1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' |
gtaacaattcttacttcaaacctttccaccggacatcagaatttatgactttccaatttctattctaatgcaaatgttggtattttgtgcacccagGTGGCTTGATTCAATTAAACCACGGTAGGCCTCAGCCTCTCCAATATGTGGTCAATGCTGCCTTTTTGGCTGCCCTTTATAGTGATTATCTTGATGCTGC
species | Glycine max |
transcript | GLYMA15G13080.1 |
intron # | 4 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: AATCATGTGCTCCTATCTACCAGTTTTCACAAGCTTTAATAGAACCAAAG GTGGCTTGATTCAATTAAACCACGGTAGGCCTCAGCCTCTCCAATATGTGGEST: gi|14012135|gb|BG727057.1|BG727057
genomic: AATCATGTGCTCCTATCTACCAGTTTTCACAAGCTTTAATAGAACCAAAGgtaacaattc ... gtgcacccagGTGGCTTGATTCAATTAAACCACGGTAGGCCTCAGCCTCTCCAATATGTGG
EST: AATCATGTGCTCCTATCTACCAGTTTTCACAAGCTTTAATAGAACCAAAG GTGGCTTGATTCAATTAAACCACGGTAGGCCTCAGCCTCTCCAATATGTGGEST: gi|10709738|gb|BF009462.1|BF009462
genomic: AATCATGTGCTCCTATCTACCAGTTTTCACAAGCTTTAATAGAACCAAAGgtaacaattc ... gtgcacccagGTGGCTTGATTCAATTAAACCACGGTAGGCCTCAGCCTCTCCAATATGTGG
EST: AATCATGTGCTCCTATCTACCAGTTGTCACAAGCTTTAATAGAACCAAAA GTGGCTTGATTTAATTAAACCACGGTAAGCCTCAACCTTTTCCA-TATGTGEST: gi|15664637|gb|BI702008.1|BI702008
genomic: AATCATGTGCTCCTATCTACCAGTTTTCACAAGCTTTAATAGAACCAAAGgtaacaattc ... gtgcacccagGTGGCTTGATTCAATTAAACCACGGTAGGCCTCAGCCTCT-CCAATATGTG
EST: AATCATGTGCTCCTATCTACCAGTTTTCACAAGCTTTAATAGAACCAAAA GTGGCTTGATTCAATTAAACCACGGTAGGCCTCAGEST: gi|7640040|gb|AW734349.1|AW734349
genomic: AATCATGTGCTCCTATCTACCAGTTTTCACAAGCTTTAATAGAACCAAAGgtaacaattc ... gtgcacccagGTGGCTTGATTCAATTAAACCACGGTAGGCCTCAG
EST: AATCATGTGCTCCTATCTACCAGTTTTCACAAGCTTTAATAGAACCAAAG GTGGCTTGATTCAATTAAACCACGGTAGGCCTCAGCCTCTCCAATATGTGGEST: gi|13789346|gb|BG651937.1|BG651937
genomic: AATCATGTGCTCCTATCTACCAGTTTTCACAAGCTTTAATAGAACCAAAGgtaacaattc ... gtgcacccagGTGGCTTGATTCAATTAAACCACGGTAGGCCTCAGCCTCTCCAATATGTGG
EST: GTTTTCACAAGCTTTAATAGAACCAAAG GTGGCTTGATTCAATTAAACCACGGTAGGCCTCAGCCTCTCCAATATGTGGEST: gi|6072595|gb|AW101982.1|AW101982
genomic: GTTTTCACAAGCTTTAATAGAACCAAAGgtaacaattc ... gtgcacccagGTGGCTTGATTCAATTAAACCACGGTAGGCCTCAGCCTCTCCAATATGTGG
EST: AATCATGTGCTCCTATCTACCAGTTTTCACAAGCTTTAATAGAACCAAAG GTGGCTTGATTCAATTAAACCACGGTAGGCCTTAAGACCTCTCCAATATGTEST: gi|15813092|gb|BI785367.1|BI785367
genomic: AATCATGTGCTCCTATCTACCAGTTTTCACAAGCTTTAATAGAACCAAAGgtaacaattc ... gtgcacccagGTGGCTTGATTCAATTAAACCACGGTAGGCC-TCAG-CCTCTCCAATATGT
EST: AATCATGTGCTCCTATCTACCAGTTTTCACAAGCTTTAATAGAACCAAAG GTGGCTTGATTCAATTAAACCACGGTAGGCCTCAGCCTCTCCAATATGTGG
genomic: AATCATGTGCTCCTATCTACCAGTTTTCACAAGCTTTAATAGAACCAAAGgtaacaattc ... gtgcacccagGTGGCTTGATTCAATTAAACCACGGTAGGCCTCAGCCTCTCCAATATGTGG
tttatgactttccaatttctattctaatgcaaatgttggtattttgtgcacccagGTGGCTTGATTCAATTAAACCACGGTAGGCCTCAGCCTCTCCAATATGTGGTCAATGCTGCCTTTTTGGCTGCCCTTTATAGTGATTATCTTGATGCTGC
ttctaat putative branch site (score: 2)
aatttctattctaat TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| gtaacaattcttacttcaaacctttccaccggacatcagaatttatgactttccaatttctattctaatgcaaatgttggtattttgtgcacccagGTGGCTTGATTCAATTAAACCACGGTAGGCCTCAGCCTCTCCAATATGTGGTCAATGCTGCCTTTTTGGCTGCCCTTTATAGTGATTATCTTGATGCTGC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - ATGCTG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGCTGC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - ATGCTG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGCTGC