1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' |
gtatcttaccactaatccatgcatgtttggaaatcatctcatgttttcaaaacaagttgaactaaaacatgcactaaaaccaattgttactttttggacttctattatagtttaatgatttctgttagctaatggggtgcatatgttttggaatttcagCGGATGGATTATCCATACCAGAAGAGGAAAAAAATGCTTATGAATGGCTACAAGAGAGGGAGGAACTTGAAGACTTAGAAGTTAATGGAAAAATGTACAA
species | Glycine max |
transcript | GLYMA13G05230.1 |
intron # | 4 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: AGGCAGACACTGCACATACTACCACAATTTCCCCTTTTCCAACTTTTCAG CGGATGGATTATCCATACCAGAAGAGGNNNNNNNTGCTTATGAATGGCTACEST: gi|254349262|gb|GR860060.1|GR860060
genomic: AGGCAGACACTGCACATACTACCACAATTTCCCCTTTTCCAACTTTTCAGgtatcttacc ... ggaatttcagCGGATGGATTATCCATACCAGAAGAGGAAAAAAATGCTTATGAATGGCTAC
EST: AGGCAGACACTGCACATACTACCACAATTTCCCCTTTTCCAACTTTTCAG CGGATGGAT-ATCCATACCAGA-GAG-AAAAAA-TGCTTATGAATGGCTACEST: gi|254339339|gb|GR848056.1|GR848056
genomic: AGGCAGACACTGCACATACTACCACAATTTCCCCTTTTCCAACTTTTCAGgtatcttacc ... ggaatttcagCGGATGGATTATCCATACCAGAAGAGGAAAAAAATGCTTATGAATGGCTAC
EST: AGGCAGACACTGCACATACTACCACAATTTCCCCTTTTCCAACTTTTCAG CGGATGGATTATCCATACCAGAAGAGGNNNNNNNTGCTTATGAATGGCTAC
genomic: AGGCAGACACTGCACATACTACCACAATTTCCCCTTTTCCAACTTTTCAGgtatcttacc ... ggaatttcagCGGATGGATTATCCATACCAGAAGAGGAAAAAAATGCTTATGAATGGCTAC
ttatagtttaatgatttctgttagctaatggggtgcatatgttttggaatttcagCGGATGGATTATCCATACCAGAAGAGGAAAAAAATGCTTATGAATGGCTACAAGAGAGGGAGGAACTTGAAGACTTAGAAGTTAATGGAAAAATGTACAA
agctaat putative branch site (score: 3)
tttaatgattt TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| gtatcttaccactaatccatgcatgtttggaaatcatctcatgttttcaaaacaagttgaactaaaacatgcactaaaaccaattgttactttttggacttctattatagtttaatgatttctgttagctaatggggtgcatatgttttggaatttcagCGGATGGATTATCCATACCAGAAGAGGAAAAAAATGCTTATGAATGGCTACAAGAGAGGGAGGAACTTGAAGACTTAGAAGTTAATGGAAAAATGTACAA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGAGG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TTGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGAAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGAAGT