Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtgcgtaagctctataggataggataacatctaattgggtttatacttaattgatctttgattttgtcttttgcttaagttcatacttatggtcaaggcaacctaaccttgaagtttatgcttgtagGTTCTCTTGGGGTTCTCTGTACTCGTTGGTGCTAGTGCTTGGGTGGATCTACTG

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA13G27600.1
intron # 4
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|9985769|gb|BE659877.1|BE659877
EST:     ACATGAGCTTCCTGGGTCTCTTTACTTTCACTGCTGCCTACCTTCCATGG                         GTTCTCTTGGGGTTCTCTGTACTCGTTGGTGCTAGTGCTTGGGTGGATCTA
genomic: ACATGAGCTTCCTGGGTCTCTTTACTTTCACTGCTGCCTACCTTCCATGGgtgcgtaagc ... atgcttgtagGTTCTCTTGGGGTTCTCTGTACTCGTTGGTGCTAGTGCTTGGGTGGATCTA
EST: gi|192308645|gb|FG999726.1|FG999726
EST:     ACATGAGCTTCCTGGGTCTCTTTACTTTCACTGCTGCCTACCTTCCATGG                         GTTCTCTTGGGGTTCTCTGTACTCGTTGGTGCTAGTGCTTGGGTGGATCTA
genomic: ACATGAGCTTCCTGGGTCTCTTTACTTTCACTGCTGCCTACCTTCCATGGgtgcgtaagc ... atgcttgtagGTTCTCTTGGGGTTCTCTGTACTCGTTGGTGCTAGTGCTTGGGTGGATCTA
EST: gi|192308646|gb|FG999727.1|FG999727
EST:     ACATGAGCTTCCTGGGTCTCTTTACTTTCACTGCTGCCTACCTTCCATGG                         GTTCTCTTGGGGTTCTCTGTACTCGTTGGTGCTAGTGCTTGGGTGGATCTA
genomic: ACATGAGCTTCCTGGGTCTCTTTACTTTCACTGCTGCCTACCTTCCATGGgtgcgtaagc ... atgcttgtagGTTCTCTTGGGGTTCTCTGTACTCGTTGGTGCTAGTGCTTGGGTGGATCTA
EST: gi|209699836|gb|BW661133.1|BW661133
EST:     ACATGAGCTTCCTGGGTCTCTTTACTTTCACTGCTGCCTACCTTCCATGG                         GTTCTCTTGGGGTTCTCTGTACTCGTTGGTGCTAGTGCTTGGGTGGATCTA
genomic: ACATGAGCTTCCTGGGTCTCTTTACTTTCACTGCTGCCTACCTTCCATGGgtgcgtaagc ... atgcttgtagGTTCTCTTGGGGTTCTCTGTACTCGTTGGTGCTAGTGCTTGGGTGGATCTA
EST: gi|17963180|gb|BM269932.1|BM269932
EST:     ACATGAGCTTCCTGGGTCTCTTTACTTTCACTGCTGCCTACCTTCCATGG                         GTTCTCTTGGGGTTCTCTGTACTCGTTGGTGCTAGTGCTTGGGTGGATCTA
genomic: ACATGAGCTTCCTGGGTCTCTTTACTTTCACTGCTGCCTACCTTCCATGGgtgcgtaagc ... atgcttgtagGTTCTCTTGGGGTTCTCTGTACTCGTTGGTGCTAGTGCTTGGGTGGATCTA
EST: gi|192327521|gb|FK018197.1|FK018197
EST:     ACATGAGCTTCCTGGGTCTCTTTACTTTCACTGCTGCCTACCTTCCATGG                         GTTCTCTTGGGGTTCTCTGTACTCGTTGGTGCTAGTGCTTGGGTGGATCTA
genomic: ACATGAGCTTCCTGGGTCTCTTTACTTTCACTGCTGCCTACCTTCCATGGgtgcgtaagc ... atgcttgtagGTTCTCTTGGGGTTCTCTGTACTCGTTGGTGCTAGTGCTTGGGTGGATCTA
EST: gi|298194426|gb|HO041074.1|HO041074
EST:     ACATGAGCTTCCTGGGTCTCTTTACTTTCACTGCTGCCTACCTTCCATGG                         GTTCTCTTGGGGTTCTCTGTACTCGTTGGTGCTAGTGCTTGG
genomic: ACATGAGCTTCCTGGGTCTCTTTACTTTCACTGCTGCCTACCTTCCATGGgtgcgtaagc ... atgcttgtagGTTCTCTTGGGGTTCTCTGTACTCGTTGGTGCTAGTGCTTGG
EST: gi|208053906|gb|GD853147.1|GD853147
EST:     ACATGAGCTTCCTGGGTCTCTTTACTTTCACTGCTGCCTACCTTCCATGG                         GTTCTCTTGGGGTTCTCTGTACTCGTTGGTGCTAGTGCTTGGGTGGATCTA
genomic: ACATGAGCTTCCTGGGTCTCTTTACTTTCACTGCTGCCTACCTTCCATGGgtgcgtaagc ... atgcttgtagGTTCTCTTGGGGTTCTCTGTACTCGTTGGTGCTAGTGCTTGGGTGGATCTA
EST: gi|298181034|gb|HO022473.1|HO022473
EST:     ACATGAGCTTCCTGGGTCTCTTTACTTTCGCTGCTGCCTACCTTCCATGG                         GTTCTCTTGGGGTTCTCTGTACTCGTTGGTGCTAGTGCTTGGGTGGATCTA
genomic: ACATGAGCTTCCTGGGTCTCTTTACTTTCACTGCTGCCTACCTTCCATGGgtgcgtaagc ... atgcttgtagGTTCTCTTGGGGTTCTCTGTACTCGTTGGTGCTAGTGCTTGGGTGGATCTA
EST: gi|192319097|gb|FK010633.1|FK010633
EST:     ACATGAGCTTCCTGGGTCTCTTTACTTTCACTGCTGCCTACCTTCCATGG                         GTTCTCTTGGGGTTCTCTGTACTCGTTGGTGCTAGTGCTTGGGTGGATCTA
genomic: ACATGAGCTTCCTGGGTCTCTTTACTTTCACTGCTGCCTACCTTCCATGGgtgcgtaagc ... atgcttgtagGTTCTCTTGGGGTTCTCTGTACTCGTTGGTGCTAGTGCTTGGGTGGATCTA
EST: gi|192319098|gb|FK010634.1|FK010634
EST:     ACATGAGCTTCCTGGGTCTCTTTACTTTCACTGCTGCCTACCTTCCATGG                         GTTCTCTTGGGGTTCTCTGTACTCGTTGGTGCTAGTGCTTGGGTGGATCTA
genomic: ACATGAGCTTCCTGGGTCTCTTTACTTTCACTGCTGCCTACCTTCCATGGgtgcgtaagc ... atgcttgtagGTTCTCTTGGGGTTCTCTGTACTCGTTGGTGCTAGTGCTTGGGTGGATCTA
EST: gi|193493524|gb|FK460540.1|FK460540
EST:     ACATGAGCTTCCTGGGTCTCTTTACTTTCACTGCCGCCTACCTTCCATGG                         GTTCTCTTGGGGTTCTCTGTACTCGTTGGTGCTAGTGCTTGGGTGGATCTA
genomic: ACATGAGCTTCCTGGGTCTCTTTACTTTCACTGCTGCCTACCTTCCATGGgtgcgtaagc ... atgcttgtagGTTCTCTTGGGGTTCTCTGTACTCGTTGGTGCTAGTGCTTGGGTGGATCTA
EST: gi|192305754|gb|FG995710.1|FG995710
EST:     ACATGAGCTTCCTGGGTCTCTTTACTTTCACTGCTGCCTACCTTCCATGG                         GTTCTCTTGGGGTTCTCTGTACTCGTTGGTGCTAGTGCTTGGGTGGATCTA
genomic: ACATGAGCTTCCTGGGTCTCTTTACTTTCACTGCTGCCTACCTTCCATGGgtgcgtaagc ... atgcttgtagGTTCTCTTGGGGTTCTCTGTACTCGTTGGTGCTAGTGCTTGGGTGGATCTA
EST: gi|51336889|gb|CO980755.1|CO980755
EST:     ACATGAGCTTCCTGGGTCTCTTTACTTTCACTGCTGCCTACCTTCCATGG                         GTTCTCTTGGGGTTCTCTGTACTCGTTGGTGCTAGTGCTTGGGTGGATCTA
genomic: ACATGAGCTTCCTGGGTCTCTTTACTTTCACTGCTGCCTACCTTCCATGGgtgcgtaagc ... atgcttgtagGTTCTCTTGGGGTTCTCTGTACTCGTTGGTGCTAGTGCTTGGGTGGATCTA
EST: gi|6913128|gb|AW394658.1|AW394658
EST:     ACATGAGCTTCCTGGGTCTCTTTACTTTCACTGCTGCCTACCTTCCATGG                         GTTCTCTTGGGGTTCTCTGTACTCGTTGGTGCTAGTGCTTGGGTGGATCTA
genomic: ACATGAGCTTCCTGGGTCTCTTTACTTTCACTGCTGCCTACCTTCCATGGgtgcgtaagc ... atgcttgtagGTTCTCTTGGGGTTCTCTGTACTCGTTGGTGCTAGTGCTTGGGTGGATCTA
EST: gi|11688280|gb|BF595956.1|BF595956
EST:     ACATGAGCTTCCTGGGTCTCTTTACTTTCACTGCTGCCTACCTTCCATGG                         GTTCTCTTGGGGTTCTCTGTACTCGTTGGTGCTAGTGCTTGGGTGGATCTA
genomic: ACATGAGCTTCCTGGGTCTCTTTACTTTCACTGCTGCCTACCTTCCATGGgtgcgtaagc ... atgcttgtagGTTCTCTTGGGGTTCTCTGTACTCGTTGGTGCTAGTGCTTGGGTGGATCTA
EST: gi|192294844|gb|FG987533.1|FG987533
EST:     ACATGAGCTTCCTGGGTCTCTTTACTTTCACTGCTGCCTACCTTCCATGG                         GTTCTCTTGGGGTTCTCTGTACTCGTTGGTGCTAGTGCTTGGGTGGATCTA
genomic: ACATGAGCTTCCTGGGTCTCTTTACTTTCACTGCTGCCTACCTTCCATGGgtgcgtaagc ... atgcttgtagGTTCTCTTGGGGTTCTCTGTACTCGTTGGTGCTAGTGCTTGGGTGGATCTA


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

gcttaagttcatacttatggtcaaggcaacctaaccttgaagtttatgcttgtagGTTCTCTTGGGGTTCTCTGTACTCGTTGGTGCTAGTGCTTGGGTGGATCTACTG
                            acctaac  putative branch site (score: 2)
          atacttat  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
gtgcgtaagctctataggataggataacatctaattgggtttatacttaattgatctttgattttgtcttttgcttaagttcatacttatggtcaaggcaacctaaccttgaagtttatgcttgtagGTTCTCTTGGGGTTCTCTGTACTCGTTGGTGCTAGTGCTTGGGTGGATCTACTG

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGTGGA