1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' |
gtaagactttgtgttgcatgatgtgctacattcatttagaaaattatgtagctccatttgatgtaattttcttatgcttatagGAACTATAGCTGGCGTTTATGTTGGAATGGAATATGGGGTAGAGAGGATCCGTGGCACCAGAGATTGGGTAATTCTCTCCACAGG
species | Glycine max |
transcript | GLYMA13G41110.2 |
intron # | 4 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: TTGAAGAAGATGTGCAAAGAAGGTGTATATTGGG GAACTATAGCTGGCGTTTTATGTTGGAAEST: gi|208084810|gb|GD881064.1|GD881064
genomic: TTGAAGAAGATGTGCAAAGAAGGTGTATATTGGGgtaagacttt ... atgcttatagGAACTATAGCTGGCGTTT-ATGTTGGAA
EST: TTGAAGAAGATGTGCAAAGAAGGTGTATATTGGG GAACTATAGCTGGCGTTTATGTTGGAATGGAATAEST: gi|6727034|gb|AW311388.1|AW311388
genomic: TTGAAGAAGATGTGCAAAGAAGGTGTATATTGGGgtaagacttt ... atgcttatagGAACTATAGCTGGCGTTTATGTTGGAATGGAATA
EST: ATGTGCAAAGAAGGTGTATATTGGG GAACTATAGCTGGCGTTTATGTTGGAATGGAATATGGGGTAGAGAGGATCC
genomic: ATGTGCAAAGAAGGTGTATATTGGGgtaagacttt ... atgcttatagGAACTATAGCTGGCGTTTATGTTGGAATGGAATATGGGGTAGAGAGGATCC
cattcatttagaaaattatgtagctccatttgatgtaattttcttatgcttatagGAACTATAGCTGGCGTTTATGTTGGAATGGAATATGGGGTAGAGAGGATCCGTGGCACCAGAGATTGGGTAATTCTCTCCACAGG
atttgat putative branch site (score: 5)
ttttcttat putative PPT
atttagaaaattatgt TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| gtaagactttgtgttgcatgatgtgctacattcatttagaaaattatgtagctccatttgatgtaattttcttatgcttatagGAACTATAGCTGGCGTTTATGTTGGAATGGAATATGGGGTAGAGAGGATCCGTGGCACCAGAGATTGGGTAATTCTCTCCACAGG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGAGG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGAGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGGAT