1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' | 9 5' 3' | 10 5' 3' |
gtattttaggattaatttctgttcagaaaggtttcggcaggaccattgtaatcaattttttgttgatgtctctgttttcccctcagGATAACTATGCAATTCAGAGTTTTGAACGTGGAATTGCTGCCCAAGAAAGTGGTGCCTTTTCATGGGAAATTGCTCCAGTTGAAGTCTCTGGTGGAAGAG
species | Glycine max |
transcript | GLYMA14G00760.2 |
intron # | 4 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: TGTGTGCTGAGCTATGTGCAGATAACCATGCATTAACAAGAGACGACCAG GATAACTATGCAATTCAGAGTTTTGAACGTGGAATTGCTGCCCAAGAAAGTEST: gi|192328380|gb|FK020091.1|FK020091
genomic: TGTGTGCTGAGCTATGTGCAGATAACCATGCATTAACAAGAGACGACCAGgtattttagg ... ttcccctcagGATAACTATGCAATTCAGAGTTTTGAACGTGGAATTGCTGCCCAAGAAAGT
EST: TGTGTGCTGAGCTATGTGCAGATAACCATGCATTAACAAGAGACGACCAG GATAACTATGCAATTCAGAGTTTTGAACATGGAATTGCTGCCCAAGAAAGTEST: gi|193670964|gb|FK613800.1|FK613800
genomic: TGTGTGCTGAGCTATGTGCAGATAACCATGCATTAACAAGAGACGACCAGgtattttagg ... ttcccctcagGATAACTATGCAATTCAGAGTTTTGAACGTGGAATTGCTGCCCAAGAAAGT
EST: TGTGTGCTGAGCTATGTGCAGATAACCATGCATTAACAAGAGACGACCAG GATAACTATGCAATTCAGAGTTTTGAACGTGGAATTGCTGCCCAAEST: gi|192329988|gb|FK021574.1|FK021574
genomic: TGTGTGCTGAGCTATGTGCAGATAACCATGCATTAACAAGAGACGACCAGgtattttagg ... ttcccctcagGATAACTATGCAATTCAGAGTTTTGAACGTGGAATTGCTGCCCAA
EST: TGTGTGCTGAGCTATGTGCAGATAACCATGCATTAACAAGAGACGACCAG GATAACTATGCAATTCAGAGTTTTGAACGTGGAATTGCTGCCCAAGAAAGTEST: gi|37994372|gb|CF806118.1|CF806118
genomic: TGTGTGCTGAGCTATGTGCAGATAACCATGCATTAACAAGAGACGACCAGgtattttagg ... ttcccctcagGATAACTATGCAATTCAGAGTTTTGAACGTGGAATTGCTGCCCAAGAAAGT
EST: TGTGTGCTGAGCTATGTGCAGATAACCATGCATTAACAAGAGACGACCAG GATAACTATGCAATTCAGAGTTTTGAACGTGGAATTGCTGCCCAAGAAAGT
genomic: TGTGTGCTGAGCTATGTGCAGATAACCATGCATTAACAAGAGACGACCAGgtattttagg ... ttcccctcagGATAACTATGCAATTCAGAGTTTTGAACGTGGAATTGCTGCCCAAGAAAGT
tttcggcaggaccattgtaatcaattttttgttgatgtctctgttttcccctcagGATAACTATGCAATTCAGAGTTTTGAACGTGGAATTGCTGCCCAAGAAAGTGGTGCCTTTTCATGGGAAATTGCTCCAGTTGAAGTCTCTGGTGGAAGAG
tgttgat putative branch site (score: 4)
tgtctctgttttcccc CT-rich tract
attgtaatcaattttt TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| gtattttaggattaatttctgttcagaaaggtttcggcaggaccattgtaatcaattttttgttgatgtctctgttttcccctcagGATAACTATGCAATTCAGAGTTTTGAACGTGGAATTGCTGCCCAAGAAAGTGGTGCCTTTTCATGGGAAATTGCTCCAGTTGAAGTCTCTGGTGGAAGAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TTGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGGTGG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGTGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAAGA