Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   		18  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtaagatcggatgattatataacttagctaagaatctttattagttaagtgttttccttgattgagtggagtgaatcatatctgagctacacattttatgcagATAGCACAAGTCCACCGTGCAACTCTGCTCAATGGACATGAAGTGGTAGTTAAAGTTCAACATGATGGTATCAAGACAATTATACTGGAG

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA14G20110.1
intron # 4
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|213608686|gb|DB968973.1|DB968973
EST:     TGGATGAGTTATTTGCTGATTTTGTCAACAAACCTCTGGCAACAGCATCA                         ATAGCACAAGTCCACCGTGCAACTCTGCTCAATGGACATGAAGTGGTAGTT
genomic: TGGATGAGTTATTTGCTGATTTTGTCAACAAACCTCTGGCAACAGCATCAgtaagatcgg ... ttttatgcagATAGCACAAGTCCACCGTGCAACTCTGCTCAATGGACATGAAGTGGTAGTT






















 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

gtgttttccttgattgagtggagtgaatcatatctgagctacacattttatgcagATAGCACAAGTCCACCGTGCAACTCTGCTCAATGGACATGAAGTGGTAGTTAAAGTTCAACATGATGGTATCAAGACAATTATACTGGAG
       ccttgat  putative branch site (score: 5)
                                          acattttat  TA-rich tract