTGGAGCAATTCACCTCTCACGAGTTAAG                         AGGTTGGTTTATGGAGCAAAGGCAGAGGCAGCAATTGCTATTGGATTCGAT
genomic: GTGAACCTTGCCCTATGTGCTTTGGAGCAATTCACCTCTCACGAGTTAAGgttggaaatg ... atttatatagAGGTTGGTTTATGGAGCAAAGGCAGAGGCAGCAATTGCTATTGGATTCGAT
EST: gi|254325823|gb|GR838704.1|GR838704
EST:     GTGAACCTTGCCCTATGTGCTTTGGAGCAATTCACCTCTCACGAGTTAAG                         AGGTTGGTTTATGGAGCAAAGGCAGAGGCAGCAATTGCTATTGGATTCGAT
genomic: GTGAACCTTGCCCTATGTGCTTTGGAGCAATTCACCTCTCACGAGTTAAGgttggaaatg ... atttatatagAGGTTGGTTTATGGAGCAAAGGCAGAGGCAGCAATTGCTATTGGATTCGAT
EST: gi|5606005|gb|AI900103.1|AI900103
EST:     GTGAACCTTGCCCTATGTGCTTTGGAGCAATTCACCTCTCACGAGTTAAG                         AGGTTGGTTTATGGAGCANAGGCAGAGGCAGCAATTGCTATTGGATTCGAT
genomic: GTGAACCTTGCCCTATGTGCTTTGGAGCAATTCACCTCTCACGAGTTAAGgttggaaatg ... atttatatagAGGTTGGTTTATGGAGCAAAGGCAGAGGCAGCAATTGCTATTGGATTCGAT


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

ttacaatgcttactctcgggcacactttcttacaatattcactttatttatatagAGGTTGGTTTATGGAGCAAAGGCAGAGGCAGCAATTGCTATTGGATTCGATGACTTCATTTCAGATGCATTGCGAGGCACTGGATTCTACCAGAAAGCAC
                          ttcttac  putative branch site (score: 2)
                                         ctttattt  putative PPT
                         tttcttacaatattca  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
atttaaaaatctttaaagatagagtacatgaaaattaaatttattttacaatgcttactctcgggcacactttcttacaatattcactttatttatatagAGGTTGGTTTATGGAGCAAAGGCAGAGGCAGCAATTGCTATTGGATTCGATGACTTCATTTCAGATGCATTGCGAGGCACTGGATTCTACCAGAAAGCAC

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  CAGATG
- - - - - - - - - - - - - catgaaa
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -ggcacac