1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' |
...cctcattccccacctggatgtacttcctccaatgatccctccctgggggggaccatgagcccttgttcttggtgactgatttggagttgttttgcaatagTGAGCCCTCGTTCTCAAGGCTCAAGATCTACTGGAGGTACTGCCTCCAGTAACAGTGGAGAAGAAAGTACAAAGCGAAGGAGAGTGTCTTCAGCAAAGCA
species | Glycine max |
transcript | GLYMA14G07160.1 |
intron # | 4 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: TCTTGAGAAAGATGTGCCAGGAAGGCATAGTCAAGTGTCCACAGAGCAAG TGAGCCCTCGTTCTCAAGGEST: gi|192326275|gb|FK017622.1|FK017622
genomic: TCTTGAGAAAGATGTGCCAGGAAGGCATAGTCAAGTGTCCACAGAGCAAGgtatgtttga ... tttgcaatagTGAGCCCTCGTTCTCAAGG
EST: TCTTGAGAAAGATGTGCCAGGAAGGCATAGTCAAGTGTCCACAGAGCAAG TGAGCCCTCGTTCTCAAGGCTCAAGATCTACTGGAGGTACTGCCTCCAGTA
genomic: TCTTGAGAAAGATGTGCCAGGAAGGCATAGTCAAGTGTCCACAGAGCAAGgtatgtttga ... tttgcaatagTGAGCCCTCGTTCTCAAGGCTCAAGATCTACTGGAGGTACTGCCTCCAGTA
ggggggaccatgagcccttgttcttggtgactgatttggagttgttttgcaatagTGAGCCCTCGTTCTCAAGGCTCAAGATCTACTGGAGGTACTGCCTCCAGTAACAGTGGAGAAGAAAGTACAAAGCGAAGGAGAGTGTCTTCAGCAAAGCA
gactgat putative branch site (score: 3)
ttgtttt putative PPT
ttgtttt TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| cctcattccccacctggatgtacttcctccaatgatccctccctgggggggaccatgagcccttgttcttggtgactgatttggagttgttttgcaatagTGAGCCCTCGTTCTCAAGGCTCAAGATCTACTGGAGGTACTGCCTCCAGTAACAGTGGAGAAGAAAGTACAAAGCGAAGGAGAGTGTCTTCAGCAAAGCA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGTGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GTGGAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGGAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAGAA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGAAA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGGAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGGAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCAAAG
- - - -ccccacc
- - - - - - - tggatgt
- - - - - - - - - - - -ttcctcc
- - - - - - - - - - - - - - - - - - ccctccc
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - ggggggg
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -accatga
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -gtgactg