Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtgagctgattttgtttggtttaattttttattgcgtacactgtttccattttttcatgtcttgacctttgtctcactgagatgacattgttggcagCTGAGGGTGCTGAAAATGGCTTGGAATTCACAATTGTGAGGCCTTTTAATTGGATTGGACCACGAATGGATTTCATTCCCGGCATTGATGGCCCAAGTGA

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA12G30490.2
intron # 4
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GLYMA12G30490.2 (Glycine max), 3'ss of exon 4
lower sequence: LOC_Os01g73790.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 4
gtgagctgattttgtttggtttaattttttattgcgtacactgtttccattttttcatgtcttgacctttgtctcactgagatgacattgttggcagCTGAGGGTGCTGAAAATGGCTTGGAATTCACAATTGTGAGGCCTTTTAATTGGATTGGACCACGAATGGATTTCATTCCCGGCATTGATGGCCCAAGTGA
               |  ||  | |   || |    | || |||    |  |   ||  |  | ||| |   ||   ||||       | |   ||||||| || || ||||||||| | || |||||||||||||| ||||| ||||||||||||||| ||||||| || ||||| ||  ||||||| || |||||
--------------gtgagtgcagtaacttttgttattca-tgtcattacctgaacactttgtaaccgtgtgctttttgag------ctttaaccagCTGAAGGAGCAGAAAATGGCCTTGAGTTCACAATTGTGAGACCTTTCAATTGGATTGGACCAAGAATGGACTTTATTCCTGGTGTTGATGGTCCTAGTGA

upper sequence: GLYMA12G30490.2 (Glycine max), 3'ss of exon 4
lower sequence: GRMZM2G167872_T02 (Zea mays), 3'ss of exon 2
gtgagctgattttgtttggtttaattttttattgcgtacactgtttccattttttcatgtcttg-acctttgtctcactgagatgacattgt-tggcagCTGAGGGTGCTGAAAATGGCTTGGAATTCACAATTGTGAGGCCTTTTAATTGGATTGGACCACGAATGGATTTCATTCCCGGCATTGATGGCCCAAGTGA
    |    |   ||    |||     | |   ||  |     ||    || |  ||  ||||  |  ||| | ||| |  |||   | | | || ||||||||||||| ||||||||| | ||||||||||| ||||| ||||||||||||||||| ||| | |||||||||||||| ||  | ||||| || |||||
----gtcagtagagtaaaattttgcactgtgccgctgatggccttcttgttctaacacttcttttatgtttttgtcattttgatttgagtatctgccagCTGAGGGTGCAGAAAATGGCCTTGAATTCACAATCGTGAGACCTTTTAATTGGATTGGGCCAAGGATGGATTTCATTCCTGGTGTCGATGGTCCTAGTGA

upper sequence: GLYMA12G30490.2 (Glycine max), 3'ss of exon 4
lower sequence: GRMZM2G063949_T01 (Zea mays), 3'ss of exon 4
gtgagctgattttgtttggtttaattttttattgcgtacactgtttccattttttcatgtcttgaccttt---gtctcactgagatgacattgttggcagCTGAGGGTGCTGAAAATGGCTTGGAATTCACAATTGTGAGGCCTTTTAATTGGATTGGACCACGAATGGATTTCATTCCCGGCATTGATGGCCCAAGTGA
|| || | | || | ||| | |  |||   | || |||  ||| |    ||  |||  || || |   ||   |||    |   ||   |       ||||||| ||||| ||||||||| | || |||||||| ||||| ||||| ||||||||||||||| | ||||| |||||||| ||  ||||||| || |||||
gttag-taaattagcttgttatt-tttgccactgtgta-gctgatggtcttccttctcgttttaattattattgtcatttttttattgaacatccaccagCTGAAGGTGCAGAAAATGGCCTTGATTTCACAATCGTGAGACCTTTCAATTGGATTGGACCAAGGATGGACTTCATTCCTGGTGTTGATGGTCCTAGTGA

upper sequence: GLYMA12G30490.2 (Glycine max), 3'ss of exon 4
lower sequence: AT2G27860.1 (Arabidopsis thaliana), 3'ss of exon 4
gtgagctgattttgtttggtttaattttttattgcgtacactgtttccattttttcatgtcttgacctttgtctcactgagatgacattgttggcagCTGAGGGTGCTGAAAATGGCTTGGAATTCACAATTGTGAGGCCTTTTAATTGGATTGGACCACGAATGGATTTCATTCCCGGCATTGATGGCCCAAGTGA
                  ||     ||| | ||    |   ||||   |       | |  ||   |||    |||||    ||    |  || |||||||||||||||| |||||  | || ||||| || ||  | |||||||| |||||||||||  | ||||||||||| |||||||||||||| || || ||
------------------gtaagcatttctgtttaagatgatgttggtaaaaacaaaaggtttacacttaacttcact----tgtttcttgtgacagCTGAGGGTGCTGAGAATGGGCTTGAGTTCACCATCGTACGACCTTTTAACTGGATTGGACCTAGGATGGATTTCATCCCCGGCATTGATGGTCCTAGCGA

upper sequence: GLYMA12G30490.2 (Glycine max), 3'ss of exon 4
lower sequence: AT1G08200.1 (Arabidopsis thaliana), 3'ss of exon 4
gtgagctgattttgtttggtttaattttttattgcgtacactgtttccattttttcatgtcttgacctttgtctcac-tgagatgacattgttggcagCTGAGGGTGCTGAAAATGGCTTGGAATTCACAATTGTGAGGCCTTTTAATTGGATTGGACCACGAATGGATTTCATTCCCGGCATTGATGGCCCAAGTGA
                   | || |||| |    || |     |||   | |||  |       |    | |||||| | |  |     || | ||||||||||||||||| |||||  | || ||||| ||||| || || || || |||||||||||  | ||||||||||| || ||||||||||| || || ||
----------------gtatgtagttttcttacacgaaagaaattttt-tgtttctagacacaaaaaagtttctcacgtcacttttttctggttgcagCTGAGGGTGCTGAGAATGGACTCGAGTTCACCATTGTAAGACCATTCAACTGGATTGGACCTAGGATGGATTTCATCCCTGGCATTGATGGTCCTAGCGA

upper sequence: GLYMA12G30490.2 (Glycine max), 3'ss of exon 4
lower sequence: Vv06s0061g01120.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 4
gtgagctgattttgt--ttggttta-attttttattgcgtacactgtttccattttttcatgtcttgacctttgtctcactgagatgacattgttggcagCTGAGGGTGCTGAAAATGGCTTGGAATTCACAATTGTGAGGCCTTTTAATTGGATTGGACCACGAATGGATTTCATTCCCGGCATTGATGGCCCAAGTGA
|||||   | |||    | | | |  |  |||  | || | |     |  |||   | | | ||   |  ||| | |   |       |||||||  |||||||||||||||| |||| | | || ||||| ||||||||||| ||||| |||||||| ||  |||||||||| ||||| ||||||||||| || || ||
gtgagtgaacttttccatcgatctgtacgtttcttagcatgcgtgtgtatcatacatccttctc---atttttatttttttt------cattgtttacagCTGAGGGTGCTGAGAATGACCTAGAGTTCACCATTGTGAGGCCCTTTAACTGGATTGGGCCCAGAATGGATTTTATTCCTGGCATTGATGGTCCTAGCGA

upper sequence: GLYMA12G30490.2 (Glycine max), 3'ss of exon 4
lower sequence: Vv03s0017g00680.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 4
gtgagctgattttgtttggtttaattttttattgcgtacactgtttccattttttcatgtcttgacctttgtctcactgagatgacattgttggcagCTGAGGGTGCTGAAAATGGCTTGGAATTCACAATTGTGAGGCCTTTTAATTGGATTGGACCACGAATGGATTTCATTCCCGGCATTGATGGCCCAAGTGA
|||||   | |||  |   |  |  |   | || | ||   ||  ||  | |  | |  ||||     || | |   |   ||   ||| ||  ||||||| ||||| || |||||| | || ||||| ||||||||||||||||| |||||||| ||  |||||||||||||||| ||||||||||| || |||||
gtgagtcaacttt--tccatcaatctggatgtttcttaacatgcatctgtctcat-agatctttctaattttttttttattat--tattatttacagCTGAAGGTGCAGAGAATGGCCTAGAGTTCACCATTGTGAGGCCTTTTAACTGGATTGGGCCTAGAATGGATTTCATTCCTGGCATTGATGGTCCTAGTGA

upper sequence: GLYMA12G30490.2 (Glycine max), 3'ss of exon 4
lower sequence: PP1S379_19V6.1 (Physcomitrella patens), 3'ss of exon 2
--------------------------------------------------------------gtgagctgattttgtttggtttaattt---tttattgcgtacactgtttccattttttca----tgtcttgacct-ttgtctcactgagatgac-attgttg-gcagCTGAGGGTGCTGAAAATGGCTTGGAATTCACAATTGTGAGGCCTTTTAATTGGATTGGACCACGAATGGATTTCATTCCCGGCATTGATGGCCCAAGTGA
                                                              |  |  ||   |   |   || | | |   ||| |||  ||   |  | ||||| |  ||    ||| |||     ||||     |||       ||| | | | || ||| || ||||| |||||  || | ||||| || ||  | || || || |||||||| ||||| ||||||||||| || |||||||| || ||||||||
gtacgaaattaatcccgacattgttcctcctagctcaagtttctaaattcgggagtggaactgaaatatggggtctgtaaattgactctaggtttgttgtctagttttctgccattgtcacacaattgtgttggttcgttgtagtggtgaagcatttattttcgtgtagGTGAAGGAGCTGAGAATGGAATGAAGTTCACCATAGTTCGACCATTCAACTGGATTGGCCCACGCATGGATTTCATACCAGGCATTGACGGACCAAGTGA

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|9203920|gb|BE330144.1|BE330144
EST:     GAGATGGTCCTATGCCTGTGCTAAGCAGTTGATTGAGAGGCTTGTTTATG                         CTGAGGGTGCTGAAAATGGCTTGGAATTCACAATTGTGAGGCCTTTTAATT
genomic: GAGATGGTCCTATGCCTGTGCTAAGCAGTTGATTGAGAGGCTTGTTTATGgtgagctgat ... ttgttggcagCTGAGGGTGCTGAAAATGGCTTGGAATTCACAATTGTGAGGCCTTTTAATT
EST: gi|209702171|gb|BW664233.1|BW664233
EST:     GAGATGGTCCTATGCCTGTGCTAAGCAGTTGATTGAGAGGCTTGTTTATG                         CTGAGGGTGCTGAAAATGGCTTGGAATTCACAATTGTGAGGCCTTTTAATT
genomic: GAGATGGTCCTATGCCTGTGCTAAGCAGTTGATTGAGAGGCTTGTTTATGgtgagctgat ... ttgttggcagCTGAGGGTGCTGAAAATGGCTTGGAATTCACAATTGTGAGGCCTTTTAATT
EST: gi|10710286|gb|BF010010.1|BF010010
EST:     GAGATGGTCCTATGCCTGTGCTAAGCAGTTGATTGAGAGGCTTGTTTATG                         CTGAGGGTGCTGAAAATGGCTGGGAATTCACAATTGTGAGGGCCTTTTA-T
genomic: GAGATGGTCCTATGCCTGTGCTAAGCAGTTGATTGAGAGGCTTGTTTATGgtgagctgat ... ttgttggcagCTGAGGGTGCTGAAAATGGCTTGGAATTCACAATTGTGAGG-CCTTTTAAT
EST: gi|209710480|gb|BW662016.1|BW662016
EST:     GAGATGGTCCTATGCCTGTGCTAAGCAGTTGATTGAGAAGCTTGTTTATG                         CTGAGGGTGCTG
genomic: GAGATGGTCCTATGCCTGTGCTAAGCAGTTGATTGAGAGGCTTGTTTATGgtgagctgat ... ttgttggcagCTGAGGGTGCTG
EST: gi|7283473|gb|AW596080.1|AW596080
EST:     GAGATGGTCCTATGCCTGTGCTAAGCAGTTGATTGAGAGGCTTGTTTATG                         CTGAGGGTGCTGAAAATGGC
genomic: GAGATGGTCCTATGCCTGTGCTAAGCAGTTGATTGAGAGGCTTGTTTATGgtgagctgat ... ttgttggcagCTGAGGGTGCTGAAAATGGC
EST: gi|7924894|gb|AW830920.1|AW830920
EST:     GAGATGGTCCTATGCCTGTGCTAAGCAGTTGATTGAGAGGCTTGTTTATG                         CTGAGGGTGCTGAAAATGGCTTGGAATTCACAATTGTGAGGCCTTTTAATT
genomic: GAGATGGTCCTATGCCTGTGCTAAGCAGTTGATTGAGAGGCTTGTTTATGgtgagctgat ... ttgttggcagCTGAGGGTGCTGAAAATGGCTTGGAATTCACAATTGTGAGGCCTTTTAATT
EST: gi|209700873|gb|BW661277.1|BW661277
EST:     GAGATGGTCCTATGCCTGTGCTAAGCAGTTGATTGAGAGGCTTGTTTATG                         CTGAGGGTGCTGAAAATGGC
genomic: GAGATGGTCCTATGCCTGTGCTAAGCAGTTGATTGAGAGGCTTGTTTATGgtgagctgat ... ttgttggcagCTGAGGGTGCTGAAAATGGC
EST: gi|11275155|gb|BF325478.1|BF325478
EST:     GAGATGGTCCTATGCCTGTGCTAAGCAGTTGATTGAGAGGCTTGTTTATG                         CTGAGGGTGCTGAAAATGGCTTGGAATTCACAATTGTGAGGCCTTTTAATT
genomic: GAGATGGTCCTATGCCTGTGCTAAGCAGTTGATTGAGAGGCTTGTTTATGgtgagctgat ... ttgttggcagCTGAGGGTGCTGAAAATGGCTTGGAATTCACAATTGTGAGGCCTTTTAATT
EST: gi|209729039|gb|BW651777.1|BW651777
EST:     GAGATGGTCCTATGCCTGTGCTAAGCAGTTGATTGAGAGGCTTGTTTATG                         CTGAGGGTGCTGAAAATGGCTTGGAATTCACAATTGTGAGGCCTTTTAATT
genomic: GAGATGGTCCTATGCCTGTGCTAAGCAGTTGATTGAGAGGCTTGTTTATGgtgagctgat ... ttgttggcagCTGAGGGTGCTGAAAATGGCTTGGAATTCACAATTGTGAGGCCTTTTAATT
EST: gi|209705408|gb|BW668027.1|BW668027
EST:     GAGATGGTCCTATGCCTGTGCTAAGCAGTTGATTGAGAGGCTTGTTTATG                         CTGAGGGTGCTGAAAATGGCTTGGAAT-CACAATTGTGAGGCCTTTTAATT
genomic: GAGATGGTCCTATGCCTGTGCTAAGCAGTTGATTGAGAGGCTTGTTTATGgtgagctgat ... ttgttggcagCTGAGGGTGCTGAAAATGGCTTGGAATTCACAATTGTGAGGCCTTTTAATT
EST: gi|12773988|gb|BG238915.1|BG238915
EST:     GCCTGTGCTAAGCAGTTGATTGAGAGGCTTGTTTATG                         CTGAGGGTGCTGAAAATGGCTTGGAATTCACAATTGTGAGGCCTTTTAATT
genomic: GCCTGTGCTAAGCAGTTGATTGAGAGGCTTGTTTATGgtgagctgat ... ttgttggcagCTGAGGGTGCTGAAAATGGCTTGGAATTCACAATTGTGAGGCCTTTTAATT
EST: gi|12774624|gb|BG239551.1|BG239551
EST:     GAGATGGTCCTATGCCTGTGCTAAGCAGTTGATTGAGAGGCTTGTTTATG                         CTGAAGGTGCTGAAAATGGCTTGGA-TTCACAATCGTGAGGCCTTTTAATT
genomic: GAGATGGTCCTATGCCTGTGCTAAGCAGTTGATTGAGAGGCTTGTTTATGgtgagctgat ... ttgttggcagCTGAGGGTGCTGAAAATGGCTTGGAATTCACAATTGTGAGGCCTTTTAATT
EST: gi|7285776|gb|AW598263.1|AW598263
EST:     GAGATGGGCCTATGCCTGTGCTAAGCAGTTGATTGAGAGGCTAGTTTATG                         CTGAGGGTGCTGAAAATGGCTTGGAATTCACAATTGTGAGGCCTTTAAATT
genomic: GAGATGGTCCTATGCCTGTGCTAAGCAGTTGATTGAGAGGCTTGTTTATGgtgagctgat ... ttgttggcagCTGAGGGTGCTGAAAATGGCTTGGAATTCACAATTGTGAGGCCTTTTAATT
EST: gi|163926309|gb|EH039167.1|EH039167
EST:     GAGATGGTCCTATGCCTGTGCTAAGCAGTTGATTGAGAGGCTTGTTTATG                         CTGAGGGTGCTGAAAATGGCTTGGAATTCACAATTGTGAGGCCTTTTAATT
genomic: GAGATGGTCCTATGCCTGTGCTAAGCAGTTGATTGAGAGGCTTGTTTATGgtgagctgat ... ttgttggcagCTGAGGGTGCTGAAAATGGCTTGGAATTCACAATTGTGAGGCCTTTTAATT
EST: gi|120529751|gb|EH257885.1|EH257885
EST:     GAGATGGTCCTATGCCTGTGCTAAGCAGTTGATTGAGAGGCTTGTTTATG                         CTGAGGGTGCTGAAAATGGCTTGGAATTCACAATTGTGAGGCCTTTTAATT
genomic: GAGATGGTCCTATGCCTGTGCTAAGCAGTTGATTGAGAGGCTTGTTTATGgtgagctgat ... ttgttggcagCTGAGGGTGCTGAAAATGGCTTGGAATTCACAATTGTGAGGCCTTTTAATT
EST: gi|213594831|gb|DB959858.1|DB959858
EST:     GAGATGGTCCTATGCCTGTGCTAAGCAGTTGATTGAGAGGCTTGTTTATG                         CTGAGGGTGCTGAAAATGGCTTGGAATTCACAATTGTGAGGCCTTTTAAT
genomic: GAGATGGTCCTATGCCTGTGCTAAGCAGTTGATTGAGAGGCTTGTTTATGgtgagctgat ... ttgttggcagCTGAGGGTGCTGAAAATGGCTTGGAATTCACAATTGTGAGGCCTTTTAAT
EST: gi|15812879|gb|BI785154.1|BI785154
EST:     GAGATGGTCCTATGCCTGTGCTAAGCAGTTGATTGAGAGGCTTGTTTATG                         CTGAGGGTGCTGAAAATGGCTTGGAATTCACAATTGTGAGGCCTTTTAATT
genomic: GAGATGGTCCTATGCCTGTGCTAAGCAGTTGATTGAGAGGCTTGTTTATGgtgagctgat ... ttgttggcagCTGAGGGTGCTGAAAATGGCTTGGAATTCACAATTGTGAGGCCTTTTAATT
EST: gi|213590885|gb|DB973710.1|DB973710
EST:     GAGATGGTCCTATGCCTGTGCTAAGCAGTTGATTGAGAGGCTTGTTTATG                         CTGAGGGTGCTGAAAATGGCTTGGAATTCACAATTGTGAGG
genomic: GAGATGGTCCTATGCCTGTGCTAAGCAGTTGATTGAGAGGCTTGTTTATGgtgagctgat ... ttgttggcagCTGAGGGTGCTGAAAATGGCTTGGAATTCACAATTGTGAGG
EST: gi|5508936|gb|AI855494.1|AI855494
EST:     GAGATGGTCCTATGCCTGTGCTAAGCAGTTGATTGAGAGGCTTGTTTATG                         CTGAAGGTTGCTAAAAATGGCTTGGAATTCACAATTGTGAGGCCTTTTAAT
genomic: GAGATGGTCCTATGCCTGTGCTAAGCAGTTGATTGAGAGGCTTGTTTATGgtgagctgat ... ttgttggcagCTG-AGGGTGCTGAAAATGGCTTGGAATTCACAATTGTGAGGCCTTTTAAT


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

gtttccattttttcatgtcttgacctttgtctcactgagatgacattgttggcagCTGAGGGTGCTGAAAATGGCTTGGAATTCACAATTGTGAGGCCTTTTAATTGGATTGGACCACGAATGGATTTCATTCCCGGCATTGATGGCCCAAGTGA
                            gtctcac  putative branch site (score: 3)
      attttttcat  TA-rich tract