1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' |
gtgcgtaagctctataggatagggtaacatctaattgggtttatacttaattgatctttggttttgtcttttgcttaagttcatacttatcatcaaggcaacctaaccttcaagtttttgcttgtagGTTCTCTTGGGGTTCTCTGTACTCGTTGGTGCTAGTGCTTGGGTGGATCTACTG
species | Glycine max |
transcript | GLYMA15G11350.2 |
intron # | 4 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: ACATGAGCTTCCTGGGTCTCTTTACTTTCACTGCTGCCTACCTTCCATGG GTTCTCTTGGGGTTCTCTGTACTCGTTGGTGCTAGTGCTTGGGTGGATCTAEST: gi|58023286|gb|CX710027.1|CX710027
genomic: ACATGAGCTTCCTGGGTCTCTTTACTTTCACTGCTGCCTACCTTCCATGGgtgcgtaagc ... ttgcttgtagGTTCTCTTGGGGTTCTCTGTACTCGTTGGTGCTAGTGCTTGGGTGGATCTA
EST: ACATGAGCTTCCTGGGTCTCTTTACTTTCACTGCTGCCTACCTTCCATGG GTTCTCTTGGGGTTCTCTGTACTCGTTGGTGCTAGTGCTTGGGTGGATCTAEST: gi|151400841|gb|EV270655.1|EV270655
genomic: ACATGAGCTTCCTGGGTCTCTTTACTTTCACTGCTGCCTACCTTCCATGGgtgcgtaagc ... ttgcttgtagGTTCTCTTGGGGTTCTCTGTACTCGTTGGTGCTAGTGCTTGGGTGGATCTA
EST: ACATGAGCTTCCTGGGTCTCTTTACTTTCACTGCTGCCTACCTTCCATGG GTTCTCTTGGGGTTCTCTGTACTCGTTGGTGCTAGTGCTTGGGTGGATCTAEST: gi|23731152|gb|BU763683.1|BU763683
genomic: ACATGAGCTTCCTGGGTCTCTTTACTTTCACTGCTGCCTACCTTCCATGGgtgcgtaagc ... ttgcttgtagGTTCTCTTGGGGTTCTCTGTACTCGTTGGTGCTAGTGCTTGGGTGGATCTA
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genomic: ACATGAGCTTCCTGGGTCTCTTTACTTTCACTGCTGCCTACCTTCCATGGgtgcgtaagc ... ttgcttgtagGTTCTCTTGGGGTTCTCTGTACTCGTTGGTGCTAGTGCTTGGGTGGATCTA
EST: ACATGAGCTTCCTGGGTCTCTTTACTTTCACTGCTGCCTACCTTCCATGG GTTCTCTTGGGGTTCTCTGTACTCGTTGGTGCTAGTGCTTGGGTGGATCTAEST: gi|10236465|gb|BE805353.1|BE805353
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EST: ACATGAGCTTCCTGGGTCTCTTTACTTTCACTGCTGCCTACCTTCCATGG GTTCTCTTGGGGTTCTCTGTACTCGTTGGTGCTAGTGCTTGGGTGGATCTAEST: gi|214006459|gb|DB987212.1|DB987212
genomic: ACATGAGCTTCCTGGGTCTCTTTACTTTCACTGCTGCCTACCTTCCATGGgtgcgtaagc ... ttgcttgtagGTTCTCTTGGGGTTCTCTGTACTCGTTGGTGCTAGTGCTTGGGTGGATCTA
EST: ACATGAGCTTCCTGGGTCTCTTTACTTTCACTGCTGCCTACCTTCCATGG GTTCTCTTGGGGTTCTCTGTACTCGTTGGTGCTAGTGCTT-GG-GCATCTAEST: gi|58016888|gb|CX703630.1|CX703630
genomic: ACATGAGCTTCCTGGGTCTCTTTACTTTCACTGCTGCCTACCTTCCATGGgtgcgtaagc ... ttgcttgtagGTTCTCTTGGGGTTCTCTGTACTCGTTGGTGCTAGTGCTTGGGTGGATCTA
EST: ACATGAGCTTCCTGGGTCTCTTTACTTTCACTGCTGCCTACCTTCCATGG GTTCTCTTGGGGTTCTCTGTACTCGTTGGTGCTAGTGCTTGGGTGGATCTA
genomic: ACATGAGCTTCCTGGGTCTCTTTACTTTCACTGCTGCCTACCTTCCATGGgtgcgtaagc ... ttgcttgtagGTTCTCTTGGGGTTCTCTGTACTCGTTGGTGCTAGTGCTTGGGTGGATCTA
gcttaagttcatacttatcatcaaggcaacctaaccttcaagtttttgcttgtagGTTCTCTTGGGGTTCTCTGTACTCGTTGGTGCTAGTGCTTGGGTGGATCTACTG
acctaac putative branch site (score: 2)
tttttgctt putative PPT
atacttat TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| gtgcgtaagctctataggatagggtaacatctaattgggtttatacttaattgatctttggttttgtcttttgcttaagttcatacttatcatcaaggcaacctaaccttcaagtttttgcttgtagGTTCTCTTGGGGTTCTCTGTACTCGTTGGTGCTAGTGCTTGGGTGGATCTACTG
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