Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtaagactttgtgttgcatgatgtgctacattcatttagaaaattatgtagctccatttgatgtaattttcttatgcttatagGAACTATAGCTGGCGTTTATGTTGGAATGGAATATGGGGTAGAGAGGATCCGTGGCACCAGAGATTGG

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA13G41110.1
intron # 4
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GLYMA13G41110.1 (Glycine max), 3'ss of exon 4
lower sequence: Vv06s0004g04700.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 4
--------------------------------------------------------------gtaagactttgtgttgcatgatgtgctacattcatttagaaaattatgtagctccatttgatgtaattttctt-atgcttatagGAACTATAGCTGGCGTTTATGTTGGAATGGAATATGGGGTAGAGAGGATCCGTGGCACCAGAGATTGG
                                                              | |||   |  | || ||  | |    |  ||  |||  ||||| | | |   |  |  ||  |  |||| || |     | ||||||  ||||||| || ||||| |||||||| |||||||  |||||||| |||||||||||||| |||
gtaagcataagcagttttgcatactgtaacttattgaaaaaaacctgttttgtacgaggcatgaaagctatctttttccagtaagcttcagttttctttgcaaaatgaggaacaacactgagaactccttttgttcacatcaacagGAACCGTAGCTGGAGTATATGTGGGAATGGAGTATGGGGCGGAGAGGATTCGTGGCACCAGAGACTGG
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|151393247|gb|EV263122.1|EV263122
EST:     TTGAAGAAGATGTGCAAAGAAGGTGTATATTGGG                         GAACTATAGCTGGCGTTTATGTTGGAATGGAATATGGGGTAGAGAGGATCC
genomic: TTGAAGAAGATGTGCAAAGAAGGTGTATATTGGGgtaagacttt ... atgcttatagGAACTATAGCTGGCGTTTATGTTGGAATGGAATATGGGGTAGAGAGGATCC
EST: gi|7145805|gb|AW507727.1|AW507727
EST:     TTGAAGAAGATGTGCAAAGAAGGTGTATATTGGG                         GAACTATAGCTGGCGTTTATGTTGGAATGGAATATGGGGTAGAGAGGATCC
genomic: TTGAAGAAGATGTGCAAAGAAGGTGTATATTGGGgtaagacttt ... atgcttatagGAACTATAGCTGGCGTTTATGTTGGAATGGAATATGGGGTAGAGAGGATCC
EST: gi|207836538|gb|GD805751.1|GD805751
EST:     TTGAAGAAGATGTGCAAAGAAGGTGTATATTGGG                         GAACTATAGCTGGCGTTTTATGTTGGAA
genomic: TTGAAGAAGATGTGCAAAGAAGGTGTATATTGGGgtaagacttt ... atgcttatagGAACTATAGCTGGCGTTT-ATGTTGGAA
EST: gi|298163842|gb|HO012575.1|HO012575
EST:     TTGAAGAAGATGTGCAAAGAAGGTGTATATTGGG                         GAACTATAGCTGGCGTTTATGTTGGAATGGAATATGGGGTAGAGAGGATCC
genomic: TTGAAGAAGATGTGCAAAGAAGGTGTATATTGGGgtaagacttt ... atgcttatagGAACTATAGCTGGCGTTTATGTTGGAATGGAATATGGGGTAGAGAGGATCC
EST: gi|193333062|gb|FK300808.1|FK300808
EST:     TTGAAGAAGATGTGCAAAGAAGGTGTATATTGGG                         GAACTATAGCTGGCGTTTATGTTGGAATGGAATATGGGGTAGAGAGGATCC
genomic: TTGAAGAAGATGTGCAAAGAAGGTGTATATTGGGgtaagacttt ... atgcttatagGAACTATAGCTGGCGTTTATGTTGGAATGGAATATGGGGTAGAGAGGATCC
EST: gi|209698806|gb|BW675734.1|BW675734
EST:     TTGAAGAAGATGTGCAAAGAAGGTGTATATTGGG                         GAACTATAGCTGGCGTTTATGTTGGAATGGAATATGGGGTAGAGAGGATCC
genomic: TTGAAGAAGATGTGCAAAGAAGGTGTATATTGGGgtaagacttt ... atgcttatagGAACTATAGCTGGCGTTTATGTTGGAATGGAATATGGGGTAGAGAGGATCC
EST: gi|208084381|gb|GD880551.1|GD880551
EST:     TTGAAGAAGATGTGCAAAGAAGGTGTATATTGGG                         GAACTATAGCTGGCGTTTATGTTGGAATGGAATATGGGGTAGAGAGGATCC
genomic: TTGAAGAAGATGTGCAAAGAAGGTGTATATTGGGgtaagacttt ... atgcttatagGAACTATAGCTGGCGTTTATGTTGGAATGGAATATGGGGTAGAGAGGATCC
EST: gi|193711572|gb|FK643037.1|FK643037
EST:     TTGAAGAAGATGTGCAAAGAAGGTGTATATTGGG                         GAACTATAGCTGGCGTTTATGTTGGAATGGAATATGGGGTAGAGAGGATCC
genomic: TTGAAGAAGATGTGCAAAGAAGGTGTATATTGGGgtaagacttt ... atgcttatagGAACTATAGCTGGCGTTTATGTTGGAATGGAATATGGGGTAGAGAGGATCC
EST: gi|298164926|gb|HO010923.1|HO010923
EST:     TTGAAGAAGATGTGCAAAGAAGGTGTATATTGGG                         GAACTATAGCTGGCGTTTATGTTGGAATGGAATATGGGGTAGAGAGGATCC
genomic: TTGAAGAAGATGTGCAAAGAAGGTGTATATTGGGgtaagacttt ... atgcttatagGAACTATAGCTGGCGTTTATGTTGGAATGGAATATGGGGTAGAGAGGATCC
EST: gi|9205325|gb|BE331549.1|BE331549
EST:     TTGAAGAAGATGTGCAAAGAAGGTGTATATTGGG                         GAACTATAGCTGGCGTTTATGTTGGAATGGAATATGGGGTAGAGAGGATNC
genomic: TTGAAGAAGATGTGCAAAGAAGGTGTATATTGGGgtaagacttt ... atgcttatagGAACTATAGCTGGCGTTTATGTTGGAATGGAATATGGGGTAGAGAGGATCC
EST: gi|192326268|gb|FK015845.1|FK015845
EST:     TTGAAGAAGATGTGCAAAGAAGGTGTATATTGGG                         GAACTATAGCTGGCGTTTATGTTGGAATGGAATATGGGGTAGAGAGGATCC
genomic: TTGAAGAAGATGTGCAAAGAAGGTGTATATTGGGgtaagacttt ... atgcttatagGAACTATAGCTGGCGTTTATGTTGGAATGGAATATGGGGTAGAGAGGATCC
EST: gi|15663192|gb|BI700563.1|BI700563
EST:     TTGAAGAAGATGTGCAAAGAAGGTGTATATTGGG                         GAACTATAGCTGGCGTTTATGTTGGAATGGAATATGGGGTAGAGAGGATCC
genomic: TTGAAGAAGATGTGCAAAGAAGGTGTATATTGGGgtaagacttt ... atgcttatagGAACTATAGCTGGCGTTTATGTTGGAATGGAATATGGGGTAGAGAGGATCC
EST: gi|254346962|gb|GR856684.1|GR856684
EST:     TTGAAGAAGATGTGCAAAGAAGGTGTATATTGGG                         GAACTATAGCTGGCGTTTATGTTGGAATGGAATATGGGGTAGAGAGGATCC
genomic: TTGAAGAAGATGTGCAAAGAAGGTGTATATTGGGgtaagacttt ... atgcttatagGAACTATAGCTGGCGTTTATGTTGGAATGGAATATGGGGTAGAGAGGATCC
EST: gi|298163921|gb|HO013566.1|HO013566
EST:     TTGAAGAAGATGTGCAAAGAAGGTGTATATTGGG                         GAACTATAGCTGGCGTTTATGTTGGAATGGAATATGGGGTAGAGAGGATCC
genomic: TTGAAGAAGATGTGCAAAGAAGGTGTATATTGGGgtaagacttt ... atgcttatagGAACTATAGCTGGCGTTTATGTTGGAATGGAATATGGGGTAGAGAGGATCC
EST: gi|254344721|gb|GR851311.1|GR851311
EST:     TTGAAGAAGATGTGCAAAGAAGGTGTATATTGGG                         GAACTATAGCTGGCGTTTATGTTGGAATGGAATATGGGGTAGAGAGGATCC
genomic: TTGAAGAAGATGTGCAAAGAAGGTGTATATTGGGgtaagacttt ... atgcttatagGAACTATAGCTGGCGTTTATGTTGGAATGGAATATGGGGTAGAGAGGATCC
EST: gi|151400903|gb|EV270717.1|EV270717
EST:     TTGAAGAAGATGTGCAAAGAAGGTGTATATTGGG                         GAACTATAGCTTGCGTTTATGTTGGAATGGAATATGGGGTAGAGAGGATCC
genomic: TTGAAGAAGATGTGCAAAGAAGGTGTATATTGGGgtaagacttt ... atgcttatagGAACTATAGCTGGCGTTTATGTTGGAATGGAATATGGGGTAGAGAGGATCC
EST: gi|21888132|gb|BQ741345.1|BQ741345
EST:     TTGAAGAAGATGTGCAAAGAAGGTGTATATTGGG                         GAACTATAGCTGGCGTTTATGTTGGAATGGAATATGGGGTAGAGAGGATCC
genomic: TTGAAGAAGATGTGCAAAGAAGGTGTATATTGGGgtaagacttt ... atgcttatagGAACTATAGCTGGCGTTTATGTTGGAATGGAATATGGGGTAGAGAGGATCC
EST: gi|298175659|gb|HO015178.1|HO015178
EST:     TTGAAGAAGATGTGCAAAGAAGGTGTATATTGGG                         GAACTATAGCTGGCGTTTATGTTGGAATGGAATATGGGGTAGAGAGGATCC
genomic: TTGAAGAAGATGTGCAAAGAAGGTGTATATTGGGgtaagacttt ... atgcttatagGAACTATAGCTGGCGTTTATGTTGGAATGGAATATGGGGTAGAGAGGATCC
EST: gi|254346963|gb|GR856685.1|GR856685
EST:     TTGAAGAAGATGTGCAAAGAAGGTGTATATTGGG                         GAACTATAGCTGGCGTTTATGTTGGAATGGAATATGGGGTAGAGAGGATCC
genomic: TTGAAGAAGATGTGCAAAGAAGGTGTATATTGGGgtaagacttt ... atgcttatagGAACTATAGCTGGCGTTTATGTTGGAATGGAATATGGGGTAGAGAGGATCC
EST: gi|10256009|gb|BE823775.1|BE823775
EST:     TTGAAGAAGATGTGCAAAGAAGGTGTATATTGGG                         GAACTATAGCTGGCGTTTATGTTGGAATGGAATATGGGGTAGAGAGGATCC
genomic: TTGAAGAAGATGTGCAAAGAAGGTGTATATTGGGgtaagacttt ... atgcttatagGAACTATAGCTGGCGTTTATGTTGGAATGGAATATGGGGTAGAGAGGATCC
EST: gi|192323064|gb|FK016315.1|FK016315
EST:     TTGAAGAAGATGTGCAGAGAAGGTGTATATTGGG                         GAACTATAGCTGGCGTTTATGCTGGAATGGAATATGGGGTAGAGAGGATCC
genomic: TTGAAGAAGATGTGCAAAGAAGGTGTATATTGGGgtaagacttt ... atgcttatagGAACTATAGCTGGCGTTTATGTTGGAATGGAATATGGGGTAGAGAGGATCC
EST: gi|208084810|gb|GD881064.1|GD881064
EST:     TTGAAGAAGATGTGCAAAGAAGGTGTATATTGGG                         GAACTATAGCTGGCGTTTATGTTGGAATGGAATA
genomic: TTGAAGAAGATGTGCAAAGAAGGTGTATATTGGGgtaagacttt ... atgcttatagGAACTATAGCTGGCGTTTATGTTGGAATGGAATA
EST: gi|6454783|gb|AW185466.1|AW185466
EST:     TTGAAGAAGATGTGCAAAGAAGGTGTATATTGGG                         GAACTATAGCTGGCGTTTATGTTGGAATGGAATATGGGGTAGAGAGGATCC
genomic: TTGAAGAAGATGTGCAAAGAAGGTGTATATTGGGgtaagacttt ... atgcttatagGAACTATAGCTGGCGTTTATGTTGGAATGGAATATGGGGTAGAGAGGATCC
EST: gi|192326659|gb|FK017316.1|FK017316
EST:     TTGAAGAAGATGTGCAAAGAAGGTGTATATTGGG                         GAACTATAGCTGGCGTTTATGTTGGAATGGAATATGGGGTAGAGAGGATCC
genomic: TTGAAGAAGATGTGCAAAGAAGGTGTATATTGGGgtaagacttt ... atgcttatagGAACTATAGCTGGCGTTTATGTTGGAATGGAATATGGGGTAGAGAGGATCC
EST: gi|209698805|gb|BW675733.1|BW675733
EST:     TTGAAGAAGATGTGCAAAGAAGGTGTATATTGGG                         GAACTATAGCTGGCGTTTATGTTGGAATGGAATATGGGGTAGAGAGGATCC
genomic: TTGAAGAAGATGTGCAAAGAAGGTGTATATTGGGgtaagacttt ... atgcttatagGAACTATAGCTGGCGTTTATGTTGGAATGGAATATGGGGTAGAGAGGATCC
EST: gi|298197536|gb|HO045015.1|HO045015
EST:     TTGAAGAAGATGTGCAAAGAAGGTGTATATTGGG                         GAACTATAGCTGGCGTTTATGTTGGAATGGAATATGGGGTAGAGAGGATCC
genomic: TTGAAGAAGATGTGCAAAGAAGGTGTATATTGGGgtaagacttt ... atgcttatagGAACTATAGCTGGCGTTTATGTTGGAATGGAATATGGGGTAGAGAGGATCC
EST: gi|193351154|gb|FK316730.1|FK316730
EST:     TTGAAGAAGATGTGCAAAGAAGGTGTATATTGGG                         GAACTATAGCTGGCGTTTATGTTGGAATGGAATATGGGGTAGAGAGGATCC
genomic: TTGAAGAAGATGTGCAAAGAAGGTGTATATTGGGgtaagacttt ... atgcttatagGAACTATAGCTGGCGTTTATGTTGGAATGGAATATGGGGTAGAGAGGATCC
EST: gi|298195162|gb|HO043690.1|HO043690
EST:     TTGAAGAAGATGTGCAAAGAAGGTGTATATTGGG                         GAACTATAGCTGGCATTTATGTTGGAATGGAATATGGGGTAGAGAGGATCC
genomic: TTGAAGAAGATGTGCAAAGAAGGTGTATATTGGGgtaagacttt ... atgcttatagGAACTATAGCTGGCGTTTATGTTGGAATGGAATATGGGGTAGAGAGGATCC
EST: gi|151395761|gb|EV265638.1|EV265638
EST:     TTGAAGAAGATGTGCAAAGAAGGTGTATATTGGG                         GAACTATAGCTGGCGTTTATGTTGGAATGGAATATGGGGTAAAGAGGATCC
genomic: TTGAAGAAGATGTGCAAAGAAGGTGTATATTGGGgtaagacttt ... atgcttatagGAACTATAGCTGGCGTTTATGTTGGAATGGAATATGGGGTAGAGAGGATCC
EST: gi|298171379|gb|HO016411.1|HO016411
EST:     TTGAGGAAGATGTGCAAAGAAGGTGTATATTGGG                         GAACTATAGCTGGCGTTTATGTTGGAATGGAATATGGGGTAGAGAGGATCC
genomic: TTGAAGAAGATGTGCAAAGAAGGTGTATATTGGGgtaagacttt ... atgcttatagGAACTATAGCTGGCGTTTATGTTGGAATGGAATATGGGGTAGAGAGGATCC
EST: gi|208294332|gb|GE092163.1|GE092163
EST:     TTGAAGAAGATGTGCAAAGAAGGTGTATATTGGG                         GAACTATAGCTGGCGTTTATGTTGGAATGGAATATGGGGTAGAGAGGATCC
genomic: TTGAAGAAGATGTGCAAAGAAGGTGTATATTGGGgtaagacttt ... atgcttatagGAACTATAGCTGGCGTTTATGTTGGAATGGAATATGGGGTAGAGAGGATCC
EST: gi|163921384|gb|EH038948.1|EH038948
EST:     TTGAAGAAGATGTGCAAAGAAGGTGTATATTGGG                         GAACTATAGCTGGCGTTTATGTTGGAATGGAATATGGGGTAGAGAGGATCC
genomic: TTGAAGAAGATGTGCAAAGAAGGTGTATATTGGGgtaagacttt ... atgcttatagGAACTATAGCTGGCGTTTATGTTGGAATGGAATATGGGGTAGAGAGGATCC


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

cattcatttagaaaattatgtagctccatttgatgtaattttcttatgcttatagGAACTATAGCTGGCGTTTATGTTGGAATGGAATATGGGGTAGAGAGGATCCGTGGCACCAGAGATTGG
                           atttgat  putative branch site (score: 5)
                                      ttttcttat  putative PPT
     atttagaaaattatgt  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
gtaagactttgtgttgcatgatgtgctacattcatttagaaaattatgtagctccatttgatgtaattttcttatgcttatagGAACTATAGCTGGCGTTTATGTTGGAATGGAATATGGGGTAGAGAGGATCCGTGGCACCAGAGATTGG

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGAGG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  AGAGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGGAT