1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' |
gttaatacccatttcaagagtttttatatttttttacttgttattttgaactcctgtttgaccatacttgacatcatgtagACGGGTGATTTGAAGGAAAAGCTTAAAGATATTACGTCCAAGCAGTAAAAGGACGAGTAATGTGATGAAATTCAAAGAGAGTGAGGTAGTTTAGACAAAC
species | Glycine max |
transcript | GLYMA13G44000.2 |
intron # | 4 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: TTAAGGGAGAGTTTATCGGTGGATCAGATATTGTTCTTAATATGCATCAG ACGGGTGATTTGAAGGAAAAGCTTAAAGATATTACGTCCAAGCAGTAAAAGEST: gi|151403951|gb|EV273761.1|EV273761
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EST: TTAAGGGAGAGTTTATCGGTGGATCAGATATTGTTCTTAATATGCGTCAG ACGGGTGATTTGAAGGAAAAGCCTAAAGATATTACGTCCAAGCAGTAAAAGEST: gi|208136320|gb|GD933246.1|GD933246
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EST: TTAAGGGAGAGTTTATCGGTGGATCAGATATTGTTCTTAATATGCATCAG ACGGGTGATTTGAAGGAAAAGCTTAAAGATATTACGTCCAAGCAGTAAAAGEST: gi|58019023|gb|CX705765.1|CX705765
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EST: TTAAGGGAGAGTTTATCGGTGGATCAGATATTGTTCTTAATATGCATCAG ACGGGTGATTTGAAGGAAAAGCTTAAAGATATTACGTCCAAGCAGTAAAAGEST: gi|58018776|gb|CX705518.1|CX705518
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EST: TTAAGGGAGAGTTTATCGGTGGATCAGATATTGTTCTTAATATGCATCAG ACGGGTGATTTGAAGGAAAAGCTTAAAGATATTACGTCCAAGCAGTAAAAGEST: gi|208240966|gb|GE037780.1|GE037780
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EST: TTAAGGGAGAGTTTATCGGTGGATCAGATATTGTTCTTAATATGCATCAG ACGGGTGATTTGAAGGAAAAGCTTAAAGATATTACGTCCAAGCAGTAEST: gi|22541152|gb|BU090995.1|BU090995
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EST: TTAAGGGAGAGTTTATCGGTGGATCAGATATTGTTCTTAATATGCATCAG ACGGGTGATTTGAAGGAAAAGCTTAAAGATATTACGTCCAAGCAGTAAAAG
genomic: TTAAGGGAGAGTTTATCGGTGGATCAGATATTGTTCTTAATATGCATCAGgttaataccc ... catcatgtagACGGGTGATTTGAAGGAAAAGCTTAAAGATATTACGTCCAAGCAGTAAAAG
tatttttttacttgttattttgaactcctgtttgaccatacttgacatcatgtagACGGGTGATTTGAAGGAAAAGCTTAAAGATATTACGTCCAAGCAGTAAAAGGACGAGTAATGTGATGAAATTCAAAGAGAGTGAGGTAGTTTAGACAAAC
acttgac putative branch site (score: 4)
ttttacttgttatttt TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| gttaatacccatttcaagagtttttatatttttttacttgttattttgaactcctgtttgaccatacttgacatcatgtagACGGGTGATTTGAAGGAAAAGCTTAAAGATATTACGTCCAAGCAGTAAAAGGACGAGTAATGTGATGAAATTCAAAGAGAGTGAGGTAGTTTAGACAAAC
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