1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' |
...ttttaaaaataaaagcactattgtgttgtacagaagacttcttttctttactcttggttgatcctttgcttatcaatcatctttatgttggcactagcagGTGTTGGATTTGCTTGAAGATGCTTGCGGATCATTACTGGAAACCATTTTGGCAGAAAACAAACATGTACAACAATCCTGATACCTTTATTAATGGCCAG
species | Glycine max |
transcript | GLYMA12G09200.2 |
intron # | 4 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: AAAGTGAAGTTCCGGATCCTTATTATGGTGGACCACAAGGGTTTGAGAAG GTGTTGGATTTGCTTGAAGATGCTTGCGGATCATTACTGGAAACCATTTTGEST: gi|192332259|gb|FK023908.1|FK023908
genomic: AAAGTGAAGTTCCGGATCCTTATTATGGTGGACCACAAGGGTTTGAGAAGgtatgctatt ... gcactagcagGTGTTGGATTTGCTTGAAGATGCTTGCGGATCATTACTGGAAACCATTTTG
EST: AAAGTGAAGTTCCGGATCCTTATTATGGTGGACCACAAGGGTTTGAGAAT GTGTTGGATTTGCTTGA-GATGCTTGCGGATCATTACTGGAAACCATTT-GEST: gi|7639199|gb|AW733527.1|AW733527
genomic: AAAGTGAAGTTCCGGATCCTTATTATGGTGGACCACAAGGGTTTGAGAAGgtatgctatt ... gcactagcagGTGTTGGATTTGCTTGAAGATGCTTGCGGATCATTACTGGAAACCATTTTG
EST: GGACCACAAGGGTTTGAGAAG GTGTTGGATTTGCTTGAAGATGCTTGCGGATCATTACTGGAAACCATTTTGEST: gi|22525296|gb|BU084107.1|BU084107
genomic: GGACCACAAGGGTTTGAGAAGgtatgctatt ... gcactagcagGTGTTGGATTTGCTTGAAGATGCTTGCGGATCATTACTGGAAACCATTTTG
EST: AAAGTGAAGTTCCGGATCCTTATTATGGTGGACCACAAGGGTTTGAGAAG GTGTTGGATTTGCTTGAAGATGCTTGCGGATCATTACTGGAAACCATTTTGEST: gi|24205701|gb|BU964954.1|BU964954
genomic: AAAGTGAAGTTCCGGATCCTTATTATGGTGGACCACAAGGGTTTGAGAAGgtatgctatt ... gcactagcagGTGTTGGATTTGCTTGAAGATGCTTGCGGATCATTACTGGAAACCATTTTG
EST: AAAGTGAAGTTCCGGATCCTTATTATGGTGGACCACAAGGGTTTGAGAAG GTGTTGGATTTGCTTGAAGATGCTTGCGGATCATTACTGGAAACCATTTTGEST: gi|192298963|gb|FG987708.1|FG987708
genomic: AAAGTGAAGTTCCGGATCCTTATTATGGTGGACCACAAGGGTTTGAGAAGgtatgctatt ... gcactagcagGTGTTGGATTTGCTTGAAGATGCTTGCGGATCATTACTGGAAACCATTTTG
EST: CTTATTATGGTGGACCACAAGGGTTTGAGAAG GTGTTGGATTTGCTTGAAGATGCTTGCGGATCATTACTGGAAACCATTTTGEST: gi|192332260|gb|FK023909.1|FK023909
genomic: CTTATTATGGTGGACCACAAGGGTTTGAGAAGgtatgctatt ... gcactagcagGTGTTGGATTTGCTTGAAGATGCTTGCGGATCATTACTGGAAACCATTTTG
EST: AAAGTGAAGTTCCGGATCCTTATTATGGTGGACCACAAGGGTTTGAGAAG GTGTTGGATTTGCTTGAAGATGCTTGCGGATCATTACTGGAAACCATTTTGEST: gi|27424689|gb|CA936209.1|CA936209
genomic: AAAGTGAAGTTCCGGATCCTTATTATGGTGGACCACAAGGGTTTGAGAAGgtatgctatt ... gcactagcagGTGTTGGATTTGCTTGAAGATGCTTGCGGATCATTACTGGAAACCATTTTG
EST: AAAGTGAAGTTCCGGATCCTTATTATGGTGGACCACAAGGGTTTGAGAAG GTGTTGGATTTGCTTGAAGATGCTTGCGGATCATTACTGGAAACCATTTTGEST: gi|33388402|gb|CA851609.1|CA851609
genomic: AAAGTGAAGTTCCGGATCCTTATTATGGTGGACCACAAGGGTTTGAGAAGgtatgctatt ... gcactagcagGTGTTGGATTTGCTTGAAGATGCTTGCGGATCATTACTGGAAACCATTTTG
EST: AAAGTGAAGTTCCGGATCCTTATTATGGTGGACCGCAAGGGTTTGAGAAG CEST: gi|33388402|gb|CA851609.1|CA851609
genomic: AAAGTGAAGTTCCGGATCCTTATTATGGTGGACCACAAGGGTTTGAGAAGgtatgctatt ... gcactagcag-
EST: AAAGTGAAGTTCCGGATCCTTATTATGGTGGACCGCAAGGGTTTGAGAAG CEST: gi|33388402|gb|CA851609.1|CA851609
genomic: AAAGTGAAGTTCCGGATCCTTATTATGGTGGACCACAAGGGTTTGAGAAGgtatgctatt ... gcactagcag-
EST: AAAGTGAAGTTCCGGATCCTTATTATGGTGGACCGCAAGGGTTTGAGAAG CEST: gi|213602386|gb|DB980449.1|DB980449
genomic: AAAGTGAAGTTCCGGATCCTTATTATGGTGGACCACAAGGGTTTGAGAAGgtatgctatt ... gcactagcag-
EST: AAAGTGAAGTTCCGGATCCTTATTATGGTGGACCACAAGGGTTTGAGAAG GTGTTGGATTTGCTTGAAGATGCTTGCGGATCATTACTGGAAACCATTTTGEST: gi|207692884|gb|GD675473.1|GD675473
genomic: AAAGTGAAGTTCCGGATCCTTATTATGGTGGACCACAAGGGTTTGAGAAGgtatgctatt ... gcactagcagGTGTTGGATTTGCTTGAAGATGCTTGCGGATCATTACTGGAAACCATTTTG
EST: AAAGTGAAGTTCCGGATCCTTATTATGGTGGACCACAAGGGTTTGAGAAG GTGTTGGATTTGCTTGAAGATGCTTGCGGATCATTACTGGAAACCATTTTG
genomic: AAAGTGAAGTTCCGGATCCTTATTATGGTGGACCACAAGGGTTTGAGAAGgtatgctatt ... gcactagcagGTGTTGGATTTGCTTGAAGATGCTTGCGGATCATTACTGGAAACCATTTTG
ctttactcttggttgatcctttgcttatcaatcatctttatgttggcactagcagGTGTTGGATTTGCTTGAAGATGCTTGCGGATCATTACTGGAAACCATTTTGGCAGAAAACAAACATGTACAACAATCCTGATACCTTTATTAATGGCCAG
ggttgat putative branch site (score: 5)
ttatcaat TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| ttttaaaaataaaagcactattgtgttgtacagaagacttcttttctttactcttggttgatcctttgcttatcaatcatctttatgttggcactagcagGTGTTGGATTTGCTTGAAGATGCTTGCGGATCATTACTGGAAACCATTTTGGCAGAAAACAAACATGTACAACAATCCTGATACCTTTATTAATGGCCAG
- - -aaaataa
- - - - - - - - - - - -tgttgta
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - cctttgc