Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtaagattgttgtgtatctatattaattgttcatcttttctttttaatccttctggttacatagttatttaaaatcatatgttgttagtgatagtctcttgttttttttttttttctgatttctccatgatattccaattttgagttattgtgttcttctacttgctttttaacagGTCCAGATCATATGATGTTTGAG

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA15G19670.4
intron # 4
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|192311334|gb|FK003791.1|FK003791
EST:     TTGTGTTGGGCTAAGCAGACAATTGAATGGATCAATTATACCATCAGAAC                         GTCCAGATCATATGATGTTTGAG
genomic: TTGTGTTGGGCTAAGCAGACAATTGAATGGATCAATTATACCATCAGAACgtaagattgt ... tttttaacagGTCCAGATCATATGATGTTTGAG
EST: gi|298176954|gb|HO026961.1|HO026961
EST:     TTGTGTTGGGCTAAGCAGACAATTGAATGGATCAATTATACCATCAGAAC                         GTCCAGATCATATGATGTTTGAG
genomic: TTGTGTTGGGCTAAGCAGACAATTGAATGGATCAATTATACCATCAGAACgtaagattgt ... tttttaacagGTCCAGATCATATGATGTTTGAG
EST: gi|254315873|gb|GR825682.1|GR825682
EST:     TTGTGTTGGGCTAAGCAGACAATTGAATGGGTCAATTATACCATCAGAAC                         GTCCAGATCATATGATGTTTGAG
genomic: TTGTGTTGGGCTAAGCAGACAATTGAATGGATCAATTATACCATCAGAACgtaagattgt ... tttttaacagGTCCAGATCATATGATGTTTGAG
EST: gi|192296158|gb|FG989743.1|FG989743
EST:     TTGTGTTGGGCTAAGCAGGCAATTGAATGGATCAATTATACCATCAGAAC                         GTCCAGATCATATGATGTTTGAG
genomic: TTGTGTTGGGCTAAGCAGACAATTGAATGGATCAATTATACCATCAGAACgtaagattgt ... tttttaacagGTCCAGATCATATGATGTTTGAG
EST: gi|192311335|gb|FK003792.1|FK003792
EST:     TTGTGTTGGGCTAAGCAGACAATTGAATGGATCAATTATACCATCAGAAC                         GTCCAGATCATATGATGTTTGAG
genomic: TTGTGTTGGGCTAAGCAGACAATTGAATGGATCAATTATACCATCAGAACgtaagattgt ... tttttaacagGTCCAGATCATATGATGTTTGAG
EST: gi|151412062|gb|EV281874.1|EV281874
EST:     TTGTGTTGGGCTAAGCAGACAATTGAATGGATCAATTATACCATCAGAAC                         GTCCAGATCATATGATGTTTGAG
genomic: TTGTGTTGGGCTAAGCAGACAATTGAATGGATCAATTATACCATCAGAACgtaagattgt ... tttttaacagGTCCAGATCATATGATGTTTGAG
EST: gi|15813460|gb|BI785735.1|BI785735
EST:     TTGTGTTGGGCTAAGCAGACAATTGAATGGATCAATTATACCATCAGAAC                         GTCCAGATCATATGATGTTTGAG
genomic: TTGTGTTGGGCTAAGCAGACAATTGAATGGATCAATTATACCATCAGAACgtaagattgt ... tttttaacagGTCCAGATCATATGATGTTTGAG
EST: gi|27446368|gb|CA953491.1|CA953491
EST:     TTGTGTTGGGCTAAGCAGACAATTGAATGGATCAATTATACCATCAGAAC                         GTCCAGATCATATGATGTTTGAG
genomic: TTGTGTTGGGCTAAGCAGACAATTGAATGGATCAATTATACCATCAGAACgtaagattgt ... tttttaacagGTCCAGATCATATGATGTTTGAG
EST: gi|254317668|gb|GR826652.1|GR826652
EST:     TTGTGTTGGGCTAAGCAGACAATTGAATGGATCAATTATACCATCAGAAC                         GTCCAGATCATATGATGTTTGAG
genomic: TTGTGTTGGGCTAAGCAGACAATTGAATGGATCAATTATACCATCAGAACgtaagattgt ... tttttaacagGTCCAGATCATATGATGTTTGAG
EST: gi|209718196|gb|BW657828.1|BW657828
EST:     TTGTGTTGGGCTAAGCAGACAATTGAATGGATCAATTATACCATCAGAAC                         GTCCAGATCATATGATGTTTGAG
genomic: TTGTGTTGGGCTAAGCAGACAATTGAATGGATCAATTATACCATCAGAACgtaagattgt ... tttttaacagGTCCAGATCATATGATGTTTGAG


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

tctccatgatattccaattttgagttattgtgttcttctacttgctttttaacagGTCCAGATCATATGATGTTTGAG
                                ttcttctacttgcttt  CT-rich tract
               aattttgagttatt  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
gtaagattgttgtgtatctatattaattgttcatcttttctttttaatccttctggttacatagttatttaaaatcatatgttgttagtgatagtctcttgttttttttttttttctgatttctccatgatattccaattttgagttattgtgttcttctacttgctttttaacagGTCCAGATCATATGATGTTTGAG

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGATCA