1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' |
gtaaagttatgcccttcaatccctgtgcagggtgcctttattgcgtgacaatttctaatgctgcctgtgttaacactaaacaatcctcaaacttgtgatggagagcagGTAAATTTGGTTAATGATGGACCAGTTACCATGCAGCTTGATTCAAATTCACCAAA
species | Glycine max |
transcript | GLYMA15G08610.1 |
intron # | 4 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: ACGGTGTATTTGGAGCAATGATGAAG GTAAATTTGGTTAATGATGGACCAGTTACCATGCAGCTTGATTCAAATTCAEST: gi|4292154|gb|AI441864.1|AI441864
genomic: ACGGTGTATTTGGAGCAATGATGAAGgtaaagttat ... tggagagcagGTAAATTTGGTTAATGATGGACCAGTTACCATGCAGCTTGATTCAAATTCA
EST: ACG-TGTATTTGGAGCAATGATGAAG GTAAATTTGGTTAATGATGGGCCAGTTACCATGCAGCTTGATTCANATTCAEST: gi|58020386|gb|CX707128.1|CX707128
genomic: ACGGTGTATTTGGAGCAATGATGAAGgtaaagttat ... tggagagcagGTAAATTTGGTTAATGATGGACCAGTTACCATGCAGCTTGATTCAAATTCA
EST: ACGGTGTATTTGGAGCAATGATGAAG GTAAATTTGGTTAATGATGGACCAGTTACCATGCAGCTTGATTCAAATTCAEST: gi|298180580|gb|HO025667.1|HO025667
genomic: ACGGTGTATTTGGAGCAATGATGAAGgtaaagttat ... tggagagcagGTAAATTTGGTTAATGATGGACCAGTTACCATGCAGCTTGATTCAAATTCA
EST: ACGGTGTATTTGGAGCAATGATGAAG GTAAATTTGGTTAATGATGGACCAGTTACCATGCAGCTTGATTCAAATTCA
genomic: ACGGTGTATTTGGAGCAATGATGAAGgtaaagttat ... tggagagcagGTAAATTTGGTTAATGATGGACCAGTTACCATGCAGCTTGATTCAAATTCA
tctaatgctgcctgtgttaacactaaacaatcctcaaacttgtgatggagagcagGTAAATTTGGTTAATGATGGACCAGTTACCATGCAGCTTGATTCAAATTCACCAAA
cactaaa putative branch site (score: 2)
taaacaat TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| gtaaagttatgcccttcaatccctgtgcagggtgcctttattgcgtgacaatttctaatgctgcctgtgttaacactaaacaatcctcaaacttgtgatggagagcagGTAAATTTGGTTAATGATGGACCAGTTACCATGCAGCTTGATTCAAATTCACCAAA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GATGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCAGCT